| Περίληψη: | Η σύγκριση του μεταγραφικού προφίλ με χρήση μικροσυστοιχιών DNA είναι μια τεχνική που βελτιστοποιήθηκε την τελευταία δεκαετία. Η διαδικασία μπορεί να διαχωριστεί σε δύο μέρη: το πειραματικό και το υπολογιστικό. Το πρώτο μέρος αφορά στα βήματα της επιλογής της μικροσυστοιχίας, της απομόνωσης του βιολογικού υλικού, της σήμανσης και της επέκτασης, της υβριδοποίησης και της σάρωσης. Το υπολογιστικό μέρος αφορά στην ποσοτικοποίηση της εικόνας, στην κανονικοποίηση των δεδομένων και στην ανάλυσή τους. Πριν από τα παραπάνω βήματα πρέπει να έχει διατυπωθεί το κατάλληλο βιολογικό ερώτημα. Το βιολογικό ερώτημα που τέθηκε αφορούσε στις διαφορές στη γονιδιακή έκφραση των γενετικά τροποποιημένων εμβρυικών ινοβλαστών του ποντικού οι οποίοι έφεραν έλλειψη του ενός αλληλομόρφου της πρωτεΐνης Geminin σε σύγκριση με ομόζυγους εμβρυικούς ινοβλάστες. Για το σκοπό αυτό επιλέχθηκε μικροσυστοιχία δοκιμής με 384 ανιχνευτές γονιδίων ποντικού σε διπλά αντίγραφα. Απομονώθηκε ολικό RNA από τα κύτταρα, σημάνθηκε με απ’ ευθείας σήμανση και οι cDNA στόχοι που προέκυψαν, υβριδοποιήθηκαν στη μικροσυστοιχία. Έπειτα από δοκιμές καθορίστηκαν οι κατάλληλες συνθήκες για ένα ολοκληρωμένο πείραμα σύγκρισης μεταγραφικού προφίλ. Στη συνέχεια, πραγματοποιήθηκε προκαταρκτική ανάλυση του πειράματος η οποία περιελάμβανε ποσοτικοποίηση της εικόνας που προέκυψε, κανονικοποίηση των δεδομένων και πολυπαραμετρική ανάλυσή τους.
|
|---|
