Μελέτη της επιδημιολογίας φορείας και λοιμώξεων από Staphylococcus aureus σε ζώα και ανθρώπους : τύποι SCCmec, γονίδια σύνθεσης τοξινών, τύποι agr, καθορισμός κλώνων με PFGE και MLST

• Κύριος συγγραφέας: Δρούγκα, Ελεάννα
• Άλλοι συγγραφείς: Σπηλιοπούλου, Ίρις
• Μορφή: Thesis
• Γλώσσα: Greek
• Έκδοση: 2017
• Θέματα: Λοιμώξεις; Ενδονοσοκομειακές λοιμώξεις; Μόλυνση από ζώα; Staphylococcus aureus (MRSA); Health care infections (HA-MRSA); Community-associated infections (CA-MRSA); Animal infection; 616.9

Ο ανθεκτικός στη μεθικιλλίνη Staphylococcus aureus (MRSA) αποτελεί σημαντικό αίτιο ενδονοσοκομειακών λοιμώξεων (HA-MRSA) καθώς επίσης και της κοινότητας (CA-MRSA). Οι σοβαρές λοιμώξεις από MRSA έχουν συσχετιστεί με τον λοιμογόνο παράγοντα Panton-Valentine leukocidin, (PVL). Μέρος αυτής της μελέτης ήταν να διερευνήσει τα πρότυπα ευαισθησίας, την παρουσία γονιδίων τοξινών συμπεριλαμβανομένης και της PVL και την κλωνικότητα μεταξύ MRSA που συλλέχθηκαν από ασθενείς στην Ελλάδα κατά τη διάρκεια μιας περιόδου έξι ετών. Συνολικά, 1678 MRSA συλλέχθηκαν από τον Ιανουάριο του 2007 μέχρι το Δεκέμβριο του 2012 από δύο διαφορετικά νοσοκομεία στη Δυτική Ελλάδα και ταυτοποιήθηκαν με βάση την ανίχνευση των γονιδίων nuc και mecA με PCR. Η αντοχή στα αντιβιοτικά πραγματοποιήθηκε με τη μέθοδο διάχυσης των δίσκων και το E-test. Η παρουσία των γονιδίων που κωδικοποιούν την τοξίνη TSST-1, την PVL και ορισμένα γονίδια των εντεροτοξινών ελέγχθηκε με PCR. Τα γονοτυπικά χαρακτηριστικά των στελεχών αναλύθηκαν με την ταυτοποίηση των τύπων SCCmec και agr. Η κλωνικότητα καθορίστηκε μέσω PFGE και MLST. Η πλειοψηφία των PVL-θετικών MRSA ανήκε στον ST80-IV κλώνο ο οποίος διεσπάρη στην κοινότητα αλλά και τα νοσοκομεία. CA-MRSA απομονώθηκαν κυρίως από SSTIs, ενώ HA-MRSA συνδέθηκαν με χειρουργικές λοιμώξεις και μολύνσεις τραυμάτων. Κατά την περίοδο 2007-2012, ο ST80-IV έχει κυριαρχήσει στην Ελλάδα και έχει περιορίσει με επιτυχία την παρουσία άλλων PVL-θετικών κλώνων. Το δεύτερο μέρος της παρούσας μελέτης επικεντρώνεται στην μελέτη διασποράς των S. aureus και MRSA μεταξύ των ζώων συντροφιάς και του κτηνιατρικού προσωπικού (ΚΠ) στην Βόρεια Ελλάδα. Τα μοριακά χαρακτηριστικά των στελεχών αξιολογήθηκαν, προκειμένου να εκτιμηθεί εάν υφίσταται μετάδοση του S. aureus. Δείγματα (224) που αποίκισαν και μόλυναν 102 ζώα (92 σκυλιά, 10 γάτες) και 18 ΚΠ, συλλέχθηκαν κατά τη διάρκεια του 2012 και του 2013. Η ευαισθησία στα αντιβιοτικά διερευνήθηκε με τη μέθοδο διάχυσης των δίσκων και E-test. Τα mecA, mecC, tst και lukF/lukS-PV γονίδια μελετήθηκαν με PCRs. Οι γονότυποι προσδιορίστηκαν με την ταυτοποίηση των τύπων MLST, SCCmec, agr, spa και PFGE. Το ποσοστό απομόνωσης S. aureus μεταξύ των κατοικίδιων ζώων και του ΚΠ ήταν 36.3% (37/102) και 38.9% (7/18), αντίστοιχα. Τα νεώτερα ζώα συντροφιάς, όσοι ζουν σε αγροτικές περιοχές, νοσούσαν κατά την εισαγωγή ή ήταν ήδη αποικισμένοι με CNS έδειξαν στατιστικά σημαντικά αυξημένο κίνδυνο για προσβολή από S. aureus (p <0,05). Είκοσι-έξι κατοικίδια ζώα και πέντε ΚΠ έφεραν PVL-θετικά στελέχη. Συνολικά, απομονώθηκαν 60 S. aureus (53 από τα κατοικίδια ζώα, επτά από το ΚΠ) εκ των οποίων 16 ήταν MRSA (26.7%), 12 ήταν mecA-θετικά και τέσσερα mecC-θετικά αντίστοιχα. Τα MRSA έδειξαν υψηλότερα ποσοστά αντοχής στα αντιβιοτικά σε σύγκριση με τα MSSA.