Αλγόριθμοι διαχείρισης και ανάλυσης ακολουθιών βιολογικών δεδομένων με εφαρμογή σε προβλήματα βιοπληροφορικής
Αντικείμενο της παρούσας διδακτορικής διατριβής είναι η μελέτη και η σχεδίαση αποδοτικών αλγορίθμων για τη διαχείριση και ανάλυση ακολουθιών βιολογικών δεδομένων. Οι αλγόριθμοι που θα περιγράψουμε εφαρμόζονται σε προβλήματα Βιοπληροφορικής, όπως η αναγνώριση γνωστών ή άγνωστων μοτίβων του DNA και RN...
| Κύριος συγγραφέας: | |
|---|---|
| Άλλοι συγγραφείς: | |
| Μορφή: | Thesis |
| Γλώσσα: | Greek |
| Έκδοση: |
2009
|
| Θέματα: | |
| Διαθέσιμο Online: | http://nemertes.lis.upatras.gr/jspui/handle/10889/1415 |
| id |
nemertes-10889-1415 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| institution |
UPatras |
| collection |
Nemertes |
| language |
Greek |
| topic |
Βιοπληροφορική Αλγόριθμοι Βιολογικές ακολουθίες Ανακάλυψη μοτίβων Εύρεση επαναλήψεων Ταίριασμα προτύπου Bioinformatics Algorithms Biological sequences Motif discovery Repeat finding Pattern matching 570.285 |
| spellingShingle |
Βιοπληροφορική Αλγόριθμοι Βιολογικές ακολουθίες Ανακάλυψη μοτίβων Εύρεση επαναλήψεων Ταίριασμα προτύπου Bioinformatics Algorithms Biological sequences Motif discovery Repeat finding Pattern matching 570.285 Περδικούρη, Αικατερίνη Αλγόριθμοι διαχείρισης και ανάλυσης ακολουθιών βιολογικών δεδομένων με εφαρμογή σε προβλήματα βιοπληροφορικής |
| description |
Αντικείμενο της παρούσας διδακτορικής διατριβής είναι η μελέτη και η σχεδίαση αποδοτικών αλγορίθμων για τη διαχείριση και ανάλυση ακολουθιών βιολογικών δεδομένων. Οι αλγόριθμοι που θα περιγράψουμε εφαρμόζονται σε προβλήματα Βιοπληροφορικής, όπως η αναγνώριση γνωστών ή άγνωστων μοτίβων του DNA και RNA, που εμπλέκονται σε ποικίλες βιολογικές διεργασίες καθώς και η ανακάλυψη περιοδικοτήτων.
Ειδικότερα οι αλγόριθμοι που θα παρουσιάσουμε χρησιμοποιούνται για την ανάλυση Βιολογικών Ακολουθιών με “αδιάφορους χαρακτήρες” και Βιολογικών Ακολουθιών με Βάρη. Οι Βιολογικές Ακολουθίες με “αδιάφορους χαρακτήρες” αναπαριστούν συνήθως οικογένειες πρωτεϊνών ενώ οι Βιολογικές Ακολουθίες με βάρη αναπαριστούν συναρμολογούμένες ακολουθίες γονιδιωμάτων που έχουν πρόσφατα αλληλουχηθεί.
Στις Βιολογικές Ακολουθίες με αδιάφορους χαρακτήρες παρουσιάζουμε δυο αποδοτικούς αλγορίθμους γραμμικού χρόνου για τον υπολογισμό της περιόδου και τον υπολογισμό του καλύμματος. Ο δεύτερος αλγόριθμος εφαρμόζεται και σε κυκλικά (circular DNAs).
Στις Βιολογικές Ακολουθίες με βάρη παρουσιάζουμε δυο αλγορίθμους για τον υπολογισμό των βασικών περιοδικοτήτων: της περιόδου και του καλύμματος ενώ επιλύουμε και το πρόβλημα της εύρεσης προτύπου. Η ανάγκη για αποδοτική διαχείριση βιολογικών ακολουθιών με βάρη μας ώθησε να εισάγουμε μια νέα αποδοτική δομή η οποία επιλύει αποδοτικά τα 2 προηγούμενα προβλήματα. Η δομή αυτή ονομάζεται Δέντρο Επιθεμάτων με Βάρη. Χρησιμοποιώντας το Δέντρο Επιθεμάτων με Βάρη επιλύουμε διάφορες παραλλαγές του προβλήματος εξαγωγής μοτίβων από Βιολογικές Ακολουθίες με Βάρη.
