Θερμικά ανοίγματα σε περιοχές έναρξης αντιγραφής του DNA
Το δεοξυριβονουκλεϊκό οξύ (Deoxyribonucleic acid – DNA) περιέχει τις γενετικές πληροφορίες που καθορίζουν τη βιολογική ανάπτυξη όλων των κυτταρικών μορφών ζωής. Έχει τη μορφή της διπλής έλικας ενώ η μεταβίβαση της γενετικής πληροφορίας ξεκινά με την αντιγραφή του μακρομορίου του DNA. Η αντιγραφή ξεκ...
| Κύριος συγγραφέας: | |
|---|---|
| Άλλοι συγγραφείς: | |
| Μορφή: | Thesis |
| Γλώσσα: | Greek |
| Έκδοση: |
2018
|
| Θέματα: | |
| Διαθέσιμο Online: | http://hdl.handle.net/10889/10921 |
| id |
nemertes-10889-10921 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
nemertes-10889-109212022-09-05T06:57:38Z Θερμικά ανοίγματα σε περιοχές έναρξης αντιγραφής του DNA Thermal openings in origins of DNA Μπαρουτιάδη, Αικατερίνη Καλόσακας, Γεώργιος Λυγερού, Ζωή Μαργιωλάκη, Ειρήνη Baroutiadi, Aikaterini Θερμικά ανοίγματα Θέσεις έναρξης της αντιγραφής DNA origins DNA breathing Thermal openings Peyrard-Bishop-Dauxois model 572.864 5 Το δεοξυριβονουκλεϊκό οξύ (Deoxyribonucleic acid – DNA) περιέχει τις γενετικές πληροφορίες που καθορίζουν τη βιολογική ανάπτυξη όλων των κυτταρικών μορφών ζωής. Έχει τη μορφή της διπλής έλικας ενώ η μεταβίβαση της γενετικής πληροφορίας ξεκινά με την αντιγραφή του μακρομορίου του DNA. Η αντιγραφή ξεκινά από συγκεκριμένα τμήματα με την πρόσδεση των εναρκτήριων πρωτεϊνών. Παρόλα αυτά οι πληροφορίες που έχουμε μέχρι σήμερα δεν είναι αρκετές για να κατανοήσουμε σε βάθος τις βιολογικές διαδικασίες. Πιο συγκεκριμένα, για την έναρξη της αντιγραφής, δεν γνωρίζουμε πώς οι εναρκτήριες πρωτεΐνες αναγνωρίζουν τις θέσεις της έναρξης της αντιγραφής και αν σε αυτό διευκολύνει η δομή της διπλής έλικας ή ακόμη και οι προσωρινές αποδιατάξεις λόγω των θερμικών διακυμάνσεων των βάσεων που περιέχει. Είναι γνωστό ότι το μακρομόριο του DNA υπόκειται σε τέτοιες θερμικές αποδιατάξεις που οδηγούν σε παροδικά ανοίγματα. Η παρούσα εργασία μελετά αν υπάρχει συσχέτιση των θερμικών ανοίγματων του DNA με την αναγνώριση των θέσεων έναρξης της αντιγραφής. Αυτό γίνεται με τη βοήθεια του μοντέλου των Peyrard-Bishop-Dauxois. Οι οργανισμοί που μελετήθηκαν είναι το Escherichia coli από την οικογένεια των βακτηρίων, το Sulfolobus solfataricus P2 από την οικογένεια των αρχαιοβακτηρίων και το Saccharomyces cerevisiae από την οικογένεια των ευκαρυωτών. The deoxyribonucleic acid (DNA) contains the genetic information specifying the biological development of all cellular forms of life. It has the form of the double helix and the transfer of genetic information starts with copying the macromolecule of DNA. Replication starts from specific sections, the origins, where the initiator proteins are binding. However, the information we have so far is not enough to understand in depth the biological processes. More specifically, for the initiation of replication, we do not know how the initiator proteins recognize replication sites, and if this facilitates the structure of the double helix or even the temporary denaturation of the bases due to thermal fluctuations. It is known that the macromolecule of DNA subject to such thermal denaturation leading to temporary openings. The present study investigates whether there is a correlation of thermal opening of DNA to identify the origin of replication sites. This is done by means of the model of Peyrard-Bishop-Dauxois. The organisms tested are the Escherichia coli by the family of bacteria, the Sulfolobus solfataricus P2 from the family of archaea and Saccharomyces cerevisiae from eukaryotes. 2018-01-16T07:54:02Z 2018-01-16T07:54:02Z 2017-07-10 Thesis http://hdl.handle.net/10889/10921 gr 0 application/pdf |
