Διαδικτυακό εργαλείο για την μελέτη και ανακατασκευή γονιδιακών ρυθμιστικών δικτύων (ΓΡΔ)

• Κύριος συγγραφέας: Πασχαλίδης, Χρήστος
• Άλλοι συγγραφείς: Paschalidis, Christos
• Γλώσσα: Greek
• Έκδοση: 2021
• Θέματα: Συστημική βιολογία; Ανακατασκευή γονιδιακών ρυθμιστικών δικτύων; Βιολογικοί γράφοι; Βιοδείκτες ασθενειών; R Shiny εφαρμογή; Systemic biology

Βρισκόμαστε στη εποχή της Συστημικής Βιολογίας (Systems Biology) η οποία αποτελεί μια ολιστική προσέγγιση η οποία άρχισε να κερδίζει έδαφος μετά την ολοκλήρωση του ‘Human Genome Project’, το οποίο έκανε εμφανές ότι η Βιολογία είναι Επιστήμη Πληροφορίας. Προς αυτή την κατεύθυνση είναι και οι μέθοδοι που βασίζονται σε γράφους και αποτελούν μια αξιόπιστη λύση για την ερμηνεία πολλών βιολογικών διεργασιών και πολύπλοκων ασθενειών. Μια υποκατηγορία αυτών είναι τα γενετικά ρυθμιστικά δίκτυα (GRNs), τα οποία αποτελούν σύνολα μοριακών ρυθμιστών, οι οποίοι αλληλεπιδρούν τόσο μεταξύ τους όσο και με άλλα συστατικά του κυττάρου, καθορίζοντας τα επίπεδα έκφρασης του mRNA, επομένως και των πρωτεϊνών. Σκοπός της παρούσας εργασίας είναι η δημιουργία ενός διαδικτυακού εργαλείου, μέσω του εργαλείου Rshiny, το οποίο υλοποιεί και οπτικοποιεί διάφορους αλγορίθμους ανακατασκευής γονιδιακών ρυθμιστικών δικτύων χρησιμοποιώντας δεδομένα RNA-seq. Επίσης, πραγματοποιείται και η μελέτη της συμπεριφοράς των αλγορίθμων αυτών μέσα από διάφορες μετρικές αποστάσεων.