Τέλος αποφασίσαμε να μελετήσουμε τη χρήση των Γενετικών Αλγορίθμων και του Εξελικτικού Προγραμματισμού στην ανάλυση ακολουθιών βιολογικών δεδομένων. Αποτέλεσμα αυτής της μελέτης είναι η περιγραφή ενός γενετικού αλγορίθμου που υπολογίζει τις επαναλήψεις σε μια βιολογική ακολουθία. |
| author2 |
Τσακαλίδης, Αθανάσιος |
| author_facet |
Τσακαλίδης, Αθανάσιος Περδικούρη, Αικατερίνη |
| format |
Thesis |
| author |
Περδικούρη, Αικατερίνη |
| author_sort |
Περδικούρη, Αικατερίνη |
| title |
Αλγόριθμοι διαχείρισης και ανάλυσης ακολουθιών βιολογικών δεδομένων με εφαρμογή σε προβλήματα βιοπληροφορικής |
| title_short |
Αλγόριθμοι διαχείρισης και ανάλυσης ακολουθιών βιολογικών δεδομένων με εφαρμογή σε προβλήματα βιοπληροφορικής |
| title_full |
Αλγόριθμοι διαχείρισης και ανάλυσης ακολουθιών βιολογικών δεδομένων με εφαρμογή σε προβλήματα βιοπληροφορικής |
| title_fullStr |
Αλγόριθμοι διαχείρισης και ανάλυσης ακολουθιών βιολογικών δεδομένων με εφαρμογή σε προβλήματα βιοπληροφορικής |
| title_full_unstemmed |
Αλγόριθμοι διαχείρισης και ανάλυσης ακολουθιών βιολογικών δεδομένων με εφαρμογή σε προβλήματα βιοπληροφορικής |
| title_sort |
αλγόριθμοι διαχείρισης και ανάλυσης ακολουθιών βιολογικών δεδομένων με εφαρμογή σε προβλήματα βιοπληροφορικής |
| publishDate |
2009 |
| url |
http://nemertes.lis.upatras.gr/jspui/handle/10889/1415 |
| work_keys_str_mv |
AT perdikourēaikaterinē algorithmoidiacheirisēskaianalysēsakolouthiōnbiologikōndedomenōnmeepharmogēseproblēmatabioplērophorikēs AT perdikourēaikaterinē algorithmsfortheanalysisofbiologicalsequenceswithapplicationonbioinformaticsproblems |
| _version_ |
1771297148775694336 |
| spelling |
nemertes-10889-14152022-09-05T05:00:42Z Αλγόριθμοι διαχείρισης και ανάλυσης ακολουθιών βιολογικών δεδομένων με εφαρμογή σε προβλήματα βιοπληροφορικής Algorithms for the analysis of biological sequences with application on bioinformatics problems Περδικούρη, Αικατερίνη Τσακαλίδης, Αθανάσιος Λυκοθανάσης, Σπυρίδων Μακρής, Χρήστος Μπερμπερίδης, Κωνσταντίνος Ουζούνης, Χρήστος Παπαβασιλείου, Αθανάσιος Τσακαλίδης, Αθανάσιος Χατζηλυγερούδης, Αθανάσιος Perdikouri, Aikaterini Βιοπληροφορική Αλγόριθμοι Βιολογικές ακολουθίες Ανακάλυψη μοτίβων Εύρεση επαναλήψεων Ταίριασμα προτύπου Bioinformatics Algorithms Biological sequences Motif discovery Repeat finding Pattern matching 570.285 Αντικείμενο της παρούσας διδακτορικής διατριβής είναι η μελέτη και η σχεδίαση αποδοτικών αλγορίθμων για τη διαχείριση και ανάλυση ακολουθιών βιολογικών δεδομένων. Οι αλγόριθμοι που θα περιγράψουμε εφαρμόζονται σε προβλήματα Βιοπληροφορικής, όπως η αναγνώριση γνωστών ή άγνωστων μοτίβων του DNA και RNA, που εμπλέκονται σε ποικίλες βιολογικές διεργασίες καθώς και η ανακάλυψη περιοδικοτήτων. Ειδικότερα οι αλγόριθμοι που θα παρουσιάσουμε χρησιμοποιούνται για την ανάλυση Βιολογικών Ακολουθιών με “αδιάφορους χαρακτήρες” και Βιολογικών Ακολουθιών με Βάρη. Οι Βιολογικές Ακολουθίες με “αδιάφορους χαρακτήρες” αναπαριστούν συνήθως οικογένειες πρωτεϊνών ενώ οι Βιολογικές Ακολουθίες με βάρη αναπαριστούν συναρμολογούμένες ακολουθίες γονιδιωμάτων που έχουν πρόσφατα αλληλουχηθεί. Στις