| Περίληψη: | Η πρωτεΐνη La αποτελεί ένα μόριο με πολλές διαφορετικές επικράτειες αναγνώρισης μορίων RNA και πρώτα χαρακτηρίστηκε ως αυτο-αντιγόνο στον ορό ασθενών με συστημικό ερυθηματώδη λύκο και σύνδρομο Sjogren’s. Η πρωτεΐνη La κατέχει σημαντικό ρόλο στη διαδικασία βιογένεσης μορίων tRNA μέσω δέσμευσής της στην τερματική αλληλουχία UUU-3’-OH των μη κωδικών μεταγράφων της RNA πολυμεράσης III (RNAP III). Μέσω της δέσμευσής της καθοδηγεί την ακριβή ωρίμανση
του 5’ άκρου των πρόδρομων μορίων tRNA με τη συμβολή του ενζύμου RNase P, προστατεύει το 3’ άκρο τους από εξωνουκλεϊκή κατάλυση και κατευθύνει την ορθή αναδίπλωση των μορίων δρώντας ως πρωτεΐνη μοριακός συνοδός. Παρόλο που η πρωτεΐνη La εντοπίζεται κυρίως στον πυρήνα, εμπλέκεται στην διαδικασία μετάφρασης συγκεκριμένων κυτταρικών και ιικών μορίων mRNA, καθώς και παρεμβολής μέσω RNA αλληλεπιδρώντας με μη κωδικά μόρια RNA στο κυτταρόπλασμα. Συνεπώς συμμετέχει στην ενδοκυττάρια κυκλοφορία μορίων RNA και τους μηχανισμούς αντιικής προστασίας του κυττάρου. Τέλος, έχει παρατηρηθεί ότι η πρωτεΐνη La εμπλέκεται σε αυτοάνοσα νοσήματα και διάφορους τύπους νεοπλασιών.
Η πρωτεΐνη La αποτελείται από τέσσερεις διακριτές επικράτειες, την επικράτεια La (La Motif - LaM), δυο επικράτειες αναγνώρισης RNA (RNA Recegnition Motif - RRM1 και RRM2α) και μια μη δομημένη καρβοξυτελική περιοχή. Μέχρι σήμερα η δομή ολόκληρης της πρωτεΐνη δεν έχει επιλυθεί, με τα δομικά δεδομένα από τη βιβλιογραφία να αφορούν τις επικράτειες LaΜ και RRM ορισμένων ευκαρυωτών (συμπεριλαμβανομένου του ανθρώπου) σε σύμπλοκο με συνθετικά ολιγονουκλεοτίδια,
παρέχοντας μη επαρκής πληροφορίες των πιθανών ρόλων της πρωτεΐνης σχετικά με τις διαδικασίες δέσμευσης του φυσικού της υποστρώματος, προσομοιάζοντας τις κυτταρικές συνθήκες.
Στην παρούσα έρευνα μελετώνται τα δομικά φαινόμενα που λαμβάνουν χώρα κατά την αλληλεπίδραση της πρωτεΐνης La, από τον οργανισμό Dictiostelium discoideum, με υποστρώματα μορίων RNA καθώς και της σταθερότητας της, μέσω δομικού και λειτουργικού χαρακτηρισμού μιας «βιβλιοθήκης» των επικρατειών αυτής, διαφορετικού μήκους και δομικών στοιχείων. Τα αποτελέσματα της έρευνας περιλαμβάνουν τον προσδιορισμό της τρισδιάστατης δομής των επικρατειών RRM1, RRM2α και LaM-RRM1, μέσω πολυδιάστατης φασματοσκοπίας NMR. Τα δομικά αποτελέσματα συγκρίνονται με τις υπάρχουσες δομές των αντίστοιχων επικρατειών της ομόλογης ανθρώπινης πρωτεΐνης. Εκτός της δομικής ανάλυσης πραγματοποιείται και δυναμική
μελέτη των παραπάνω επικρατειών μέσω μετρήσεων αποδιέγερσης των πυρήνων των ατόμων 15N. Τέλος, η λειτουργική ανάλυση των παραπάνω επικρατειών και ο ρόλος τους στην αναγνώριση μορίων RNA πραγματοποιείται μέσω NMR πειραμάτων τιτλοδότησης, χρησιμοποιώντας μόρια RNA, τα οποία αποτελούν φυσικά υποστρώματα της πρωτεΐνης ή συνθετικά μόρια για τη μελέτη της εκλεκτικότητάς της σε αλληλουχίες ουρακίλης.
|
|---|
