Διαμορφωτική μελέτη του macro τομέα της μη-δομικής πρωτεΐνης 3, από τον Venezuelan equine encephalitis άλφα ιό, μέσω φασματοσκοπίας NMR

• Κύριος συγγραφέας: Μακρυνίτσα, Γαρυφαλλιά
• Άλλοι συγγραφείς: Σπυρούλιας, Γεώργιος
• Μορφή: Thesis
• Γλώσσα: Greek
• Έκδοση: 2017
• Θέματα: Άλφα ιοί; Τομείς macro; Φασματοσκοπία NMR; ADP-ριβόζη; Alphaviruses; Macro domains; Venezuelan equine encephalitis virus; NMR spectroscopy; ADP-ribose; 616.832

Οι macro τομείς συνιστούν μία οικογένεια πρωτεϊνών η οποία εμφανίζει υψηλή συντήρηση στην ιστορία της εξέλιξης, υποδηλώνοντας τη συμμετοχή τους σε βασικά βιολογικά και βιοχημικά μονοπάτια. Αν και η λειτουργία τους δεν έχει αποσαφηνιστεί πλήρως, η ικανότητα των macro τομέων να προσδένουν ADP-ριβόζη και μεταβολικά παράγωγα του NAD+ καθώς και RNA, οδηγεί στο συμπέρασμα ότι οι συγκεκριμένες πρωτεΐνες διαδραματίζουν καθοριστικό ρόλο στην επιδιόρθωση του DNA, την αναδιοργάνωση της χρωματίνης, τη ρύθμιση της μεταγραφής και την παρεμπόδιση της απόπτωσης. Οι ιϊκοί macro τομείς εντοπίζονται στις μη δομικές πρωτεΐνες ιών με γενετικό υλικό νοηματικό μονόκλωνο RNA όπως οι ιοί του γένους Alphavirus, Coronavirus και Hepevirus. Στην παρούσα μελέτη, πραγματοποιήθηκε η επίλυση της τριδιάστατης δομής του macro τομέα του ιού Venezuelan equine encephalitis (Vee) σε ελεύθερη κατάσταση και σε σύμπλοκο με ADP-ριβόζη (ADPr), μέσω φασματοσκοπίας Πυρηνικού Μαγνητικού Συντονισμού (NMR). Ο ιός Vee ανήκει στο γένος Alphavirus και κατατάσσεται στους ιούς Νέου Κόσμου ενώ εντοπίζεται στη Βόρεια, Κεντρική και Νότια Αμερική. H μόλυνση από τον ιό Vee παραγματοποιείται ύστερα από το τσίμπημα κουνουπιών τα οποία φέρουν τον ιό προκαλώντας εγκεφαλίτιδες σε ιπποειδή και ανθρώπους. Ο macro τομέας του ιού Vee εντοπίζεται στο ανοιχτό πλαίσιο ανάγνωσης 1 του ιϊκού γονιδιώματος καταλαμβάνοντας μία αλληλουχία 160 αμινοξέων. Η δομή του macro τομέα του ιού Vee προσδιορίστηκε το 2009 μέσω κρυσταλλογραφίας ακτίνων-Χ. Σε αυτή τη διατριβή η δομή του macro τομέα του ιού Vee προσδιορίστηκε με την ανάλυση διδιάστατων και πολυδιάστατων ομο- και ετεροπυρηνικών φασμάτων NMR καταλήγοντας σε μία οικογένεια 20 δομών με target function = 1,49 ± 0,36Å και rmsd = 1,06 ± 0,14Å για την ελεύθερη μορφή και επίσης ένα σύνολο 20 δομών με target function = 0,91 ± 0,74Å και rmsd = 0,75 ± 0,12Å στην περίπτωση του συμπλόκου. Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι σε μορφή διαλύματος ο macro τομέας χαρακτηρίζεται από την αβα σάντουϊτς δομή με τη χαρακτηριστική συντηρημένη κοιλότητα πρόσδεσης.