Εργαλείο διεπαφής για την ανάλυση και οπτικοποίηση βιολογικών γράφων μεγάλης κλίμακας
Τα βιολογικά δίκτυα παρέχουν μια μαθηματική αναπαράσταση των συνδέσεων που βρίσκονται σε οικολογικές, εξελικτικές και βιολογικές μελέτες, όπως για παράδειγμα η ακολουθία του ανθρώπινου γονιδιώματος. Στόχος της παρούσας μελέτης είναι να μελετηθούν τα βιολογικά δίκτυα από τη σκοπιά της θεωρίας της πλη...
| Κύριος συγγραφέας: | |
|---|---|
| Άλλοι συγγραφείς: | |
| Γλώσσα: | Greek |
| Έκδοση: |
2022
|
| Θέματα: | |
| Διαθέσιμο Online: | https://hdl.handle.net/10889/23818 |
| id |
nemertes-10889-23818 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
nemertes-10889-238182022-11-10T04:37:21Z Εργαλείο διεπαφής για την ανάλυση και οπτικοποίηση βιολογικών γράφων μεγάλης κλίμακας Interface tool for large scale biological graph analysis and visualization Κάππα, Βιργινία Kappa, Virginia Βιολογικά δίκτυα Ανθρώπινο γονιδίωμα Γλώσσα προγραμματισμού R Ανάλυση δεδομένων Θεωρία γράφων Biological networks Human genome R programming language Data analysis Graph theory Shiny Τα βιολογικά δίκτυα παρέχουν μια μαθηματική αναπαράσταση των συνδέσεων που βρίσκονται σε οικολογικές, εξελικτικές και βιολογικές μελέτες, όπως για παράδειγμα η ακολουθία του ανθρώπινου γονιδιώματος. Στόχος της παρούσας μελέτης είναι να μελετηθούν τα βιολογικά δίκτυα από τη σκοπιά της θεωρίας της πληροφορίας, καθώς και να πραγματοποιηθεί η ανάπτυξη εργαλείου για την ανάλυση βιολογικών γράφων μεγάλης κλίμακας. Για την ορθή προσέγγιση του θέματος πραγματοποιήθηκε βιβλιογραφική και ιστορική ανασκόπηση επί των βιολογικών δικτύων και του ανθρώπινου γονιδιώματος, το οποίο αποτελεί παράδειγμα βιολογικού δικτύου. Παράλληλα, έγινε θεωρητική προσέγγιση μεθόδων που αφορούν την ανάλυση μονοπατιών σε βιολογικούς γράφους, όπως η μέθοδος TEAK, DEAP και CLIPPER. Στο ερευνητικό μέρος της εργασίας έγινε υλοποίηση μιας πλατφόρμας μοντελοποίησης βιολογικών γράφων, μέσω της γλώσσας προγραμματισμού R και του πακέτου shiny. Επίσης, χρησιμοποιήθηκε το πακέτο σχεδιασμού και υλοποίησης γράφων δεδομένων igraph. Biological networks provide a mathematical representation of the connections found in ecological, evolutionary and biological studies, such as the sequencing of the human genome. The aim of the present study is to study biological networks from the point of view of information theory as well as to develop a tool for the analysis of large-scale biological graphs. For the correct approach to the subject, a bibliographic and historical review was carried out on biological networks and the human genome, which is an example of a biological network. At the same time, a theoretical approach was made to methods concerning the analysis of paths in biological graphs, such as the TEAK, DEAP and CLIPPER method. In the research part of the work, a biological graph modeling platform was implemented, through the R programming language and the shiny package. The igraph data graph design and implementation package was also used. 2022-11-09T09:18:13Z 2022-11-09T09:18:13Z 2022-11-09 https://hdl.handle.net/10889/23818 el application/pdf |
| institution |
UPatras |
| collection |
Nemertes |
| language |
Greek |
| topic |
Βιολογικά δίκτυα Ανθρώπινο γονιδίωμα Γλώσσα προγραμματισμού R Ανάλυση δεδομένων Θεωρία γράφων Biological networks Human genome R programming language Data analysis Graph theory Shiny |
| spellingShingle |
Βιολογικά δίκτυα Ανθρώπινο γονιδίωμα Γλώσσα προγραμματισμού R Ανάλυση δεδομένων Θεωρία γράφων Biological networks Human genome R programming language Data analysis Graph theory Shiny Κάππα, Βιργινία Εργαλείο διεπαφής για την ανάλυση και οπτικοποίηση βιολογικών γράφων μεγάλης κλίμακας |
| description |
Τα βιολογικά δίκτυα παρέχουν μια μαθηματική αναπαράσταση των συνδέσεων που βρίσκονται σε οικολογικές, εξελικτικές και βιολογικές μελέτες, όπως για παράδειγμα η ακολουθία του ανθρώπινου γονιδιώματος. Στόχος της παρούσας μελέτης είναι να μελετηθούν τα βιολογικά δίκτυα από τη σκοπιά της θεωρίας της πληροφορίας, καθώς και να πραγματοποιηθεί η ανάπτυξη εργαλείου για την ανάλυση βιολογικών γράφων μεγάλης κλίμακας. Για την ορθή προσέγγιση του θέματος πραγματοποιήθηκε βιβλιογραφική και ιστορική ανασκόπηση επί των βιολογικών δικτύων και του ανθρώπινου γονιδιώματος, το οποίο αποτελεί παράδειγμα βιολογικού δικτύου. Παράλληλα, έγινε θεωρητική προσέγγιση μεθόδων που αφορούν την ανάλυση μονοπατιών σε βιολογικούς γράφους, όπως η μέθοδος TEAK, DEAP και CLIPPER. Στο ερευνητικό μέρος της εργασίας έγινε υλοποίηση μιας πλατφόρμας μοντελοποίησης βιολογικών γράφων, μέσω της γλώσσας προγραμματισμού R και του πακέτου shiny. Επίσης, χρησιμοποιήθηκε το πακέτο σχεδιασμού και υλοποίησης γράφων δεδομένων igraph. |
| author2 |
Kappa, Virginia |
| author_facet |
Kappa, Virginia Κάππα, Βιργινία |
| author |
Κάππα, Βιργινία |
| author_sort |
Κάππα, Βιργινία |
| title |
Εργαλείο διεπαφής για την ανάλυση και οπτικοποίηση βιολογικών γράφων μεγάλης κλίμακας |
| title_short |
Εργαλείο διεπαφής για την ανάλυση και οπτικοποίηση βιολογικών γράφων μεγάλης κλίμακας |
| title_full |
Εργαλείο διεπαφής για την ανάλυση και οπτικοποίηση βιολογικών γράφων μεγάλης κλίμακας |
| title_fullStr |
Εργαλείο διεπαφής για την ανάλυση και οπτικοποίηση βιολογικών γράφων μεγάλης κλίμακας |
| title_full_unstemmed |
Εργαλείο διεπαφής για την ανάλυση και οπτικοποίηση βιολογικών γράφων μεγάλης κλίμακας |
| title_sort |
εργαλείο διεπαφής για την ανάλυση και οπτικοποίηση βιολογικών γράφων μεγάλης κλίμακας |
| publishDate |
2022 |
| url |
https://hdl.handle.net/10889/23818 |
| work_keys_str_mv |
AT kappabirginia ergaleiodiepaphēsgiatēnanalysēkaioptikopoiēsēbiologikōngraphōnmegalēsklimakas AT kappabirginia interfacetoolforlargescalebiologicalgraphanalysisandvisualization |
| _version_ |
1771297296233791488 |
