Μελέτη του γενετικού προτύπου καρκινικού ιστού παχέος εντέρου αξιοποιώντας συνδυαστικά τεχνολογία multiplex PCR και MALDI-TOF φασματομετρίας μάζας με το σύστημα MassARRAY
Ο καρκίνος είναι μια πολυπαραγοντική γενετική ασθένεια που χαρακτηρίζεται από τον ανεξέλεγκτο πολλαπλασιασμό των κυττάρων ενός οργανισμού. Την τελευταία δεκαετία, λόγω της προόδου της ιατρικής ακριβείας στην ογκολογία, οι γενετικοί πολυμορφισμοί θεωρούνται χρήσιμοι στην κατανόηση της εξέλιξης ενός ό...
| Κύριος συγγραφέας: | |
|---|---|
| Άλλοι συγγραφείς: | |
| Γλώσσα: | Greek |
| Έκδοση: |
2022
|
| Θέματα: | |
| Διαθέσιμο Online: | https://hdl.handle.net/10889/23676 |
| id |
nemertes-10889-23676 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| institution |
UPatras |
| collection |
Nemertes |
| language |
Greek |
| topic |
Γενετικό προφίλ όγκου Καρκίνος του παχέος εντέρου Γονοτύπηση με MassARRAY Tumor genetic profiling Colon cancer MassARRAY genotyping |
| spellingShingle |
Γενετικό προφίλ όγκου Καρκίνος του παχέος εντέρου Γονοτύπηση με MassARRAY Tumor genetic profiling Colon cancer MassARRAY genotyping Χάιδα, Παναγιώτα Μελέτη του γενετικού προτύπου καρκινικού ιστού παχέος εντέρου αξιοποιώντας συνδυαστικά τεχνολογία multiplex PCR και MALDI-TOF φασματομετρίας μάζας με το σύστημα MassARRAY |
| description |
Ο καρκίνος είναι μια πολυπαραγοντική γενετική ασθένεια που χαρακτηρίζεται από τον ανεξέλεγκτο πολλαπλασιασμό των κυττάρων ενός οργανισμού. Την τελευταία δεκαετία, λόγω της προόδου της ιατρικής ακριβείας στην ογκολογία, οι γενετικοί πολυμορφισμοί θεωρούνται χρήσιμοι στην κατανόηση της εξέλιξης ενός όγκου. Βάσει του γενετικού τους προτύπου, οι ασθενείς χωρίζονται σε υποομάδες που πάσχουν από ίδιο τύπο καρκίνο, ο οποίος παρουσιάζει συγκεκριμένα μοριακά χαρακτηριστικά, που αφορούν κυρίως δομικές αλλαγές στο γονιδίωμα ή στο πρότυπο της γονιδιακής έκφρασης. Η ανίχνευση των μοριακών αλλαγών του καρκινικού γονιδιώματος έχει δειχθεί πως είναι χρήσιμη στη διάγνωση, την καλύτερη πρόγνωση και εν δυνάμει, τη θεραπεία κατά του καρκίνου. Το αντικείμενο της παρούσας διπλωματικής εργασίας ήταν η ανίχνευση μεταλλάξεων των γονιδίων EGFR, BRAF, KRAS, NRAS και KIT, σε DNA απομονωμένο από ιστικά δείγματα τομών παραφίνης καρκίνου του παχέος εντέρου. Επειδή τα ανωτέρω γονίδια συμβάλλουν και σε άλλους τύπους καρκίνου, συμπληρωματικά, αναλύθηκαν και 12 δείγματα ασθενών με μελάνωμα, καθώς και 14 δείγματα ασθενών με καρκίνο του πνεύμονα. Όλα τα δείγματα χαρακτηρίζονται από καλά μελετημένα κλινικά και ιστοπαθολογικά δεδομένα του Εργαστηρίου Παθολογικής Ανατομίας του ΓΠΝΠ. H ανίχνευση των μεταλλάξεων έγινε αξιοποιώντας το σύστημα γονοτύπησης υψηλής απόδοσης MassARRAY της Agena Bioscience. Τα αποτελέσματα της μελέτης έδειξαν διαφορετικό πρότυπο γονιδιακών μεταλλάξεων στους τρεις τύπους καρκίνου. Στο
μελάνωμα ανιχνεύθηκαν μεταλλάξεις στις κωδικές περιοχές των γονιδίων BRAF, KRAS, NRAS και KIT, στον καρκίνο του πνεύμονα μόνο στα γονίδια EFGR και KRAS, ενώ στον καρκίνο του παχέος εντέρου ήταν μεταλλαγμένα κυρίως τα γονίδια BRAF, KRAS και σε ελάχιστα δείγματα το γονίδιο NRAS. Η στατιστική ανάλυση με Fisher’s exact test στα δείγματα του παχέος εντέρου, έδειξε μια συσχέτιση (P=0.01) των μεταλλάξεων στο γονίδιο BRAF με πιθανότητα μικροδορυφορικής αστάθειας του DNA (MSI-high), μεταξύ των μεταλλάξεων στο γονίδιο BRAF και δεξιάς κολεκτομής (P=0.05) και μεταξύ της μετάλλαξης BRAF-V600E με το γυναικείο φύλο (P=0.03) αλλά και με τους ασθενείς άνω
των 70 ετών (P=0.005). Από τη σύγκριση των δεδομένων των πειραμάτων μας με αυτά της σύγχρονης βιβλιογραφίας, το σύστημα MassARRAY αξιολογήθηκε ως μια αξιόπιστη υψηλής απόδοσης τεχνολογία γονοτύπησης και ποσοτικής εκτίμησης της συχνότητας μεταλλάξεων σε δείγματα καρκινικού ιστού. |