Τα στελέχη ταξινομήθηκαν μέσω της MLST σε 13 STs, με τους ST80 και ST15 να είναι οι επικρατέστεροι τύποι. Στα MRSA, εντοπίστηκαν οι SCCmec τύποι II, IV και XI. Οι πιο συχνοί τύποι spa ήταν οι t5559 και t7558. Πενήντα έξι στελέχη ταξινομήθηκαν σε 15 τύπους PFGE. Σύγκριση των γενετικών δεικτών έδειξε ότι τα ίδια ή παρόμοια στελέχη μεταδίδονται μεταξύ των ζώων και του ΚΠ. Τα ζώα συντροφιάς αποτελούν δεξαμενή PVL-θετικών κλώνων που συνιστούν πιθανή πηγή διασταυρούμενης μετάδοσης στον άνθρωπο. Επειδή ο S. aureus είναι μέρος της μικροβιακής χλωρίδας σε πολλά είδη ζώων, στο τρίτο μέρος της μελέτης διερευνήθηκε η κλωνική εξάπλωση του S. aureus μεταξύ των ζώων και του προσωπικού σε ένα Ζωολογικό Πάρκο. Τα δείγματα συλλέχθηκαν από αποικισμένα ή μολυσμένα ζώα τα οποία περιελάμβαναν 32 θηλαστικά, 11 πουλιά και οκτώ ανθρώπους. Τα γονίδια mecA, mecC, lukF/lukS-PV και tst διερευνήθηκαν με PCRs. Οι κλώνοι καθορίστηκαν με την MLST, την τυποποίηση spa και την PFGE. Επτά S. aureus απομονώθηκαν από τέσσερα ζώα και ένα από έναν υπάλληλο. Όλα ήταν mecA, mecC και tst αρνητικά, ενώ ένα έφερε τα γονίδια της PVL που απομονώθηκε από μολυσμένο πίθηκο. Η κλωνική ανάλυση αποκάλυψε την εμφάνιση επτά STs, οκτώ PFGE και πέντε τύπων spa συμπεριλαμβανομένων και εκείνων ανθρώπινης προέλευσης. Παρά το γεγονός ότι ανιχνεύθηκε ποικιλία γονότυπων μεταξύ των στελεχών S. aureus που είχαν αποικίσει τα μέλη του Ζωολογικού Πάρκου, τα αποτελέσματα δείχνουν ότι μάλλον πρόκειται για αποικισμό με στελέχη ανθρώπινης προέλευσης. Το τελευταίο μέρος της διατριβής αφορά στελέχη S. aureus που απομονώθηκαν από ζώα της τροφικής αλυσίδας, τα προϊόντα τους με βάση το κρέας, το προσωπικό και τον εξοπλισμό ενός ελληνικού σφαγείου. Πραγματοποιήθηκε μοριακή ανάλυση προκειμένου να αποκτηθεί βαθύτερη κατανόηση της πολυμορφίας και επιδημιολογίας τους. Από 392 δείγματα απομονώθηκαν 46 S. aureus. Δέκα ήταν ανθρώπινης προέλευσης, έξι ζωικής, δέκα απομονώθηκαν από προϊόντα κρέατος και 20 από τις επιφάνειες του εξοπλισμού. Έντεκα (23.9%) ήταν MRSA εκ των οποίων οκτώ ήταν mecA και τρία mecC θετικά. Τα MRSA ταξινομήθηκαν στους τύπους SCCmec I, III, IV και XI. Το υψηλότερο ποσοστό αντοχής εκφράστηκε στην τετρακυκλίνη (37/46, 80.4%), ενώ 27 στελέχη ήταν πολυανθεκτικά (MDR). Τα στελέχη ταξινομήθηκαν σε δέκα STs. Ο ST80 ήταν ο κυρίαρχος κλώνος μεταξύ των MSSA, ακολουθούμενος από τους ανθρώπινης προέλευσης ST15 και ST30. Ο κύριος κλώνος μεταξύ των MRSA ήταν ο ST88-IV. Επίσης, ανιχνεύθηκε μεγάλη ποικιλία τύπων spa (14 τύποι) (κυρίαρχοι: t7558, t094). Δεκαπέντε στελέχη (32.6%) έφεραν τα γονίδια της PVL (τέσσερα MRSA και 11 MSSA) τα οποία κατατάχθηκαν σε έξι κλώνους. Τα στελέχη S. aureus και ειδικά τα MDR επικρατούσαν στα ζώα, στα προϊόντα κρέατος, στους ανθρώπους και στο περιβάλλον του σφαγείου. Συμπερασματικά, τα σφαγεία μπορεί να χρησιμεύσουν ως πηγή μετάδοσης στελεχών S. aureus.