| Περίληψη: | Σημαντικά εργαλεία στην βιολογική έρευνα αποτελούν τα μικροσκόπια. Οι διάφορες τεχνολογίες που έχουν αναπτυχθεί ανά τα χρόνια δίνουν την δυνατότητα εξαγωγής βιολογικής γνώσης, αξιοποιώντας διάφορες ιδιότητες του φωτός και των βιομορίων. Μια ιδιαίτερη οικογένεια φωτονικών μικροσκοπίων αποτελούν τα μικροσκόπια φθορισμού. Στα μικροσκόπια αυτά αξιοποιείται η ιδιότητα συγκεκριμένων μορίων να φθορίζουν σε συγκεκριμένα μήκη κύματος ύστερα από διέγερση. Επισημαίνοντας πρωτεΐνες με φθορίζοντα μόρια, καθίσταται δυνατός ο χωροχρονικός εντοπισμός των πρωτεϊνών ενδιαφέροντος.
Με την είσοδο των πειραμάτων υψηλής απόδοσης (HCS) δόθηκε η δυνατότητα εκτέλεσης πολυπαραμετρικών πειραμάτων. Η αποθήκευση και ανάλυση του όγκου δεδομένων που προκύπτουν από τέτοιου είδους πειράματα, αποτελεί πρόκληση. Η ανάλυση γίνεται συχνά από εξειδικευμένους ερευνητές λόγω της πολυπλοκότητας των δεδομένων. Για την επεξεργασία των εικόνων απαιτούνται αλγόριθμοι που είναι προσαρμόσιμοι στην ποικιλομορφία των δειγμάτων που μελετώνται.
Στην παρούσα εργασία παρουσιάζονται μια σειρά από αυτοματοποιημένα εργαλεία ανάλυσης μορίων επιδιόρθωσης του DNA σε κύτταρα που υφίστανται απορρύθμιση της αδειοδότησης της αντιγραφής. Πιο συγκεκριμένα, αναπτύχθηκαν εργαλεία για την αναγνώριση πυρήνων και υπο-πυρηνικών δομών, χωρικής συσχέτισης των δομών μεταξύ τους και μέτρηση της έντασης φθορισμού τους. Αξιοποιήθηκαν εικόνες από διαφορετικά μικροσκόπια, δύο (xy) και τριών (xyz) διαστάσεων, πολλαπλών χρωματικών καναλιών (R,G,B).
Τα εργαλεία αναπτύχθηκαν με σκοπό την χρήση τους από μη εξειδικευμένους ερευνητές, δίνοντάς τους την δυνατότητα ελέγχου/εποπτείας όλης της πειραματικής διαδικασίας από την προετοιμασία των δειγμάτων ως την εξαγωγή βιολογικής γνώσης. Για τον λόγο αυτό, σε όλες τις ροές εργασίας υπάρχει παράθυρο αλληλεπίδρασης του χρήστη με τις παραμέτρους ανάλυσης, χωρίς να υπάρχει άμεση τροποποίηση του κώδικα.
|
|---|