| author2 |
Chaida, Panagiota |
| author_facet |
Chaida, Panagiota Χάιδα, Παναγιώτα |
| author |
Χάιδα, Παναγιώτα |
| author_sort |
Χάιδα, Παναγιώτα |
| title |
Μελέτη του γενετικού προτύπου καρκινικού ιστού παχέος εντέρου αξιοποιώντας συνδυαστικά τεχνολογία multiplex PCR και MALDI-TOF φασματομετρίας μάζας με το σύστημα MassARRAY |
| title_short |
Μελέτη του γενετικού προτύπου καρκινικού ιστού παχέος εντέρου αξιοποιώντας συνδυαστικά τεχνολογία multiplex PCR και MALDI-TOF φασματομετρίας μάζας με το σύστημα MassARRAY |
| title_full |
Μελέτη του γενετικού προτύπου καρκινικού ιστού παχέος εντέρου αξιοποιώντας συνδυαστικά τεχνολογία multiplex PCR και MALDI-TOF φασματομετρίας μάζας με το σύστημα MassARRAY |
| title_fullStr |
Μελέτη του γενετικού προτύπου καρκινικού ιστού παχέος εντέρου αξιοποιώντας συνδυαστικά τεχνολογία multiplex PCR και MALDI-TOF φασματομετρίας μάζας με το σύστημα MassARRAY |
| title_full_unstemmed |
Μελέτη του γενετικού προτύπου καρκινικού ιστού παχέος εντέρου αξιοποιώντας συνδυαστικά τεχνολογία multiplex PCR και MALDI-TOF φασματομετρίας μάζας με το σύστημα MassARRAY |
| title_sort |
μελέτη του γενετικού προτύπου καρκινικού ιστού παχέος εντέρου αξιοποιώντας συνδυαστικά τεχνολογία multiplex pcr και maldi-tof φασματομετρίας μάζας με το σύστημα massarray |
| publishDate |
2022 |
| url |
https://hdl.handle.net/10889/23676 |
| work_keys_str_mv |
AT chaidapanagiōta meletētougenetikouprotypoukarkinikouistoupacheosenterouaxiopoiōntassyndyastikatechnologiamultiplexpcrkaimalditofphasmatometriasmazasmetosystēmamassarray AT chaidapanagiōta highthroughputdetectionofmutationsassociatedwithcoloncancerinpatientdnasamplesbycombiningmultiplexpcrandmalditofmassspectrometrymethodologyperformedonthemassarraysystem |
| _version_ |
1771297162864361472 |
| spelling |
nemertes-10889-236762022-11-05T04:34:51Z Μελέτη του γενετικού προτύπου καρκινικού ιστού παχέος εντέρου αξιοποιώντας συνδυαστικά τεχνολογία multiplex PCR και MALDI-TOF φασματομετρίας μάζας με το σύστημα MassARRAY High-throughput detection of mutations associated with colon cancer in patient DNA samples by combining multiplex PCR and MALDI-TOF mass spectrometry methodology performed on the MassARRAY system Χάιδα, Παναγιώτα Chaida, Panagiota Γενετικό προφίλ όγκου Καρκίνος του παχέος εντέρου Γονοτύπηση με MassARRAY Tumor genetic profiling Colon cancer MassARRAY genotyping Ο καρκίνος είναι μια πολυπαραγοντική γενετική ασθένεια που χαρακτηρίζεται από τον ανεξέλεγκτο πολλαπλασιασμό των κυττάρων ενός οργανισμού. Την τελευταία δεκαετία, λόγω της προόδου της ιατρικής ακριβείας στην ογκολογία, οι γενετικοί πολυμορφισμοί θεωρούνται χρήσιμοι στην κατανόηση της εξέλιξης ενός όγκου. Βάσει του γενετικού τους προτύπου, οι ασθενείς χωρίζονται σε υποομάδες που πάσχουν από ίδιο τύπο καρκίνο, ο οποίος παρουσιάζει συγκεκριμένα μοριακά χαρακτηριστικά, που αφορούν κυρίως δομικές αλλαγές στο γονιδίωμα ή στο πρότυπο της γονιδιακής έκφρασης. Η ανίχνευση των μοριακών αλλαγών του καρκινικού γονιδιώματος έχει δειχθεί πως είναι χρήσιμη στη διάγνωση, την καλύτερη πρόγνωση και εν δυνάμει, τη θεραπεία κατά του καρκίνου. Το αντικείμενο της παρούσας διπλωματικής εργασίας ήταν η ανίχνευση μεταλλάξεων των γονιδίων EGFR, BRAF, KRAS, NRAS και KIT, σε DNA απομονωμένο από ιστικά δείγματα τομών παραφίνης καρκίνου του παχέος εντέρου. Επειδή τα ανωτέρω γονίδια συμβάλλουν και σε άλλους τύπους καρκίνου, συμπληρωματικά, αναλύθηκαν και 12 δείγματα ασθενών με μελάνωμα, καθώς και 14 δείγματα ασθενών με καρκίνο του πνεύμονα. Όλα τα δείγματα χαρακτηρίζονται από καλά μελετημένα κλινικά και ιστοπαθολογικά δεδομένα του Εργαστηρίου Παθολογικής Ανατομίας του ΓΠΝΠ. H ανίχνευση των μεταλλάξεων έγινε αξιοποιώντας