Φθορισμομετρικές μελέτες της αλυσιδωτής αντίδρασης της πολυμεράσης και νανοσωματίδια με ενζυμική δράση

Η ανάπτυξη αναλυτικών μεθόδων για τον προσδιορισμό βιομορίων αποτελεί αντικείμενο έντονης ερευνητικής δραστηριότητας τα τελευταία χρόνια καθώς έχει σημαντικό αντίκτυπο στην εξέλιξη των πεδίων της αναλυτικής χημείας και της βιοτεχνολογίας. Πρόσφατες ερευνητικές εργασίες έδειξαν ότι η πορεία του εκθετ...

Πλήρης περιγραφή

Λεπτομέρειες βιβλιογραφικής εγγραφής
Κύριος συγγραφέας: Γκίνη, Ισιδώρα
Άλλοι συγγραφείς: Χριστόπουλος, Θεόδωρος
Μορφή: Thesis
Γλώσσα:Greek
Έκδοση: 2022
Θέματα:
Διαθέσιμο Online:http://hdl.handle.net/10889/15983
id nemertes-10889-15983
record_format dspace
institution UPatras
collection Nemertes
language Greek
topic Πυρανίνη
Νανοσωματίδια δημητρίου
Νανοδημητρία
Τεχνητά ένζυμα
Υπόστρωμα
Στρεπταβιδίνη
Οξειδάση
Pyranine
PCR
Cerium nanoparticles
Nanoceria
Artificial enzymes
Substrate
Streptavidin
Oxidase
572.43
spellingShingle Πυρανίνη
Νανοσωματίδια δημητρίου
Νανοδημητρία
Τεχνητά ένζυμα
Υπόστρωμα
Στρεπταβιδίνη
Οξειδάση
Pyranine
PCR
Cerium nanoparticles
Nanoceria
Artificial enzymes
Substrate
Streptavidin
Oxidase
572.43
Γκίνη, Ισιδώρα
Φθορισμομετρικές μελέτες της αλυσιδωτής αντίδρασης της πολυμεράσης και νανοσωματίδια με ενζυμική δράση
description Η ανάπτυξη αναλυτικών μεθόδων για τον προσδιορισμό βιομορίων αποτελεί αντικείμενο έντονης ερευνητικής δραστηριότητας τα τελευταία χρόνια καθώς έχει σημαντικό αντίκτυπο στην εξέλιξη των πεδίων της αναλυτικής χημείας και της βιοτεχνολογίας. Πρόσφατες ερευνητικές εργασίες έδειξαν ότι η πορεία του εκθετικού πολλαπλασιασμού ειδικών τμημάτων νουκλεϊκών οξέων in vitro με την αλυσιδωτή αντίδραση της πολυμεράσης (PCR) μπορεί να παρακολουθείται με συνεχή μέτρηση της μεταβολής του pH λόγω της παραγωγής H+ που συνοδεύει τον πολυμερισμό των νουκλεοτιδίων. Επίσης μια νέα κατεύθυνση για τον προσδιορισμό βιομορίων, είναι εισαγωγή τεχνητών ενζύμων ως αναλυτικών αντιδραστηρίων. Αντικείμενο της παρούσας Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας είναι η φθορισμομετρική μελέτη της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης και η σύνθεση νανοσωματιδίων του δημητρίου με ενζυμική δράση. Πιο αναλυτικά η παρούσα εργασία πραγματεύεται τα εξής: I. Την αξιοποίηση της φθορίζουσας χρωστικής πυρανίνης, για την παρακολούθηση της ενίσχυσης νουκλεϊκών οξέων κατά τη διάρκεια της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης. Πραγματοποιήθηκε διερεύνηση της επίδρασης του pH στο φάσμα διέγερσης της χρωστικής. Επίσης μελετήθηκε η σταθερότητα της χρωστικής κατά τη θερμική κυκλοποίηση που λαμβάνει χώρα κατά τη διάρκεια της PCR. Επειδή προϋπόθεση για την διεξαγωγή τέτοιων πειραμάτων είναι η απουσία ρυθμιστικής χωρητικότητας στο διάλυμα της αντίδρασης, εξετάστηκε η επίδραση της σύστασης του διαλύματος της PCR τόσο στην απόδοση της αντίδρασης όσο και στο φθορισμό της πυρανίνης πριν και μετά την αντίδραση. II. Μελετήθηκαν τρόποι σύνθεσης νανοσωματιδίων του δημητρίου και πώς μπορεί να τροποποιηθεί η επιφάνειά τους. Το μέγεθος των παρασκευασθέντων νανοσωματιδίων παρατηρήθηκε με την βοήθεια ηλεκτρονικού μικροσκοπίου διέλευσης. Επίσης εξετάστηκε η ενεργότητα οξειδάσης τους με την χρήση διάφορων υποστρωμάτων. Τέλος, πραγματοποιήθηκε σύζευξη των νανοσωματιδίων δημητρίου με την στρεπταβιδίνη με σκοπό την αξιολόγηση της δράσης τους σε ειδικά φρεάτια που ήταν επιστρωμένα με βιοτινυλιωμένη αλβουμίνη.
