Έκφραση απομόνωση και φυσικοχημικός χαρακτηρισμός ανασυνδυασμένων πολυπεπτιδίων του macro τομέα του ιού της ηπατίτιδας Ε (HEV1)
Οι macro τομείς είναι συντηρημένες αλληλουχίες 130-190 αμινοξικών καταλοίπων και εντοπίζονται σε όλα τα βασίλεια της ζωής. Έχουν ανακαλυφθεί τα τελευταία 25 χρόνια και έως σήμερα έχουν επιλυθεί ποικίλες δομές macro, αποκαλύπτοντας την δομική τους συντήρηση. Υιοθετούν στο χώρο μία μικτή α/β/α δομή τύ...
| Κύριος συγγραφέας: | |
|---|---|
| Άλλοι συγγραφείς: | |
| Μορφή: | Thesis |
| Γλώσσα: | Greek |
| Έκδοση: |
2021
|
| Θέματα: | |
| Διαθέσιμο Online: | http://hdl.handle.net/10889/15227 |
| id |
nemertes-10889-15227 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| institution |
UPatras |
| collection |
Nemertes |
| language |
Greek |
| topic |
Ηπατίτιδα Ε ADP-ριβοζυλίωση Φασματοσκοπία πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού Macro τομείς Πρωτεϊνική έκφραση Hepatitis E virus Macro domain ADP-r NMR Protein expression Protein purification ADP-ribosylation 616.910 7 |
| spellingShingle |
Ηπατίτιδα Ε ADP-ριβοζυλίωση Φασματοσκοπία πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού Macro τομείς Πρωτεϊνική έκφραση Hepatitis E virus Macro domain ADP-r NMR Protein expression Protein purification ADP-ribosylation 616.910 7 Πολίτη, Μαρία Έκφραση απομόνωση και φυσικοχημικός χαρακτηρισμός ανασυνδυασμένων πολυπεπτιδίων του macro τομέα του ιού της ηπατίτιδας Ε (HEV1) |
| description |
Οι macro τομείς είναι συντηρημένες αλληλουχίες 130-190 αμινοξικών καταλοίπων και εντοπίζονται σε όλα τα βασίλεια της ζωής. Έχουν ανακαλυφθεί τα τελευταία 25 χρόνια και έως σήμερα έχουν επιλυθεί ποικίλες δομές macro, αποκαλύπτοντας την δομική τους συντήρηση. Υιοθετούν στο χώρο μία μικτή α/β/α δομή τύπου sandwich σχηματίζοντας μία υδρόφοβη κοιλότητα αλληλεπίδρασης με την ADP-ριβόζη καθώς και παραγώγων της. Οι ιικοί macro τομείς ανήκουν στην κατηγορία ενζύμων των ADP-ριβοζο-1΄΄-φωσφατασών και κατά το στάδιο της μόλυνσης του ξενιστή αφαιρούν μονο ή πολυ ADP-ριβόζη από πρωτεΐνες.
Ο ιός της Ηπατίτιδας Ε (Ηepatitis E Virus, HEV) είναι η πιο κοινή αιτία εμφάνισης οξείας ιογενούς ηπατίτιδας παγκοσμίως με 3 εκατομμύρια μολύνσεις ανά χρόνο. O HEV μπορεί να οδηγήσει σε χρόνια ηπατίτιδα και ηπατική κίρρωση. Σε αναπτυσσόμενες χώρες, ο ιός μεταδίδεται μέσω της κοπρανοστοματικής οδού ενώ σε αναπτυγμένες χώρες κυρίως μέσω μολυσμένων ζώων, κυρίως χοίρων. Η θεραπεία της μόλυνσης περιλαμβάνει είτε μονοθεραπεία ριμποβαρίνης είτε συνδυαστική θεραπεία με PEG IFN και ριμποβαρίνη. Ο macro τομέας εδράζεται στο αντιγραφικό σύμπλεγμα του ιού στο ανοιχτό πλαίσιο ανάγνωσης 1 (Open Reading Frame,ORF1) και αποτελείται από 147aa.