| institution |
UPatras |
| collection |
Nemertes |
| language |
Greek |
| topic |
Θερμικά ανοίγματα Θέσεις έναρξης της αντιγραφής DNA origins DNA breathing Thermal openings Peyrard-Bishop-Dauxois model 572.864 5 |
| spellingShingle |
Θερμικά ανοίγματα Θέσεις έναρξης της αντιγραφής DNA origins DNA breathing Thermal openings Peyrard-Bishop-Dauxois model 572.864 5 Μπαρουτιάδη, Αικατερίνη Θερμικά ανοίγματα σε περιοχές έναρξης αντιγραφής του DNA |
| description |
Το δεοξυριβονουκλεϊκό οξύ (Deoxyribonucleic acid – DNA) περιέχει τις γενετικές πληροφορίες που καθορίζουν τη βιολογική ανάπτυξη όλων των κυτταρικών μορφών ζωής. Έχει τη μορφή της διπλής έλικας ενώ η μεταβίβαση της γενετικής πληροφορίας ξεκινά με την αντιγραφή του μακρομορίου του DNA. Η αντιγραφή ξεκινά από συγκεκριμένα τμήματα με την πρόσδεση των εναρκτήριων πρωτεϊνών. Παρόλα αυτά οι πληροφορίες που έχουμε μέχρι σήμερα δεν είναι αρκετές για να κατανοήσουμε σε βάθος τις βιολογικές διαδικασίες. Πιο συγκεκριμένα, για την έναρξη της αντιγραφής, δεν γνωρίζουμε πώς οι εναρκτήριες πρωτεΐνες αναγνωρίζουν τις θέσεις της έναρξης της αντιγραφής και αν σε αυτό διευκολύνει η δομή της διπλής έλικας ή ακόμη και οι προσωρινές αποδιατάξεις λόγω των θερμικών διακυμάνσεων των βάσεων που περιέχει. Είναι γνωστό ότι το μακρομόριο του DNA υπόκειται σε τέτοιες θερμικές αποδιατάξεις που οδηγούν σε παροδικά ανοίγματα. Η παρούσα εργασία μελετά αν υπάρχει συσχέτιση των θερμικών ανοίγματων του DNA με την αναγνώριση των θέσεων έναρξης της αντιγραφής. Αυτό γίνεται με τη βοήθεια του μοντέλου των Peyrard-Bishop-Dauxois. Οι οργανισμοί που μελετήθηκαν είναι το Escherichia coli από την οικογένεια των βακτηρίων, το Sulfolobus solfataricus P2 από την οικογένεια των αρχαιοβακτηρίων και το Saccharomyces cerevisiae από την οικογένεια των ευκαρυωτών. |
| author2 |
Καλόσακας, Γεώργιος |
| author_facet |
Καλόσακας, Γεώργιος Μπαρουτιάδη, Αικατερίνη |
| format |
Thesis |
| author |
Μπαρουτιάδη, Αικατερίνη |
| author_sort |
Μπαρουτιάδη, Αικατερίνη |
| title |
Θερμικά ανοίγματα σε περιοχές έναρξης αντιγραφής του DNA |
| title_short |
Θερμικά ανοίγματα σε περιοχές έναρξης αντιγραφής του DNA |
| title_full |
Θερμικά ανοίγματα σε περιοχές έναρξης αντιγραφής του DNA |
| title_fullStr |
Θερμικά ανοίγματα σε περιοχές έναρξης αντιγραφής του DNA |
| title_full_unstemmed |
Θερμικά ανοίγματα σε περιοχές έναρξης αντιγραφής του DNA |
| title_sort |
θερμικά ανοίγματα σε περιοχές έναρξης αντιγραφής του dna |
| publishDate |
2018 |
| url |
http://hdl.handle.net/10889/10921 |
| work_keys_str_mv |
AT mparoutiadēaikaterinē thermikaanoigmataseperiochesenarxēsantigraphēstoudna AT mparoutiadēaikaterinē thermalopeningsinoriginsofdna |
| _version_ |
1771297170208587776 |
