Διαδικτυακό εργαλείο για την οπτικοποίηση και ανάλυση βιολογικών γράφων μεγάλου όγκου

• Κύριος συγγραφέας: Μανδράκη, Δήμητρα
• Άλλοι συγγραφείς: Μακρής, Χρήστος
• Μορφή: Thesis
• Γλώσσα: Greek
• Έκδοση: 2019
• Θέματα: Συστημική βιολογία; Αλγόριθμος DEsubs; Βιολογικοί γράφοι; Βιοδείκτες ασθενειών; Διαταραγμένοι υπογράφοι; Εργαλείο Rshiny; Systemic biology; Perturbed subgraphs; Biological graphs; Disease biomarkers; DEsubs algorithm; Rshiny tool; 572.380 285

Ένας από τους κεντρικούς επιστημονικούς άξονες της Βιοπληροφορικής αποτελεί στη σημερινή εποχή η Συστημική Βιολογία (Systems Biology) και οι προεκτάσεις της. Η Βιολογία Συστημάτων ενσωματώνει βιολογική πληροφορία πολλαπλών επιπέδων, από το DNA μέχρι πληθυσμούς, σε μοντέλα τα οποία μπορούν να περιγράψουν τις υποκείμενες βιολογικές διεργασίες. Έτσι, αποτελεί μια ολιστική προσέγγιση η οποία άρχισε να κερδίζει έδαφος μετά την ολοκλήρωση του ‘Human Genome Project’, το οποίο έκανε εμφανές ότι η Βιολογία είναι Επιστήμη Πληροφορίας. Συγκεκριμένα, συναντάται έντονο ερευνητικό ενδιαφέρον στην εύρεση «υπογράφων» οι οποίοι διαταράσσονται (perturbed subgraphs) κατά τη μελέτη της γονιδιακής έκφρασης διαφόρων τύπων ασθενειών. Οι συγκεκριμένοι υπογράφοι συνήθως θεωρούνται ως «υποψήφιοι βιοδείκτες ασθενειών» (potential disease biomarkers). Σκοπός της παρούσας εργασίας είναι η δημιουργία ενός διαδικτυακού εργαλείου, μέσω του εργαλείου Rshiny, η οποία υλοποιεί και οπτικοποιεί τα αποτελέσματα ενός εργαλείου το οποίο εντοπίζει σημαντικά εμπλουτισμένα και miRNA – ρυθμιζόμενα υπομονοπάτια από χάρτες σηματοδοτικών μονοπατιών KEGG ενσωματώνοντας χρονοσειρές γονιδιακής έκφρασης mRNA / miRNA με mRNA / miRNA αλληλεπιδράσεις.