Ανάλυση δεδομένων μεταγραφώματος με τεχνικές υπολογιστικής νοημοσύνης και στατιστικής

• Κύριος συγγραφέας: Πανουτσόπουλος, Παναγιώτης
• Άλλοι συγγραφείς: Σακελλαρόπουλος, Γιώργος
• Μορφή: Thesis
• Γλώσσα: Greek
• Έκδοση: 2019
• Θέματα: Ρετινοειδή; Μικροσυστοιχίες; Γονιδιακή ρύθμιση; Καρκίνος; Microarrays; Up-regulation; Down-regulation

Τα ρετινοειδή χαρακτηρίζονται δομικά από την παρουσία κυκλικής ομάδας στο ένα άκρο του μορίου, μίας πολικής ομάδας στο άλλο άκρο και μίας πλευρικής αλυσίδας πολυενίου. Αποτελούν παράγωγα της βιταμίνης Α, φυσικής ή συνθετικής προέλευσης και. Επιπλέον, τα ρετινοειδή έχουν αποδειχθεί για τη φαρμακολογική τους δράση κατά των δερματικών παθήσεων, ενώ πλήθος ερευνών εστιάζουν στη δημιουργία ισχυρών συνθετικών σκευασμάτων που φέρουν μόρια ρετινοειδών με σκοπό την εστιασμένη αντιμετώπιση ποικίλων καρκινικών μορφών, όπως οι λευχαιμίες, ο καρκίνος της μήτρας, το γλοιοβλάστωμα κ.α. Στην παρούσα μελέτη εξετάζεται η επίδραση τριών φαρμακευτικών ειδών, των RA2SP, ATRA, AC, ως προς τη ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης. Τα σκευάσματα αυτά χορηγήθηκαν σε ασθενείς σε ποικίλες δοσολογίες, κατά τη διεξαγωγή πρωθύστερων πειραμάτων του εργαστηρίου του Καθηγητή Κ. Σταθόπουλου. Τα πειράματα περιλάμβαναν δεδομένα μεταγραφώματος από μικροσυστοιχίες cDNA, τα οποία αναλύθηκαν με τη βοήθεια υπολογιστικής νοημοσύνης και στατιστικής στην παρούσα διπλωματική εργασία. Η ανάλυση των παραπάνω δεδομένων και τα αντίστοιχα συμπεράσματα αποτελούν αντικείμενο της παρούσας εργασίας. Κύριος στόχος είναι η εύρεση γονιδίων που ενεργοποιούνται και από τις τρεις εξεταζόμενες ουσίες, τις AC,ATRA, RA2SP. Τα γονίδια που εντοπίστηκαν είναι τα : CNGA3, DBN1, DRD2, FOSB, GIF, GPC2, HYAL2, LILRA3, MNDA, NPHP3, OR10A3, PKD1L1, RALA, SLC46A1, SNF8, VPS62. Εν κατακλείδι, πολλά από τα παραπάνω γονίδια αναφέρονται στη βιβλιογραφία ως συνδεδεμένα με ποικίλες καρκινικές μορφές και στόχος διαφορετικών θεραπευτικών προσεγγίσεων. Τα δεδομένα αυτά σε συνδυασμό με τα συμπεράσματα που προέκυψαν από την παρούσα ερευνητική προσέγγιση αναδεικνύουν ακόμα περισσότερα τα σημαντικά για τη θεραπεία του καρκίνου γονίδια και προάγουν τη διαδικασία της έρευνας σε ακόμα πιο στοχευμένες κατευθύνσεις.