το σύστημα γονοτύπησης υψηλής απόδοσης MassARRAY της Agena Bioscience. Τα αποτελέσματα της μελέτης έδειξαν διαφορετικό πρότυπο γονιδιακών μεταλλάξεων στους τρεις τύπους καρκίνου. Στο μελάνωμα ανιχνεύθηκαν μεταλλάξεις στις κωδικές περιοχές των γονιδίων BRAF, KRAS, NRAS και KIT, στον καρκίνο του πνεύμονα μόνο στα γονίδια EFGR και KRAS, ενώ στον καρκίνο του παχέος εντέρου ήταν μεταλλαγμένα κυρίως τα γονίδια BRAF, KRAS και σε ελάχιστα δείγματα το γονίδιο NRAS. Η στατιστική ανάλυση με Fisher’s exact test στα δείγματα του παχέος εντέρου, έδειξε μια συσχέτιση (P=0.01) των μεταλλάξεων στο γονίδιο BRAF με πιθανότητα μικροδορυφορικής αστάθειας του DNA (MSI-high), μεταξύ των μεταλλάξεων στο γονίδιο BRAF και δεξιάς κολεκτομής (P=0.05) και μεταξύ της μετάλλαξης BRAF-V600E με το γυναικείο φύλο (P=0.03) αλλά και με τους ασθενείς άνω των 70 ετών (P=0.005). Από τη σύγκριση των δεδομένων των πειραμάτων μας με αυτά της σύγχρονης βιβλιογραφίας, το σύστημα MassARRAY αξιολογήθηκε ως μια αξιόπιστη υψηλής απόδοσης τεχνολογία γονοτύπησης και ποσοτικής εκτίμησης της συχνότητας μεταλλάξεων σε δείγματα καρκινικού ιστού. The term “cancer” describes a group of polygenic diseases that are characterized by the uncontrolled proliferation of cells. During the last decade, due to the advancement of precision medicine, there is a promising change in the field of oncology, i.e. numerous genetic alterations of several kinds are considered significant in understanding tumor biology. Based on their genetic profile, patients suffering from the same type of cancer, are categorized into subgroups presenting specific molecular characteristics, mainly related to certain structural changes of the genome and/or the pattern of gene expression. The detection of molecular changes in the cancer genome has been shown to be useful in the diagnosis, in an improved and more accurate prognosis and potentially, in the treatment against cancer. The subject of this diploma thesis was the detection of possible mutations in EGFR, BRAF, KRAS, NRAS and KIT by using genomic DNA isolated from tissue samples of paraffin sections, from patients diagnosed with colon cancer (42 samples). Given that the mentioned genes appear mutated in various cancer types, there was also DNA from melanoma (12 samples), or lung cancer patients (14 samples). All samples were, previously, well-characterized in terms of clinical and histopathological data, at the Laboratory of Pathological Anatomy of the General University Hospital of Patras. For the mutation screening, we used the MassARRAY high-throughput genotyping platform of Agena Bioscience, involving multiplex PCR and MALDI-TOF mass spectrometry. The results of the study showed a different pattern of mutations among the three cancer types. In melanoma, mutations were detected in the coding regions of the BRAF, KRAS, NRAS and KIT genes, in lung cancer only in the EFGR and KRAS genes, while in colon cancer BRAF and KRAS were mostly mutated. Statistical analysis with Fisher's exact test in colon samples showed an association (P=0.01) of BRAF gene mutations with microsatellite instability (MSI-high), an association (P=0.05) of BRAF gene mutations with right colectomy, as well as an association (P=0.03) of the BRAF-V600E mutation with female patients and of BRAF-V600E with patients above 70 years old (P=0.005). Comparison of our experimental data with information from the recent literature, suggests that the MassARRAY system offers a reliable, high-throughput technology for efficient cancer tissue genotyping and determination of gene mutation frequencies. 2022-11-04T06:22:59Z 2022-11-04T06:22:59Z 2022-07-12 https://hdl.handle.net/10889/23676 el application/pdf |
