Σύγκριση Αλληλουχιών. Στοιχίσεις και Ταχείες Αναζητήσεις

Έχοντας εξετάσει ακροθιγώς το πρόβλημα της αναζήτησης ομοιοτήτων μεταξύ αλληλουχιών στο επίπεδο των ολιγονουκλεοτιδικών μοτίβων, στο συγκεκριμένο κεφάλαιο περνάμε στη σύγκριση εκτεταμένων σε μήκος αλληλουχιών μέσω της διαδικασίας στοίχισης καταλοίπων. στο πλαίσιο του κεφαλαίου αυτού θα συζητηθούν οι...

Πλήρης περιγραφή

Λεπτομέρειες βιβλιογραφικής εγγραφής
Κύριοι συγγραφείς: Nikolaou, Christoforos, Chouvardas, Panagiotis, Νικολάου, Χριστόφορος, Χουβαρδάς, Παναγιώτης
Μορφή: 7
Γλώσσα:Greek
Έκδοση: 2016
Θέματα:
Διαθέσιμο Online:http://localhost:8080/jspui/handle/11419/1582
id kallipos-11419-1582
record_format dspace
spelling kallipos-11419-15822021-07-11T12:09:35Z Σύγκριση Αλληλουχιών. Στοιχίσεις και Ταχείες Αναζητήσεις Nikolaou, Christoforos Chouvardas, Panagiotis Νικολάου, Χριστόφορος Χουβαρδάς, Παναγιώτης ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΒΙΟΣΤΑΤΙΣΤΙΚΗ ΑΛΓΟΡΙΘΜΟΙ ΜΗΧΑΝΙΚΗ ΜΑΘΗΣΗ Bioinformatics Computational Biology Biostatistics Algorithms Machine Learning Έχοντας εξετάσει ακροθιγώς το πρόβλημα της αναζήτησης ομοιοτήτων μεταξύ αλληλουχιών στο επίπεδο των ολιγονουκλεοτιδικών μοτίβων, στο συγκεκριμένο κεφάλαιο περνάμε στη σύγκριση εκτεταμένων σε μήκος αλληλουχιών μέσω της διαδικασίας στοίχισης καταλοίπων. στο πλαίσιο του κεφαλαίου αυτού θα συζητηθούν οι έννοιες της ομοιότητας και της ομολογίας αλληλουχιών, παράλληλα με απλές μαθηματικές έννοιες όπως η απόσταση Levenshtein. Με επίκεντρο το πραγματικό βιολογικό πρόβλημα της σύγκρισης δύο αλληλουχιών μέσω στοίχισης και μετά από μια εισαγωγή στην αρχή του δυναμικού προγραμματισμού, θα αναλυθούν οι αλγόριθμοι των Needlemann-Wunsch για την τοπική και των Smith-Waterman για την ολική στοίχιση δύο αλληλουχιών. Σε ένα δεύτερο επίπεδο, θα συζητηθούν τεχνικές ταχείας σύγκρισης αλληλουχιών μέσω αλγορίθμων όπως ο BLAST και οι διάφορες παραλλαγές του. <br/><br/>Στο τέλος του Κεφαλαίου θα πρέπει να μπορείτε:<br/>Να καταλάβετε την έννοια της στοίχισης αλληλουχιών και να διακρίνετε ανάμεσα στα διάφορα είδη.<br/>Να στοιχίσετε δύο αλληλουχίες με τη χρήση πινάκων αντικατάστασης και δυναμικού προγραμματισμού.<br/>Να αξιολογήσετε τις διαφορές σε στοιχίσεις αλληλουχιών ανάλογα με τον πίνακα αντικατάστασης που χρησιμοποιείτε.<br/>Να αναζητήσετε αλληλουχίες σε βάσεις δεδομένων με κριτήριο την ομοιότητά τους και να αξιολογήσετε στατιστικά τα αποτελέσματα. 2016-01-29T09:01:37Z 2021-07-08T12:47:09Z 2016-01-29T09:01:37Z 2021-07-08T12:47:09Z 2016-01-29 7 http://localhost:8080/jspui/handle/11419/1582 el 1 34 application/pdf
institution Kallipos
collection DSpace
language Greek
topic ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ
ΒΙΟΣΤΑΤΙΣΤΙΚΗ
ΑΛΓΟΡΙΘΜΟΙ
ΜΗΧΑΝΙΚΗ ΜΑΘΗΣΗ
Bioinformatics
Computational Biology
Biostatistics
Algorithms
Machine Learning
