| Summary: | Βασική επιδίωξη της παρούσας διατριβής είναι η διερεύνηση των δυνατοτήτων του πεδίου
της επιστήμης των υπολογιστών που πραγματεύεται την αποθήκευση και την επεξεργασία
πληροφορίας, μέσα στο περιβάλλον που έχουν σχηματίσει οι σύγχρονες εφαρμογές. Τα
τελευταία χρόνια, η πληροφορία που είναι διαθέσιμη σε ηλεκτρονική μορφή, έχει γιγαντωθεί με αποτέλεσμα να είναι αναγκαία η ανάπτυξη νέων τεχνικών για την αποτελεσματική
αποθήκευση και επεξεργασία αυτής. Δύο πολύ χαρακτηριστικές και σημαντικές εφαρμογές, στις οποίες ανακύπτουν συνεχώς νέα προβλήματα, είναι η διαχείριση Βιολογικών
δεδομένων, όπως π.χ. οι ακολουθίες γονιδιωμάτων, καθώς και η διαχείριση πληροφορίας
από τον παγκόσμιο ιστό, όπως π.χ. τα έγγραφα HTML, XML ή οι συντομεύσεις (urls).
Στόχος είναι ανάπτυξη δομών δεικτοδότησης πάνω στην πληροφορία έτσι ώστε τα σχετικά
ερωτήματα με αυτή να απαντώνται αποδοτικά και πολύ πιο γρήγορα από το να ψάχναμε εκτενώς μέσα σε αυτή. Χαρακτηριστικά τέτοια ερωτήματα είναι η εύρεση προτύπων (pattern matching) ή ο εντοπισμός επαναλαμβανόμενων μοτίβων (motif extraction). Πιο συγκεκριμένα, τα ϑέματα στα οποία εστίασε η παρούσα διατριβή είναι τα ακόλουϑα:
- Εντοπισμός Περιοδικοτήτων σε συμβολοσειρές. Στην ενότητα αυτή δίνεται μια σειρά από αλγόριθμους για την εξαγωγή περιοδικοτήτων από συμβολοσειρές.
Δίνονται αλγόριθμοι για την εξαγωγή μέγιστων επαναλήψεων, της περιόδου του καλύμματος και της ρίζας μιας συμβολοσειράς. Οι αλγόριθμοι αυτοί χρησιμοποιούν ώς βάση το δένδρο επιθεμάτων και οι περισσότεροι από αυτούς είναι γραμμικοί.
- Δεικτοδότηση Βεβαρημένων Ακολουθιών. Στην επόμενη ενότητα η μελέτη εστιάζει στην δεικτοδότηση βεβαρημένων ακολουθιών, καθώς και στην απάντηση ερωτημάτων σε αυτές όπως η εύρεση προτύπων, η εύρεση επαναλήψεων, η εύρεση καλυμμάτων, κ.α.. Οι βεβαρημένες ακολουθίες είναι ακολουθίες όπου σε κάθε ϑέση
τους έχουμε εμφάνιση όλων των συμβόλων του αλφαβήτου της ακολουθίας, έχοντας λάβει ένα συγκεκριμένο βάρος. Οι βεβαρημένες ακολουθίες αναπαριστούν βιολογικές ακολουθίες είτε νουκλεοτιδίων είτε αμινοξέων και στην ουσία περιγράφουν την πιθανότητα εμφάνισης ενός συμβόλου του αλφαβήτου σε μια συγκεκριμένη ϑέση της ακολουθίας ή κάποιες συγκεκριμένες βιολογικές ιδιότητες που διαθέτουν οι ρυθμιστικές πρωτεΐνες σε κάθε ϑέση της ακολουθίας. Για την διαχείριση αυτών των ιδιόμορφων ακολουθιών προτείνεται ως δομή δεικτοδότησης το βεβαρημένο δένδρο επιθεμάτων (Weighted Suffix Tree), ένα δένδρο με παρόμοια δομικά χαρακτηριστικά με αυτά του γενικευμένου δένδρου επιθεμάτων. Στην παρούσα εργασία δίνεται
ο ορισμός του βεβαρημένου δένδρου επιθεμάτων και αλγόριθμοι κατασκευής του σε γραμμικό χρόνο και χώρο.
-Εξαγωγή μοτίβων από βεβαρημένες Ακολουθίες. Με την χρήση του βεβαρημένου δένδρου επιθεμάτων υλοποιούνται ένα σύνολο αλγόριθμων εξαγωγής επαναληπτικών δομών από βεβαρημένες ακολουθίες. Πιο συγκεκριμένα, δίνονται
αλγόριθμοι για την εύρεση μέγιστων ευγών,επαναλαμβανόμενων μοτίβων και κοινών μοτίβων από περισσότερες της μίας βεβαρημένες ακολουθίες.
- Αλγόριθμοι Σύστασης Σελίδων Παγκόσμιου Ιστού με χρήση τεχνικών επεξεργασίας
συμβολοσειρών. Αρκετές εφαρμογές παγκόσμιου ιστού (συστήματα σύστασης ή συστήματα κρυφής μνήμης) προσπαθούν να προβλέψουν τις προθέσεις ενός επισκέπτη είτε για να του προτείνουν είτε για να προφορτώσουν μία σελίδα. Για το σκοπό αυτό προσπαθούν να εκμεταλλευτούν οποιαδήποτε εμπειρία που έχει καταγραφεί στο σύστημα από προηγούμενες προσπελάσεις. Προτείνεται νέος τρόπος
δεικτοδότησης και αναπαράστασης της πληροφορίας που εξάγεται από τα διαθέσιμα δεδομένα, όπως οι προσβάσεις των χρηστών από τα logfilesκαι το περιεχόμενο
των σελίδων. Για την εξόρυξη γνώσης από τα παραπάνω δεδομένα, αυτά αναπαριστώνται ως συμβολοσειρές και στη συνέχεια επεξεργάζονται και δεικτοδοτούνται από ένα γενικευμένο βεβαρημένο δένδρο επιθεμάτων. Το δένδρο αυτό συμπυκνώνει αποδοτικά τα πιο συχνά αλλά και πιο ουσιαστικά μοτίβα προσπελάσεων και χρησιμοποιείται, αφότου κατασκευαστεί, σαν ένα μοντέλο για την πρόβλεψη των κινήσεων τον επισκεπτών ενός ιστοτόπου.
|
|---|
