Αναγνώριση γονιδιακών εκφράσεων νεοπλασιών σε microarrays

• Κύριος συγγραφέας: Τσακανίκας, Παναγιώτης
• Άλλοι συγγραφείς: Δερματάς, Ευάγγελος
• Έκδοση: 2007
• Θέματα: Microarrays; Support vector machines; Επεξεργασία εικόνας; Αναγνώριση νεοπλασιών; Image processing; Tumor identification; 621.367

Η ουσιώδης ανάπτυξη που παρουσίασε η μοριακή παθολογία τα τελευταία χρόνια, είναι συνυφασμένη με την ανάπτυξη της microarray τεχνολογίας. Αυτή η τεχνολογία μας παρέχει μια νέα οδό προσπέλασης υψηλής χωρητικότητας τέτοια ώστε: i. να δίνεται η δυνατότητα ανάλυσης μεγάλης κλίμακας της ισοτοπικής αφθονίας του αγγελιοφόρου RNA (mRNA), ως δείκτη γονιδιακών εκφράσεων (cDNA arrays), ii. να ανιχνεύονται πολυμορφισμοί ή μεταλλάξεις μέσα σε έναν πληθυσμό γονιδίων χρησιμοποιώντας ξεχωριστούς nucleotide πολυμορφισμούς (Single Nucleotide Polymorphisms arrays), iii. και για εξέταση «απώλειας» ή «κέρδους», ή αλλαγές στον αριθμό αντιγραφής κάποιου συγκεκριμένου γονιδίου που σχετίζεται με κάποια ασθένεια (CGH arrays). Η τεχνολογία των microarrays είναι ευλογοφανές να εξελιχθεί σε ακρογωνιαίο λίθο της μοριακής έρευνας στα επόμενα χρόνια, και αυτό γιατί DNA microarrays χρησιμοποιούνται για τον ποσοτικό προσδιορισμό δεκάδων χιλιάδων DNA ή RNA ακολουθιών σε μια και μόνο ανάλυση – πείραμα. Από μια σειρά από τέτοια πειράματα, είναι δυνατόν να προσδιορίσουμε τους μηχανισμούς που ελέγχουν την ενεργοποίηση των γονιδίων σε έναν οργανισμό. Ακόμη η χρήση των microarrays για την επισκόπηση γονιδιακών εκφράσεων είναι μια ραγδαία αναπτυσσόμενη τεχνολογία, η οποία μετακινήθηκε από εξειδικευμένα, σε συμβατικά βιολογικά εργαστήρια. Στην παρούσα διπλωματική εργασία κυρίως, θα αναφερθούμε στα δύο γενικά στάδια της ανάλυσης των microarray εικόνων που μας δίνονται ως απόρρεια των πειραμάτων, που έχουν ως στόχο την εξόρυξη πληροφορίας από αυτές. Τα δύο αυτά στάδια είναι: i. Επεξεργασία εικόνας και εξαγωγή πληροφορίας από αυτήν. ii. Ανάλυση της προκύπτουσας πληροφορίας και αναγνώριση των γονιδιακών εκφράσεων. Όσον αφορά το πρώτο στάδιο θα αναφέρουμε τις βασικές μεθόδους που χρησιμοποιούνται σήμερα από εμπορικά και εκπαιδευτικά πακέτα λογισμικού, οι οποίες μέθοδοι δίνουν και τα καλύτερα αποτελέσματα μέχρι στιγμής. Για το δεύτερο στάδιο, αφού αναφέρουμε τις πιο σημαντικές μεθόδους που χρησιμοποιούνται, θα υλοποιήσουμε μια δική μας μέθοδο και θα την συγκρίνουμε με τις υπάρχουσες.