Βιολογικές Ακολουθίες με αδιάφορους χαρακτήρες παρουσιάζουμε δυο αποδοτικούς αλγορίθμους γραμμικού χρόνου για τον υπολογισμό της περιόδου και τον υπολογισμό του καλύμματος. Ο δεύτερος αλγόριθμος εφαρμόζεται και σε κυκλικά (circular DNAs). Στις Βιολογικές Ακολουθίες με βάρη παρουσιάζουμε δυο αλγορίθμους για τον υπολογισμό των βασικών περιοδικοτήτων: της περιόδου και του καλύμματος ενώ επιλύουμε και το πρόβλημα της εύρεσης προτύπου. Η ανάγκη για αποδοτική διαχείριση βιολογικών ακολουθιών με βάρη μας ώθησε να εισάγουμε μια νέα αποδοτική δομή η οποία επιλύει αποδοτικά τα 2 προηγούμενα προβλήματα. Η δομή αυτή ονομάζεται Δέντρο Επιθεμάτων με Βάρη. Χρησιμοποιώντας το Δέντρο Επιθεμάτων με Βάρη επιλύουμε διάφορες παραλλαγές του προβλήματος εξαγωγής μοτίβων από Βιολογικές Ακολουθίες με Βάρη. Τέλος αποφασίσαμε να μελετήσουμε τη χρήση των Γενετικών Αλγορίθμων και του Εξελικτικού Προγραμματισμού στην ανάλυση ακολουθιών βιολογικών δεδομένων. Αποτέλεσμα αυτής της μελέτης είναι η περιγραφή ενός γενετικού αλγορίθμου που υπολογίζει τις επαναλήψεις σε μια βιολογική ακολουθία. The object of this doctoral thesis is the study and the design of efficient algorithms for the analysis of sequences of biological data. The algorithms that we describe have application on Bioinformatics problems, such as the recognition of known or unknown patterns in DNA and RNA that are involved in various biological activities, as well as the discovery of periodicities. More specifically the algorithms that we present are used for the analysis of Biological Sequences with “don't care characters”' and Weighted Biological Sequences. Biological Sequences with “don't care characters”, usually represent protein families while Weighted Biological Sequences represent assembled sequences of genomes that they have been recently sequenced. In Biological Sequences with “don't care characters”' we present two efficient algorithms of linear time for the computation of the period and the cover. The second algorithm is also applied in circular DNAs . In Weighted Biological Sequences we present two algorithms for the computation of basic periodicities: the period and the cover, while we also solve the problem of pattern matching. The need for efficient management of biological sequences with weights prompted us to introduce a new efficient data structure which solves efficiently the two precedents problems. This structure is named Weighted Suffix Tree. Using the Weighted Suffix Tree we solve various instances of the motif discovery problem in Biological Weighted Sequences. Finally we decided to study the use of Genetic Algorithms and Evolutionary Programming in the analysis of biological sequences. The result of this study is the description of a genetic algorithm that computes the repetitions in a biological sequence. 2009-02-26T10:28:51Z 2009-02-26T10:28:51Z 2006 2009-02-26T10:28:51Z Thesis http://nemertes.lis.upatras.gr/jspui/handle/10889/1415 gr Η ΒΥΠ διαθέτει αντίτυπο της διατριβής σε έντυπη μορφή στο βιβλιοστάσιο διδακτορικών διατριβών που βρίσκεται στο ισόγειο του κτιρίου της. 0 application/pdf |