Στην παρούσα μεταπτυχιακή εργασία χρησιμοποιώντας μεθόδους μοριακής βιολογίας σε συνδυασμό με τη φασματοσκοπία Πυρηνικού Μαγνητικού Συντονισμού (Nuclear Magnetic Resonance, NMR), διερευνάται η παρασκευή και απομόνωση ενός πολυπεπτιδίου το οποίο, αντιπροσωπεύει τον macro τομέα του ιού της Ηπατίτιδας Ε, κατάλληλο για μελέτη των διαμορφωτικών και λειτουργικών ιδιοτήτων του macro τομέα. Πιο συγκεκριμένα, παρατίθενται τα πειράματα εύρεσης κατάλληλων συνθηκών έκφρασης και στην συνέχεια σταθερότητας/διαλυτότητας σε πληθώρα διαλυμάτων, διαφορετικού μεγέθους ανασυνδυασμένων πολυπεπτιδίων του macro τομέα του ιού της Ηπατίτιδας Ε. |
| author2 |
Σπυρούλιας, Γεώργιος |
| author_facet |
Σπυρούλιας, Γεώργιος Πολίτη, Μαρία |
| format |
Thesis |
| author |
Πολίτη, Μαρία |
| author_sort |
Πολίτη, Μαρία |
| title |
Έκφραση απομόνωση και φυσικοχημικός χαρακτηρισμός ανασυνδυασμένων πολυπεπτιδίων του macro τομέα του ιού της ηπατίτιδας Ε (HEV1) |
| title_short |
Έκφραση απομόνωση και φυσικοχημικός χαρακτηρισμός ανασυνδυασμένων πολυπεπτιδίων του macro τομέα του ιού της ηπατίτιδας Ε (HEV1) |
| title_full |
Έκφραση απομόνωση και φυσικοχημικός χαρακτηρισμός ανασυνδυασμένων πολυπεπτιδίων του macro τομέα του ιού της ηπατίτιδας Ε (HEV1) |
| title_fullStr |
Έκφραση απομόνωση και φυσικοχημικός χαρακτηρισμός ανασυνδυασμένων πολυπεπτιδίων του macro τομέα του ιού της ηπατίτιδας Ε (HEV1) |
| title_full_unstemmed |
Έκφραση απομόνωση και φυσικοχημικός χαρακτηρισμός ανασυνδυασμένων πολυπεπτιδίων του macro τομέα του ιού της ηπατίτιδας Ε (HEV1) |
| title_sort |
έκφραση απομόνωση και φυσικοχημικός χαρακτηρισμός ανασυνδυασμένων πολυπεπτιδίων του macro τομέα του ιού της ηπατίτιδας ε (hev1) |
| publishDate |
2021 |
| url |
http://hdl.handle.net/10889/15227 |
| work_keys_str_mv |
AT politēmaria ekphrasēapomonōsēkaiphysikochēmikoscharaktērismosanasyndyasmenōnpolypeptidiōntoumacrotomeatouioutēsēpatitidasehev1 AT politēmaria expressionpurificationandphysicochemicalcharacterizationofrecombinantpolypeptidesofhepatitisevirusmacrodomainhev1 |
| _version_ |
1771297164226461696 |
| spelling |
nemertes-10889-152272022-09-05T06:57:09Z Έκφραση απομόνωση και φυσικοχημικός χαρακτηρισμός ανασυνδυασμένων πολυπεπτιδίων του macro τομέα του ιού της ηπατίτιδας Ε (HEV1) Expression, purification and physicochemical characterization of recombinant polypeptides of hepatitis E virus macro domain (HEV1) Πολίτη, Μαρία Σπυρούλιας, Γεώργιος Λάμαρη, Φωτεινή Πάιρας, Γεώργιος Politi, Maria Ηπατίτιδα Ε ADP-ριβοζυλίωση Φασματοσκοπία πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού Macro τομείς Πρωτεϊνική έκφραση Hepatitis E virus Macro domain ADP-r NMR Protein expression Protein purification ADP-ribosylation 616.910 7 Οι macro τομείς είναι συντηρημένες αλληλουχίες 130-190 αμινοξικών καταλοίπων και εντοπίζονται σε όλα τα βασίλεια της ζωής. Έχουν ανακαλυφθεί τα τελευταία 25 χρόνια και έως σήμερα έχουν επιλυθεί ποικίλες δομές macro, αποκαλύπτοντας την δομική τους συντήρηση. Υιοθετούν στο χώρο μία μικτή α/β/α δομή τύπου sandwich σχηματίζοντας μία υδρόφοβη κοιλότητα αλληλεπίδρασης με την ADP-ριβόζη καθώς και παραγώγων της. Οι ιικοί macro τομείς ανήκουν στην κατηγορία ενζύμων των ADP-ριβοζο-1΄΄-φωσφατασών