Ανάπτυξη υπολογιστικού εργαλείου ιεράρχησης και βαθμονόμησης γενετικών αλλαγών σε φαρμακογονίδια : προεκτάσεις στην εφαρμογή της αλληλούχισης ολόκληρου του γονιδιώματος στην κλινική φαρμακογονιδιωματική

• Κύριος συγγραφέας: Πανδή, Μαρία - Θεοδώρα
• Άλλοι συγγραφείς: Πατρινός, Γεώργιος
• Μορφή: Thesis
• Γλώσσα: Greek
• Έκδοση: 2020
• Θέματα: Βιοπληροφορική; Γενετικές αλλαγές; Φαρμακογονιδιωματική; Πρόβλεψη λειτουργικών επιπτώσεων; Μηχανική μάθηση; Bioinformatics; Genetic variants; Pharmacogenomics; Functional impact prediction; Machine learning; Random forest

Η επιστήμη της Φαρμακογονιδιωματικής διερευνά τον τρόπο με τον οποίο το γονιδίωμα ενός ατόμου καθορίζει την ανταπόκρισή του σε δεδομένη φαρμακευτική αγωγή, με απώτερο σκοπό την αξιοποίηση αυτής της πληροφορίας για την καθοδήγηση και εξατομίκευση της αγωγής, βελτιστοποιώντας τα θεραπευτικά οφέλη κι ελαχιστοποιώντας τους κινδύνους για τους ασθενείς, πραγματοποιώντας τις υποσχέσεις της Ιατρικής Ακριβείας. Παράλληλα, οι τεχνολογικές εξελίξεις στην αλληλούχιση του γονιδιώματος, σε συνδυασμό με την ανάπτυξη βελτιωμένων υπολογιστικών μεθόδων αποδοτικότερης ανάλυσης του τεράστιου όγκου δεδομένων που προκύπτουν, επιτρέπουν την ανάγνωση του γονιδιώματος των ασθενών συντομότερα και με μικρότερο κόστος, καθιστώντας ρεαλιστική την ενσωμάτωση της ως πρακτική ρουτίνας στην κλινική πράξη. Η διαθεσιμότητα της πληθώρας των εντοπιζόμενων γενετικών παραλλαγών επισημαίνει την αναγκαιότητα ανάπτυξης συστηματικών κι αποτελεσματικών μεθοδολογιών αξιολόγησης κι ιεράρχησης της πληροφορίας αυτής για την καθοδήγηση της φαρμακευτικής αγωγής. Στην κατεύθυνση αυτή, στη συγκεκριμένη διπλωματική εργασία εξετάζεται η χρήση ενός συνόλου λειτουργικά χαρακτηρισμένων μονονουκλεοτιδικών παραλλάγων που εντοπίζονται σε φαρμακογονίδια για την εκπαίδευση ενός αλγορίθμου μηχανικής μάθησης και την ανάπτυξη ενός κατηγοριοποιητή που θα ταξινομεί νέες παραλλαγές ως προς τις πιθανές συνέπειες τους για την πρωτεϊνική λειτουργία, η οποία με τη σειρά της επηρεάζει την απόκριση στα φάρμακα. Περαιτέρω βελτιώσεις και ανάπτυξη του προτεινόμενου πλαισίου εργασίας μπορεί να οδηγήσει σε ένα εξαιρετικά χρήσιμο εργαλείο ιεράρχησης και βαθμονόμησης σχετικών παραλλαγών, με δυνατότητα αξιοποίησης στην κλινική πράξη.