| Περίληψη: | Τα τελευταία χρόνια γίνεται στροφή των υπολογιστικών συστημάτων προς την παράλληλη επεξεργασία. Ακόμα και οι οικιακοί υπολογιστές περιέχουν χιλιάδες εξειδικευμένους επεξεργαστικούς πυρήνες, με τη μορφή των GPUs που συνήθως διαθέτουν. Για την εκμετάλλευση αυτών, τα τελευταία χρόνια έχουν εμφανιστεί APIs όπως το CUDA και το OpenCL, τα οποία προσφέρουν στους προγραμματιστές τη δυνατότητα να γράψουν γενικής χρήσης κώδικα που προορίζεται για εκτέλεση σε GPGPUs ή άλλες συσκευές επεξεργασίας. Στα πλαίσια της παρούσας διπλωματικής εργασίας εξετάστηκε ο αλγόριθμος BLAST, ο οποίος αποτελεί ένα από τα πιο θεμελιώδη εργαλεία αναζήτησης σε βάσεις δεδομένων βιολογικών αλληλουχιών. Στη συνέχεια, υλοποιήθηκε μια παραλληλοποιημένη εκδοχή του με χρήση του OpenCL.
|
|---|