και κατά το στάδιο της μόλυνσης του ξενιστή αφαιρούν μονο ή πολυ ADP-ριβόζη από πρωτεΐνες. Ο ιός της Ηπατίτιδας Ε (Ηepatitis E Virus, HEV) είναι η πιο κοινή αιτία εμφάνισης οξείας ιογενούς ηπατίτιδας παγκοσμίως με 3 εκατομμύρια μολύνσεις ανά χρόνο. O HEV μπορεί να οδηγήσει σε χρόνια ηπατίτιδα και ηπατική κίρρωση. Σε αναπτυσσόμενες χώρες, ο ιός μεταδίδεται μέσω της κοπρανοστοματικής οδού ενώ σε αναπτυγμένες χώρες κυρίως μέσω μολυσμένων ζώων, κυρίως χοίρων. Η θεραπεία της μόλυνσης περιλαμβάνει είτε μονοθεραπεία ριμποβαρίνης είτε συνδυαστική θεραπεία με PEG IFN και ριμποβαρίνη. Ο macro τομέας εδράζεται στο αντιγραφικό σύμπλεγμα του ιού στο ανοιχτό πλαίσιο ανάγνωσης 1 (Open Reading Frame,ORF1) και αποτελείται από 147aa. Στην παρούσα μεταπτυχιακή εργασία χρησιμοποιώντας μεθόδους μοριακής βιολογίας σε συνδυασμό με τη φασματοσκοπία Πυρηνικού Μαγνητικού Συντονισμού (Nuclear Magnetic Resonance, NMR), διερευνάται η παρασκευή και απομόνωση ενός πολυπεπτιδίου το οποίο, αντιπροσωπεύει τον macro τομέα του ιού της Ηπατίτιδας Ε, κατάλληλο για μελέτη των διαμορφωτικών και λειτουργικών ιδιοτήτων του macro τομέα. Πιο συγκεκριμένα, παρατίθενται τα πειράματα εύρεσης κατάλληλων συνθηκών έκφρασης και στην συνέχεια σταθερότητας/διαλυτότητας σε πληθώρα διαλυμάτων, διαφορετικού μεγέθους ανασυνδυασμένων πολυπεπτιδίων του macro τομέα του ιού της Ηπατίτιδας Ε. Macro domains are evolutionarily conserved structural modules of 130–190 amino acids that are found in all organisms and were discovered over 25 years ago. Nowadays several macro domain structures were determined showing their structural conservation. Specifically, they consist of central b-sheets surrounded by a-helices and the globular macrodomain contains a conserved cleft that has been shown to bind ADP-ribose and its derivates. Viral macro domains are characterized as ADP-ribose-1΄΄phosphatases that enzymatically remove mono and poly-ADP-ribose from proteins during antiviral response. Hepatitis E virus (HEV) is an emerging pathogen and is probably the most common cause of acute viral hepatitis in the world, with as many as 3 million infections per year. HEV can lead to chronic hepatitis and cirrhosis. In developing countries, HEV is spread by the fecal–oral route, while in developed countries HEV is generally acquired through animal reservoirs, most likely pigs. Treatment for HEV infection includes either monotherapy with ribavirin or combination therapy of pegylated IFN and ribavirin. The macro domain of hepatitis E is a part of the multidomain ORF1 (Open Reading Frame 1) gene product of HEV and consists of 147 amino acid residues. In the present study molecular biology and biotechnology techniques were used for the cloning, expression and purification of a polypeptide that represents the macro domain of Hepatitis E. Specifically, a wide variety of experiment conditions were tested for different length recombinant polypeptides of the macro domain of hepatitis E virus, in order to find a polypeptide suitable for conformational, structural and functional NMR spectroscopy studies. 2021-09-30T10:30:15Z 2021-09-30T10:30:15Z 2018-06-04 Thesis http://hdl.handle.net/10889/15227 gr 12 application/pdf |
