Αναγνώριση λειτουργικών υπο-δομών στο πρωτεϊνικό δίκτυο του Saccharomyces cerevisae συνδυάζοντας δεδομένα έκφρασης γονιδίων και αλληλεπίδρασης πρωτεϊνών

• Κύριος συγγραφέας: Δημητρακοπούλου, Κωνσταντίνα
• Άλλοι συγγραφείς: Μπεζεριάνος, Αναστάσιος
• Μορφή: Thesis
• Γλώσσα: Greek
• Έκδοση: 2008
• Θέματα: Βιοπληροφορική; Δεδομένα έκφρασης γονιδίων; Δίκτυο αλληλεπίδρασης πρωτεϊνών; Λειτουργική υπο-δομή; Bioinformatics; Gene expression data; Protein interaction network; Functional module; 572.865 1

Τα τελευταία χρόνια κυριαρχεί στο χώρο της γενωμικής έρευνας η τεχνολογία των μικροσυστοιχιών, η οποία επέτρεψε την ποσοτική μέτρηση της έκφρασης χιλιάδων γονιδίων ταυτόχρονα. Παρόλο που τα δεδομένα έκφρασης των γονιδίων μπορεί να εμπεριέχουν θόρυβο και να μην είναι πλήρως αντικειμενικά, εντούτοις περιγράφουν την έκφραση όλου του γονιδιώματος ενός οργανισμού, κάτι το οποίο δεν ήταν εφικτό τις προηγούμενες δεκαετίες. Επίσης ένα άλλο είδος δεδομένων που συνέβαλλε δραστικά στην κατανόηση των δυναμικών διεργασιών του κυττάρου ήταν τα δεδομένα πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων (πρωτεΐνη-πρωτεΐνη). Μεγάλης κλίμακας τεχνικές όπως το διυβριδικό σύστημα του σακχαρομύκητα και η φασματομετρία μάζας καθαρισμένων πρωτεϊνικών συμπλόκων παρήγαγαν μεγάλη ποσότητα πληροφορίας για τις σχέσεις μεταξύ των γονιδιακών προϊόντων. Επίσης και αυτό το είδος δεδομένων χαρακτηρίζεται από πολλές αναληθείς αλληλεπιδράσεις και στην εργασία αυτή χρησιμοποιούνται οι πιο έγκυρες από αυτές. Ταυτόχρονα ξεκίνησε μια προσπάθεια να περιγραφούν οι δυναμικές διεργασίες του κυττάρου μέσα από βιολογικά δίκτυα π.χ. γονιδιακά, πρωτεϊνικά, μεταβολικά κτλ. Ακόμα μεγαλύτερη πρόκληση είναι η εύρεση υποδικτύων με βιολογικά διακριτό ρόλο, τα οποία ονομάζονται λειτουργικές υπο-δομές. Η ανίχνευση τέτοιων υπο-δομών θα συντελέσει στην κατανόηση των σχέσεων μεταξύ των γονιδίων ή των προϊόντων τους αλλά και στην επισήμανση γονιδίων ή πρωτεϊνών που δεν έχουν χαρακτηριστεί ακόμα. Στην εργασία αυτή τέλος περιγράφονται τρόποι ομαδοποίησης των δεδομένων γονιδιακής έκφρασης, αναλύονται διεξοδικά τα δίκτυα αλληλεπίδρασης πρωτεϊνών και παρουσιάζονται τρόποι ομαδοποίησης αυτών. Επίσης προτείνεται ενοποίηση των παραπάνω δεδομένων στον οργανισμό Saccharomyces cerevisiae με σκοπό την ανίχνευση λειτουργικών υπο-δομών στον πρωτεϊνικό του γράφο. Επιπρόσθετα, η ανίχνευση αυτών των υπο-δομών υλοποιήθηκε με έναν νέο αλγόριθμο, τον Detect Module from Seed Protein (DMSP), ο οποίος δεν διαμερίζει το γράφο σε ομάδες όπως οι κλασικοί τρόποι ομαδοποίησης αλλά χτίζει υπο-δομές ξεκινώντας από μια πρωτεΐνη-«σπόρο».