author2 Χριστόπουλος, Θεόδωρος
author_facet Χριστόπουλος, Θεόδωρος
Γκίνη, Ισιδώρα
format Thesis
author Γκίνη, Ισιδώρα
author_sort Γκίνη, Ισιδώρα
title Φθορισμομετρικές μελέτες της αλυσιδωτής αντίδρασης της πολυμεράσης και νανοσωματίδια με ενζυμική δράση
title_short Φθορισμομετρικές μελέτες της αλυσιδωτής αντίδρασης της πολυμεράσης και νανοσωματίδια με ενζυμική δράση
title_full Φθορισμομετρικές μελέτες της αλυσιδωτής αντίδρασης της πολυμεράσης και νανοσωματίδια με ενζυμική δράση
title_fullStr Φθορισμομετρικές μελέτες της αλυσιδωτής αντίδρασης της πολυμεράσης και νανοσωματίδια με ενζυμική δράση
title_full_unstemmed Φθορισμομετρικές μελέτες της αλυσιδωτής αντίδρασης της πολυμεράσης και νανοσωματίδια με ενζυμική δράση
title_sort φθορισμομετρικές μελέτες της αλυσιδωτής αντίδρασης της πολυμεράσης και νανοσωματίδια με ενζυμική δράση
publishDate 2022
url http://hdl.handle.net/10889/15983
work_keys_str_mv AT nkinēisidōra phthorismometrikesmeletestēsalysidōtēsantidrasēstēspolymerasēskainanosōmatidiameenzymikēdrasē
AT nkinēisidōra fluorescencestudyofthepolymerasechainreactionandnanoparticleswithenzymeactivity
_version_ 1771297342615453696
spelling nemertes-10889-159832022-09-05T20:42:03Z Φθορισμομετρικές μελέτες της αλυσιδωτής αντίδρασης της πολυμεράσης και νανοσωματίδια με ενζυμική δράση Fluorescence study of the polymerase chain reaction and nanoparticles with enzyme activity Γκίνη, Ισιδώρα Χριστόπουλος, Θεόδωρος Καλογιάννη, Δέσποινα Βλάμης, Αλέξιος Gkini, Isidora Πυρανίνη Νανοσωματίδια δημητρίου Νανοδημητρία Τεχνητά ένζυμα Υπόστρωμα Στρεπταβιδίνη Οξειδάση Pyranine PCR Cerium nanoparticles Nanoceria Artificial enzymes Substrate Streptavidin Oxidase 572.43 Η ανάπτυξη αναλυτικών μεθόδων για τον προσδιορισμό βιομορίων αποτελεί αντικείμενο έντονης ερευνητικής δραστηριότητας τα τελευταία χρόνια καθώς έχει σημαντικό αντίκτυπο στην εξέλιξη των πεδίων της αναλυτικής χημείας και της βιοτεχνολογίας. Πρόσφατες ερευνητικές εργασίες έδειξαν ότι η πορεία του εκθετικού πολλαπλασιασμού ειδικών τμημάτων νουκλεϊκών οξέων in vitro με την αλυσιδωτή αντίδραση της πολυμεράσης (PCR) μπορεί να παρακολουθείται με συνεχή μέτρηση της μεταβολής του pH λόγω της παραγωγής H+ που συνοδεύει τον πολυμερισμό των νουκλεοτιδίων. Επίσης μια νέα κατεύθυνση για τον προσδιορισμό βιομορίων, είναι εισαγωγή τεχνητών ενζύμων ως αναλυτικών αντιδραστηρίων. Αντικείμενο της παρούσας Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας είναι η φθορισμομετρική μελέτη της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης και η σύνθεση νανοσωματιδίων του δημητρίου με ενζυμική δράση. Πιο αναλυτικά η παρούσα εργασία πραγματεύεται τα εξής: I. Την αξιοποίηση της φθορίζουσας χρωστικής πυρανίνης, για την παρακολούθηση της ενίσχυσης νουκλεϊκών οξέων κατά τη διάρκεια της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης. Πραγματοποιήθηκε διερεύνηση της επίδρασης του pH στο φάσμα