Εξόρυξη γνώσης και οπτικοποίηση δικτύων μοριακής βιολογίας

• Main Author: Αναγνώστου, Παναγιώτης
• Other Authors: Μακρής, Χρήστος
• Format: Thesis
• Language: Greek
• Published: 2020
• Subjects: Συστημική βιολογία; Εξόρυξη γνώσης; Οπτικοποίηση; Βιοϊατρική; Δικτυακοί βιοδείκτες; Systems biology; Java; Knowledge mining; Visualization; Network biomarkers; Biomedics

Βρισκόμαστε στην εποχή όπου η Βιολογία Συστημάτων και η Ιατρική των Δικτύων διαδραματίζουν σημαντικό ρόλο στον τομέα της Βιοιατρικής, προσφέροντας σημαντικές λύσεις στην αποσαφήνιση των μηχανισμών σε πολύπλοκες ασθένειες. Προς αυτή την κατεύθυνση κινούνται και οι τεχνικές που βασίζονται στην εξόρυξη γνώσης απο δίκτυα της Μοριακής Βιολογίας. Τα υποδίκτυα που ενεργοποιούνται ως προς μια υπο μελέτη περίπτωση, μπορούν να χαρακτηριστούν ως δικτυακοί βιοδείκτες. Στην παρούσα Διπλωματική εργασία σχεδιάστηκε και υλοποιήθηκε η μεθοδολογία DIAS η οποία βρίσκει ενεργά υποδίκτυα τα οποία έχουν γονίδια με έντονη διαφορική έκφραση και προκύπτουν απο Σηματοδοτικά Δίκτυα Μονοπατιων και δεδομένα μεταγραφώματος single-cell RNA-seq. Η μεθοδολογία υλοποιήθηκε και λειτουργεί ως Cytoscape app, προσφέροντας τη δυνατότητα για ένα φιλικό προς το χρήστη γραφικό περιβάλλον, το οποίο θα επιτρέπει την εξόρυξη γνώσης από δίκτυα της Μοριακής Βιολογίας. Η υλοποίηση του DIAS έγινε στην γλώσσα Java και βρίσκεται στο appstore του Cytoscape στον σύνδεσμο https://apps.cytoscape.org/.