Μοτίβα σε Βιολογικές Αλληλουχίες

Στα προηγούμενα κεφάλαια συζητήσαμε προβλήματα που σχετίζονται με τη σύσταση και την πρωτοταγή οργάνωση βιολογικών αλληλουχιών. Αντιμετωπίσαμε τους συνδυασμούς καταλοίπων ως “λέξεις” σε βιολογικά κείμενα και εξετάσαμε τρόπους για την ανάλυσή τους και τη χρήση τους ως δεικτών προέλευσης και λειτουργι...

Πλήρης περιγραφή

Λεπτομέρειες βιβλιογραφικής εγγραφής
Κύριοι συγγραφείς: Nikolaou, Christoforos, Chouvardas, Panagiotis, Νικολάου, Χριστόφορος, Χουβαρδάς, Παναγιώτης
Μορφή: 7
Γλώσσα:Greek
Έκδοση: 2016
Θέματα:
Διαθέσιμο Online:http://localhost:8080/jspui/handle/11419/1581
id kallipos-11419-1581
record_format dspace
spelling kallipos-11419-15812021-07-11T12:07:31Z Μοτίβα σε Βιολογικές Αλληλουχίες Nikolaou, Christoforos Chouvardas, Panagiotis Νικολάου, Χριστόφορος Χουβαρδάς, Παναγιώτης ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΒΙΟΣΤΑΤΙΣΤΙΚΗ ΑΛΓΟΡΙΘΜΟΙ ΜΗΧΑΝΙΚΗ ΜΑΘΗΣΗ Bioinformatics Computational Biology Biostatistics Algorithms Machine Learning Στα προηγούμενα κεφάλαια συζητήσαμε προβλήματα που σχετίζονται με τη σύσταση και την πρωτοταγή οργάνωση βιολογικών αλληλουχιών. Αντιμετωπίσαμε τους συνδυασμούς καταλοίπων ως “λέξεις” σε βιολογικά κείμενα και εξετάσαμε τρόπους για την ανάλυσή τους και τη χρήση τους ως δεικτών προέλευσης και λειτουργικότητας σε γονιδιωματικό επίπεδο. Στο Κεφάλαιο αυτό θα επικεντρωθούμε στη μελέτη ακριβώς αυτών των λέξεων, που στη βιολογία ονομάζουμε “μοτίβα αλληλουχίας” από πλευράς λειτουργίας. Σημείο εκκίνησης του κεφαλαίου είναι η περιγραφή της λειτουργίας των σημείων πρόσδεσης μεταγραφικών παραγόντων, μικρών αλληλουχιών που κωδικοποιούν πολύ συγκεκριμένα μηνύματα σε γονιδιωματικές αλληλουχίες και ο ορισμός της έννοιας του “μοτίβου”. Στη συνέχεια θα διατυπωθούν μια σειρά από προβλήματα που σχετίζονται με αυτές τις αλληλουχίες και αφορούν την περιγραφή τους, τον εντοπισμό τους μέσα σε μεγαλύτερες αλληλουχίες, και την εκτίμηση της σημασίας τους. Στο πρώτο μέρος του κεφαλαίου συζητιούνται τρόποι περιγραφής των μοτίβων, όπως είναι οι συναινετικές αλληλουχίες και οι πίνακες βαρών και αναλύεται το “εύκολο” πρόβλημα του εντοπισμού ενός γνωστού μοτίβου σε μεγαλύτερες αλληλουχίες. Στη συνέχεια, και στο επίπεδο των μαθηματικών θα γίνει μια εισαγωγή στη Θεωρία Πληροφορίας και θα δούμε πώς έννοιες όπως η Εντροπία Shannon και το Πληροφοριακό Περιεχόμενο μπορούν να χρησιμοποιηθούν για να αξιολογήσουν τη σημασία ενός μοτίβου αλληλουχίας. Έχοντας καλύψει τα “εύκολα” προβλήματα θα περάσουμε στο “δύσκολο” πρόβλημα της de novo ανακάλυψης ενός άγνωστου μοτίβου και θα εξετάσουμε διαφορετικούς αλγορίθμους για την επίλυσή του, με έμφαση τυχαιοκρατικές προσεγγίσεις τύπου Monte Carlo όπως η δειγματοληψία Gibbs.<br/><br/>Στο τέλος του Κεφαλαίου θα πρέπει να μπορείτε:<br/>Να διακρίνετε μεταξύ συναινετικών αλληλουχιών και μοτίβων αλληλουχίας και να αναγνωρίζετε τις μεταξύ τους διαφορές.<br/>Να δημιουργήσετε πίνακες μοτίβων αλληλουχιών από σύνολα ολιγονουκλεοτιδίων και να περιγράφετε μοτίβα αλληλουχιών μέσω αυτών. 2016-01-29T09:01:34Z 2021-07-08T12:47:01Z 2016-01-29T09:01:34Z 2021-07-08T12:47:01Z 2016-01-29 7 http://localhost:8080/jspui/handle/11419/1581 el 1 33 application/pdf
institution Kallipos
collection DSpace
language Greek
topic ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ
ΒΙΟΣΤΑΤΙΣΤΙΚΗ
ΑΛΓΟΡΙΘΜΟΙ
ΜΗΧΑΝΙΚΗ ΜΑΘΗΣΗ
Bioinformatics
Computational Biology
Biostatistics
Algorithms
Machine Learning
spellingShingle ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ
ΒΙΟΣΤΑΤΙΣΤΙΚΗ
ΑΛΓΟΡΙΘΜΟΙ
ΜΗΧΑΝΙΚΗ ΜΑΘΗΣΗ
Bioinformatics
Computational Biology
Biostatistics
Algorithms
Machine Learning
Nikolaou, Christoforos
Chouvardas, Panagiotis
Νικολάου, Χριστόφορος
Χουβαρδάς, Παναγιώτης
Μοτίβα σε Βιολογικές Αλληλουχίες
description Στα προηγούμενα κεφάλαια συζητήσαμε προβλήματα που σχετίζονται με τη σύσταση και την πρωτοταγή οργάνωση βιολογικών αλληλουχιών. Αντιμετωπίσαμε τους συνδυασμούς καταλοίπων ως “λέξεις” σε βιολογικά κείμενα και εξετάσαμε τρόπους για την ανάλυσή τους και τη χρήση τους ως δεικτών προέλευσης και λειτουργικότητας σε γονιδιωματικό επίπεδο. Στο Κεφάλαιο αυτό θα επικεντρωθούμε στη μελέτη ακριβώς αυτών των λέξεων, που στη βιολογία ονομάζουμε “μοτίβα αλληλουχίας” από πλευράς λειτουργίας. Σημείο εκκίνησης του κεφαλαίου είναι η περιγραφή της λειτουργίας των σημείων πρόσδεσης μεταγραφικών παραγόντων, μικρών αλληλουχιών που κωδικοποιούν πολύ συγκεκριμένα μηνύματα σε γονιδιωματικές αλληλουχίες και ο ορισμός της έννοιας του “μοτίβου”. Στη συνέχεια θα διατυπωθούν μια σειρά από προβλήματα που σχετίζονται με αυτές τις αλληλουχίες και αφορούν την περιγραφή τους, τον εντοπισμό τους μέσα σε μεγαλύτερες αλληλουχίες, και την εκτίμηση της σημασίας τους. Στο πρώτο μέρος του κεφαλαίου συζητιούνται τρόποι περιγραφής των μοτίβων, όπως είναι οι συναινετικές αλληλουχίες και οι πίνακες βαρών και αναλύεται το “εύκολο” πρόβλημα του εντοπισμού ενός γνωστού μοτίβου σε μεγαλύτερες αλληλουχίες. Στη συνέχεια, και στο επίπεδο των μαθηματικών θα γίνει μια εισαγωγή στη Θεωρία Πληροφορίας και θα δούμε πώς έννοιες όπως η Εντροπία Shannon και το Πληροφοριακό Περιεχόμενο μπορούν να χρησιμοποιηθούν για να αξιολογήσουν τη σημασία ενός μοτίβου αλληλουχίας. Έχοντας καλύψει τα “εύκολα” προβλήματα θα περάσουμε στο “δύσκολο” πρόβλημα της de novo ανακάλυψης ενός άγνωστου μοτίβου και θα εξετάσουμε διαφορετικούς αλγορίθμους για την επίλυσή του, με έμφαση τυχαιοκρατικές προσεγγίσεις τύπου Monte Carlo όπως η δειγματοληψία Gibbs.<br/><br/>Στο τέλος του Κεφαλαίου θα πρέπει να μπορείτε:<br/>Να διακρίνετε μεταξύ συναινετικών αλληλουχιών και μοτίβων αλληλουχίας και να αναγνωρίζετε τις μεταξύ τους διαφορές.<br/>Να δημιουργήσετε πίνακες μοτίβων αλληλουχιών από σύνολα ολιγονουκλεοτιδίων και να περιγράφετε μοτίβα αλληλουχιών μέσω αυτών.
format 7
author Nikolaou, Christoforos
Chouvardas, Panagiotis
Νικολάου, Χριστόφορος
Χουβαρδάς, Παναγιώτης
author_facet Nikolaou, Christoforos
Chouvardas, Panagiotis
Νικολάου, Χριστόφορος
Χουβαρδάς, Παναγιώτης
author_sort Nikolaou, Christoforos
title Μοτίβα σε Βιολογικές Αλληλουχίες
title_short Μοτίβα σε Βιολογικές Αλληλουχίες
title_full Μοτίβα σε Βιολογικές Αλληλουχίες
title_fullStr Μοτίβα σε Βιολογικές Αλληλουχίες
title_full_unstemmed Μοτίβα σε Βιολογικές Αλληλουχίες
title_sort μοτίβα σε βιολογικές αλληλουχίες
publishDate 2016
url http://localhost:8080/jspui/handle/11419/1581
work_keys_str_mv AT nikolaouchristoforos motibasebiologikesallēlouchies
AT chouvardaspanagiotis motibasebiologikesallēlouchies
AT nikolaouchristophoros motibasebiologikesallēlouchies
AT choubardaspanagiōtēs motibasebiologikesallēlouchies
_version_ 1771301315244195840