διέγερσης της χρωστικής. Επίσης μελετήθηκε η σταθερότητα της χρωστικής κατά τη θερμική κυκλοποίηση που λαμβάνει χώρα κατά τη διάρκεια της PCR. Επειδή προϋπόθεση για την διεξαγωγή τέτοιων πειραμάτων είναι η απουσία ρυθμιστικής χωρητικότητας στο διάλυμα της αντίδρασης, εξετάστηκε η επίδραση της σύστασης του διαλύματος της PCR τόσο στην απόδοση της αντίδρασης όσο και στο φθορισμό της πυρανίνης πριν και μετά την αντίδραση. II. Μελετήθηκαν τρόποι σύνθεσης νανοσωματιδίων του δημητρίου και πώς μπορεί να τροποποιηθεί η επιφάνειά τους. Το μέγεθος των παρασκευασθέντων νανοσωματιδίων παρατηρήθηκε με την βοήθεια ηλεκτρονικού μικροσκοπίου διέλευσης. Επίσης εξετάστηκε η ενεργότητα οξειδάσης τους με την χρήση διάφορων υποστρωμάτων. Τέλος, πραγματοποιήθηκε σύζευξη των νανοσωματιδίων δημητρίου με την στρεπταβιδίνη με σκοπό την αξιολόγηση της δράσης τους σε ειδικά φρεάτια που ήταν επιστρωμένα με βιοτινυλιωμένη αλβουμίνη. The development of analytical methods for the determination of biomolecules has become the focus of intensive research as it has had a major impact on the evolution of the fields of analytical chemistry and biotechnology. Recent studies have shown that the course of exponential amplification of nucleic acids in vitro by the polymerase chain reaction (PCR) can be monitored by continuous measurement of pH changes due to the production of H+ that occurs during nucleotide polymerization. Furthermore, a new direction in the development of methods for determination of biomolecules entails the introduction of artificial enzymes as analytical reagents. The objective of the present MSc work is the fluorometric study of polymerase chain reaction and the synthesis of cerium nanoparticles with enzyme activity. More specifically, this thesis includes the following: I. Utilization of the fluorescent dye pyranine to monitor amplification of nucleic acids during the polymerase chain reaction. The effect of pH on the dye excitation spectrum was studies. The stability of the dye during thermal cycling that takes place during PCR has also been studied. Because a requirement for carrying out such experiments is the absence of buffer capacity in the reaction solution, the effect of the composition of the PCR solution on both the yield of the reaction and on the fluorescence of pyranine before and after the reaction was examined. II. Various approaches of synthesis and surface modification of cerium nanoparticles were studied. The size of the prepared nanoparticles was estimated by transmission electron microscopy. Also, the oxidase activity of nanoceria was examined using various substrates. Finally, cerium nanoparticles were conjugated to streptavidin and the conjugates were evaluated using microtiter wells coated with biotinylated albumin. 2022-03-11T07:06:20Z 2022-03-11T07:06:20Z 2019-02-14 Thesis http://hdl.handle.net/10889/15983 gr 12 application/pdf