Η χρήση των Omics technologies στον έλεγχο του αέρα

• Κύριος συγγραφέας: Κότσαλου, Χρυσούλα
• Άλλοι συγγραφείς: Kotsalou, Chrysoula
• Γλώσσα: Greek
• Έκδοση: 2020
• Θέματα: Βακτήρια; Μύκητες; Αδενοϊός; Δειγματοληψία αέρα; Δομές υγείας; Μοριακή μέθοδος; Απομόνωση DNA/RNA; Αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης; Αντίστροφη μεταγραφή και αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης; Bacteria; Fungi; Adenovirus; Sars-Cov-2; Air sampling; Health structures; Molecular method; DNA/RNA extraction; RT-PCR; RT-qPCR

Η παρούσα διπλωματική διατριβή εκπονήθηκε στα πλαίσια του μεταπτυχιακού προγράμματος Δημόσιας Υγείας, στις εγκαταστάσεις του εργαστηρίου Υγιεινής του τμήματος Ιατρικής του Πανεπιστημίου Πατρών. Διεξήχθη έλεγχος βακτηρίων, μυκήτων, Αδενοϊού (Adenovirus) και Κορωνοϊού (Sars-Cov-2) σε αέρα εσωτερικών χώρων. Πραγματοποιήθηκε συνεργασία με δέκα (10) δομές υγείας στην περιοχή της Πάτρας, μεταξύ αυτών νοσοκομεία, κλινικές, μαιευτήρια, γηροκομεία, κέντρα ημέρας και δομές ψυχικής νοσηλείας (δημόσια και ιδιωτικά), όπου ελέγχθηκε η μικροβιολογική ποιότητα του αέρα. Οι δειγματοληψίες έλαβαν χώρα από τον Μάιο έως τον Ιούλιο του 2020. Χρησιμοποιήθηκε δειγματολήπτης αέρα ο οποίος υποδέχεται ειδικά τρυβλία petri, όπου το καθένα διαθέτει το κατάλληλο υπόστρωμα ανάλογα με τον μικροοργανισμό ή τον ιό που ελέγχεται ανά περίπτωση. Όσον αφορά τα βακτήρια και τους μύκητες, η παρούσα μελέτη δεν εστίασε στην ανίχνευση και καταμέτρηση συγκεκριμένων ειδών, αλλά στην ολική μεσόφιλη χλωρίδα του υπό μελέτη αέρα (ΟΜΧ 36° C). Για την εξαγωγή των αποτελεσμάτων της ολικής μεσόφιλης χλωρίδας, το τρυβλίο με τον συσσωρευμένο αέρα επωάστηκε σε κλίβανο 36° C για δύο ημέρες σύμφωνα με το ISO 6222 και ακολούθησε οπτική ταυτοποίηση βακτηρίων και μυκήτων. Όσον αφορά τον Αδενοϊό και Κορωνοϊό, το παγιδευμένο γενετικό υλικό τους στο υπόστρωμα των τρυβλίων, απομονώθηκε με τη χρήση μαγνητικών σφαιριδίων και ενισχύθηκε με Αλυσιδωτή Αντίδραση Πολυμεράσης σε πραγματικό χρόνο (Real Time PCR). Ο Αδενοϊός, παθογόνα βακτήρια και μύκητες είναι γνωστό ότι αποτελούν κίνδυνο για τη Δημόσια Υγεία και δη για ανοσοκατασταλμένες και ευπαθής ομάδες. Γι’ αυτό το λόγο μελετήθηκε η παρουσία τους στον αέρα σε δομές υγείας. Παράλληλα, η Πανδημία που ξέσπασε ξαφνικά τον Μάρτιο του 2020 οφειλόμενη στον Κορωνοϊό (Sars Cov-2) ήταν το έναυσμα για τον σχεδιασμό της συγκεκριμένης μεταπτυχιακής διατριβής. Πρόκειται για έναν εξαιρετικά μεταδοτικό και επικίνδυνο ιό, ο οποίος στοίχησε εκατομμύρια ζωές σε όλο τον κόσμο. Η μελέτη πολλών μέχρι σήμερα άγνωστων παραμέτρων για την μετάδοσή του, όπως επίσης και η ανίχνευσή του στον αέρα αποτελεί ερευνητική πρόκληση για την επιστημονική κοινότητα. Στη συγκεκριμένη μελέτη, εξετάστηκαν 31 δείγματα αέρα πολυσύχναστων χώρων δομών παροχής υγείας. Βρέθηκαν πέντε (5) δείγματα θετικά για Αδενοϊό ενώ κανένα θετικό για Κορωνοϊό. Τα αποτελέσματα συγκρίθηκαν με αποτελέσματα παρόμοιων ερευνών για την διεξαγωγή συμπερασμάτων και προτάσεων. Στο δεύτερο μέρος της διπλωματικής εργασίας, έγινε προκαταρκτικός έλεγχος της ικανότητας ιονιστή ως προς την αποτελεσματικότητα στον καθαρισμό του αέρα εσωτερικού χώρου από την ύπαρξη Κορωνοϊού. Αναπτύχθηκε ολοκληρωμένο πρωτόκολλο ελέγχου. Αυτό περιλαμβάνει την επιμόλυνση του αέρα σε ειδικό κλειστό σύστημα διαχείρισης αέρα, τον καθαρισμό του με τη χρήση ιονιστή και την συλλογή δειγμάτων αέρα στο ενδιάμεσο και τελικό στάδιο. Το πείραμα διεξήχθη σε γυάλινο κουτί συγκεκριμένης διαμέτρου, που αντικατοπτρίζει τις πραγματικές περιβαλλοντικές συνθήκες. Η επιμόλυνση του αέρα έγινε με τη χρήση swabs ασθενών που νοσούν με Covid-19. Το γενετικό υλικό των θετικών κλινικών δειγμάτων απομονώθηκε με την μέθοδο γουανιδίνης και ποσοτικοποιήθηκε με την τεχνολογία Αλυσιδωτής Αντίδρασης Πολυμεράσης σε πραγματικό χρόνο (Real Time PCR). H απαιτούμενη συλλογή του αέρα στα διάφορα στάδια πραγματοποιήθηκε μέσω δειγματολήπτη αέρα σε τρυβλίο petri με υπόστρωμα (LMA), ειδικό για την προσκόλληση του ιού. Το γενετικό υλικό των τρυβλίων απομονώθηκε με τη χρήση μαγνητικών σφαιριδίων και ενισχύθηκε με την μοριακή τεχνική της Real Time PCR.