spellingShingle ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ
ΒΙΟΣΤΑΤΙΣΤΙΚΗ
ΑΛΓΟΡΙΘΜΟΙ
ΜΗΧΑΝΙΚΗ ΜΑΘΗΣΗ
Bioinformatics
Computational Biology
Biostatistics
Algorithms
Machine Learning
Nikolaou, Christoforos
Chouvardas, Panagiotis
Νικολάου, Χριστόφορος
Χουβαρδάς, Παναγιώτης
Σύγκριση Αλληλουχιών. Στοιχίσεις και Ταχείες Αναζητήσεις
description Έχοντας εξετάσει ακροθιγώς το πρόβλημα της αναζήτησης ομοιοτήτων μεταξύ αλληλουχιών στο επίπεδο των ολιγονουκλεοτιδικών μοτίβων, στο συγκεκριμένο κεφάλαιο περνάμε στη σύγκριση εκτεταμένων σε μήκος αλληλουχιών μέσω της διαδικασίας στοίχισης καταλοίπων. στο πλαίσιο του κεφαλαίου αυτού θα συζητηθούν οι έννοιες της ομοιότητας και της ομολογίας αλληλουχιών, παράλληλα με απλές μαθηματικές έννοιες όπως η απόσταση Levenshtein. Με επίκεντρο το πραγματικό βιολογικό πρόβλημα της σύγκρισης δύο αλληλουχιών μέσω στοίχισης και μετά από μια εισαγωγή στην αρχή του δυναμικού προγραμματισμού, θα αναλυθούν οι αλγόριθμοι των Needlemann-Wunsch για την τοπική και των Smith-Waterman για την ολική στοίχιση δύο αλληλουχιών. Σε ένα δεύτερο επίπεδο, θα συζητηθούν τεχνικές ταχείας σύγκρισης αλληλουχιών μέσω αλγορίθμων όπως ο BLAST και οι διάφορες παραλλαγές του. <br/><br/>Στο τέλος του Κεφαλαίου θα πρέπει να μπορείτε:<br/>Να καταλάβετε την έννοια της στοίχισης αλληλουχιών και να διακρίνετε ανάμεσα στα διάφορα είδη.<br/>Να στοιχίσετε δύο αλληλουχίες με τη χρήση πινάκων αντικατάστασης και δυναμικού προγραμματισμού.<br/>Να αξιολογήσετε τις διαφορές σε στοιχίσεις αλληλουχιών ανάλογα με τον πίνακα αντικατάστασης που χρησιμοποιείτε.<br/>Να αναζητήσετε αλληλουχίες σε βάσεις δεδομένων με κριτήριο την ομοιότητά τους και να αξιολογήσετε στατιστικά τα αποτελέσματα.
format 7
author Nikolaou, Christoforos
Chouvardas, Panagiotis
Νικολάου, Χριστόφορος
Χουβαρδάς, Παναγιώτης
author_facet Nikolaou, Christoforos
Chouvardas, Panagiotis
Νικολάου, Χριστόφορος
Χουβαρδάς, Παναγιώτης
author_sort Nikolaou, Christoforos
title Σύγκριση Αλληλουχιών. Στοιχίσεις και Ταχείες Αναζητήσεις
title_short Σύγκριση Αλληλουχιών. Στοιχίσεις και Ταχείες Αναζητήσεις
title_full Σύγκριση Αλληλουχιών. Στοιχίσεις και Ταχείες Αναζητήσεις
title_fullStr Σύγκριση Αλληλουχιών. Στοιχίσεις και Ταχείες Αναζητήσεις
title_full_unstemmed Σύγκριση Αλληλουχιών. Στοιχίσεις και Ταχείες Αναζητήσεις
title_sort σύγκριση αλληλουχιών. στοιχίσεις και ταχείες αναζητήσεις
publishDate 2016
url http://localhost:8080/jspui/handle/11419/1582
work_keys_str_mv AT nikolaouchristoforos synkrisēallēlouchiōnstoichiseiskaitacheiesanazētēseis
AT chouvardaspanagiotis synkrisēallēlouchiōnstoichiseiskaitacheiesanazētēseis
AT nikolaouchristophoros synkrisēallēlouchiōnstoichiseiskaitacheiesanazētēseis
AT choubardaspanagiōtēs synkrisēallēlouchiōnstoichiseiskaitacheiesanazētēseis
_version_ 1771301341267755008