Επίδραση της θερμοκρασίας ανάπτυξης στο ολικό μεταγραφικό πρότυπο πρώιμων ιχθυδίων zebrafish (Danio rerio, Hamilton 1822)

• Κύριος συγγραφέας: Μήτση, Ελένη
• Άλλοι συγγραφείς: Φλυτζάνης, Κωνσταντίνος
• Μορφή: Thesis
• Γλώσσα: Greek
• Έκδοση: 2009
• Θέματα: Θερμοκρασία; Μικροσυστοιχίες; Φυλοκαθορισμός; Zebrafish; Temperature; Microarrays; Sex determination; 571.461

Σκοπός της έρευνας ήταν να μελετήσουμε την επίδραση της θερμοκρασίας στο ολικό μεταγράφωμα νυμφών zebrafish (Danio rerio, Hamilton 1822), θέλοντας να εστιάσουμε το ενδιαφέρον μας στη διερεύνηση μηχανισμών και μορίων που εμπλέκονται στο φυλοκαθορισμό του συγκεκριμένου ψαριού. Kατορθώσαμε να επιδράσουμε με τρεις διαφορετικές θερμοκρασίες σε μία θερμοκρασιακά ευαίσθητη οντογενετική περίοδο, η οποία οριοθετείται από την 10 έως την 20dpf. Η επιλογή των θερμοκρασιών έγινε με σημείο αναφοράς τους 28 ºC, η οποία είναι η πρότυπη θερμοκρασία ανάπτυξης των zebrafish. Η μελέτη της επίδρασης της θερμοκρασίας επιτεύχθη με διατήρηση των πειραματικών μας πληθυσμών σε θερμοκρασίες που αποκλίνουν κατά 4-6 ºC από την πρότυπη, δηλαδή στους 32 ºC και 22 ºC αντίστοιχα. Ως εκ τούτου, ολόκληρος ο πειραματικός πληθυσμός αναπτύχθηκε στη πρότυπη θερμοκρασία των 28 ºC μέχρι και την 10 dpf, όπου μετά την πάροδο της χωρίστηκε σε τρεις υπoπληθυσμούς καθένας από τους οποίους εκτέθηκε στους 22 ºC, 28 ºC ή 32 ºC αντίστοιχα για 280 θερμοημέρες (χρονική περίοδος :10-20dpf). Ακολούθησε δειγματοληψία (100 περίπου ατόμων) από κάθε υποπληθυσμό και εν συνεχεία πραγματοποιήθηκε απομόνωση ολικού RNA. Τα δείγματα μας υβριδοποιήθηκαν σε microarrays, τα οποία έφεραν αντιπροσωπευτικές αλληλουχίες για 15.500 γονίδια του zebrafish. Τα δεδομένα επεξεργάστηκαν με τη χρήση δυο εξειδικευμένων βιοπληροφορικών προγραμμάτων, τα Biosystanse και Dchip, με τη βοήθεια των οποίων συγκρίθηκαν οι εξής καταστάσεις: 10dpf _28 ºC με 20dpf _28 ºC, η οποία αποτελεί την αναπτυξιακή σύγκριση ώστε να ελέγξουμε γονίδια των οποίων η έκφραση αυξάνεται ή ελαττώνεται στα δυο αυτά στάδια αλλά και 20dpf_22 ºC με 20dpf_32 ºC, 20dpf_22 ºC με 20dpf_28 ºC και 20dpf_28 ºC με 20dpf_32 ºC, ώστε να παρατηρηθεί η επίδραση του περιβαλλοντικού παράγοντα ″θερμοκρασία″ στο μεταγράφωμα των ιχθυδίων.