Αξιολόγηση της μεθόδου του περιβαλλοντικού γενετικού υλικού (eDNA) για την εκτίμηση του κρισίμως κινδυνεύοντος χαρόφυτου Chara hispida f. corfuensis σε μια ανατολική λιμνοθάλασσα (Καϊάφας)

• Κύριος συγγραφέας: Κωνσταντινίδης, Κωστής
• Άλλοι συγγραφείς: Konstantinidis, Kostis
• Γλώσσα: Greek
• Έκδοση: 2022
• Θέματα: Βιοποικιλότητα; Υδάτινα μακρόφυτα; eDNA; Charophyte

Η εκτίμηση της βιοποικιλότητας των εσωτερικών υδάτων χρησιμοποιώντας την καινοτόμο μέθοδο του eDNA προσφέρει ένα νέο ισχυρό εργαλείο τόσο στην απευθείας ανίχνευση ειδών από δείγματα νερού, όσο και στην έρευνα της ποιότητας των υδάτων. Τα υδάτινα μακρόφυτα χρησιμοποιούνται ευρέως ως βιοδείκτες της ποιότητας των υδάτων και της οικολογικής ακεραιότητας των υδάτινων οικοσυστημάτων (λίμνες, ποτάμια, λιμνοθάλασσες). Το χαρόφυτο Chara hispida f. corfuensis είναι ένα βυθισμένο φυτό με υψηλή σπουδαιότητα διατήρησης, καθώς κατατάσσεται ως κρισίμως κινδυνεύον σύμφωνα με την IUCN. Σχηματίσει εκτεταμένους υποβρύχιους λειμώνες, ωστόσο στη λιμνοθάλασσα του Καϊάφα, οι εισροές από τις γεωργικές καλλιέργειες, η αύξηση του θρεπτικού φορτίου στην υδάτινη στήλη, καθώς και άλλες ανθρωπογενείς πιέσεις, έχουν επιφέρει μείωση στον πληθυσμό του είδους. Στην παρούσα εργασία παρουσιάζεται μια μέθοδος παρακολούθησης που βασίζεται στο eDNA, χωρίς να διαταράσσεται το φυσικό ενδιαίτημα του είδους, όπως συμβαίνει με τις συμβατικές μεθόδους βιοπαρακολούθησης του. Αρχικά πραγματοποιήθηκε συλλογή επιφανειακού δείγματος νερού και φυτικού υλικού των υδρόβιων μακρόφυτων Potamogeton pectinatus, Najas marina, Chara hispida f. corfuensis από τέσσερεις παρόχθιους σταθμούς στη λιμνοθάλασσα του Καϊάφα. Σχεδιάστηκαν ειδο- ειδικοί εκκινητές (matK) για το υπό μελέτη χαρόφυτο. Στη συνέχεια τα δείγματα υποβλήθηκαν σε διήθηση με φίλτρα νιτρικής κυτταρίνης για την εξαγωγή του περιβαλλοντικού DNA (eDNA). Το υλικό αυτό χρησιμοποιήθηκε στην PCR αξιοποιώντας τόσο ειδο- ειδικούς εκκινητές που ανιχνεύουν το γονίδιο (matK) barcode του Chara hispida f. corfuensis, όσο και γενικευμένους εκκινητές για το ίδιο γονίδιο, αλλά και το γονίδιο ITS που ανιχνεύουν μια πληθώρα φυτικών ειδών. Τα αποτελέσματα έδειξαν επιτυχή ενίσχυση μόνο στα ζεύγη των γενικευμένων εκκινητών, δείχνοντας ότι στους συγκεκριμένους σταθμούς δεν συναντάται το κινδυνεύον είδος Chara hispida f. corfuensis.