Μελέτη του μηχανισμού δράσης του E2 ένζυμου UbcH13, σε ελεύθερη μορφή και σε σύμπλοκο με το Μms2, στο μονοπάτι της ουβικιτινίωσης της Arkadia
Το Ε2 ένζυμο UbcH13 δρα σε σημαντικά σηματοδοτικά μονοπάτια, όπως είναι το μονοπάτι της ουβικιτινίωσης. Το UbcH13 συνεργάζεται με τον Mms2 δημιουργώντας αλυσίδες Ub μέσω της Lys63, η σύνδεση των μορίων ουβικιτίνης μέσω της Κ63 πραγματοποιείται σε υποστρώματα τα οποία εμπλέκονται στην επιδιόρθωση του...
| Κύριος συγγραφέας: | |
|---|---|
| Γλώσσα: | Greek |
| Έκδοση: |
2023
|
| Θέματα: | |
| Διαθέσιμο Online: | https://hdl.handle.net/10889/24345 |
| id |
nemertes-10889-24345 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
nemertes-10889-243452023-02-01T04:37:39Z Μελέτη του μηχανισμού δράσης του E2 ένζυμου UbcH13, σε ελεύθερη μορφή και σε σύμπλοκο με το Μms2, στο μονοπάτι της ουβικιτινίωσης της Arkadia Studying the mechanism of action of the E2 enzyme UbcH13, in free form and in complex with Mms2, in the ubiquitination pathway of Arkadia Toro Munoz, Tamara Ignacia Toro Munoz, Tamara Ignacia Μονοπάτι ουβικιτινίωσης Πρωτεΐνη Arcadia Arkadia E2 Enzymes Ubiquitination NMR spectroscopy Το Ε2 ένζυμο UbcH13 δρα σε σημαντικά σηματοδοτικά μονοπάτια, όπως είναι το μονοπάτι της ουβικιτινίωσης. Το UbcH13 συνεργάζεται με τον Mms2 δημιουργώντας αλυσίδες Ub μέσω της Lys63, η σύνδεση των μορίων ουβικιτίνης μέσω της Κ63 πραγματοποιείται σε υποστρώματα τα οποία εμπλέκονται στην επιδιόρθωση του DNA . Η Arkadia είναι μια πρωτεΐνη η οποία δρα μέσω του RING-Η2 τομέα, τον οποίο φέρει στο C-τελικό της άκρο και της επιτρέπει να λειτουργεί ως Ε3 λιγάση ουβικιτίνης. Η Arkadia συμμετέχει στο TGF-β μονοπάτι, σε συνεργασία με το Ε2 UbcH5b με σκοπό την αποικοδόμηση των αρνητικών ρυθμιστών του μέσω του συστήματος ουβικιτίνης-πρωτεασώματος. Ένας διαφορετικός ρόλος της πρωτεΐνης Arkadia είναι η συμμετοχή της στο μηχανισμό της επιδιόρθωσης με εκτομή νουκλεοτιδίου (Nucleotide excision repair, NER), o οποίος είναι ένας από τους μηχανισμούς της επιδιόρθωση του DNA. Για αυτή τη λειτουργία η Arkadia αλληλεπιδρά με το σύμπλοκο των UbcH13-Mms2 και δρα ως STUBL (SUMO Targeted Ubiquitin Ligase). Η πρωτεΐνη Arkadia διαθέτει τρία μοτίβα αλληλεπίδρασης με τις SUMO πρωτεΐνες, μέσω των οποίων αναγνωρίζει τις σουμοϋλιωμένες πρωτεΐνες τις οποίες ουβικιτινιώνει. Στην παρούσα μεταπτυχιακή εργασία πραγματοποιήθηκαν η έκφραση και η απομόνωση των UbcH13 και Mms2 Ε2 ενζύμων. Ειδικότερα, μελετήθηκε η αλληλεπίδραση του UbcH13 με τα “RING” και “LONG” πολυπεπτίδια της πρωτεΐνης Arkadia, με τη χρήση της φασματοσκοπίας NMR. Η λειτουργικότητα των “RING” και “LONG” πολυπεπτιδίων της Arkadia με το UbcH13 και με το σύμπλοκο των UbcH13-Mms2 μελετήθηκε μέσω πειραμάτων ουβικιτινίωσης. UbcH13 is an E2 enzyme that acts on important signalling pathways such as the ubiquitination pathway. UbcH13 cooperates with Mms2 to generate Ub chains via Lys63, the attachment of ubiquitin molecules through K63 occurs on substrates involved in DNA repair. Arkadia is a protein that acts through RING-H2 domain, located in its C-terminus and allows to function as an E3 ubiquitin ligase. Arkadia participates in TFG-β pathway in collaboration with E2 UbcH5b to degrade its negative regulators through the ubiquitin-proteasome system. A different role of Arkadia is its participation in Nucleotide excision repair (NER) mechanism, which is one of the mechanisms of DNA repair. Specifically, Arkadia interacts with UbcH13-Mms2 complex and acts like STUBL (SUMO Targeted Ubiquitin ligase). Arkadia comprises three interaction motifs with SUMO proteins, through which it recognizes SUMOylated proteins and ubiquitinates them. Therefore, in this thesis it is presented the expression, the purification and isolation of UbcH13 and Mms2 E2 enzymes. Additionally, the interaction of UbcH13 with the RING” and “LONG” polypeptides of Arkadia was studied via NMR spectroscopy. The function of Arkadia “RING” and “LONG” polypeptides with UbcH13 and UbcH13-Mms2 complex was studied through ubiquitination assays. 2023-01-31T06:31:27Z 2023-01-31T06:31:27Z 2023-01-26 https://hdl.handle.net/10889/24345 el application/pdf |
| institution |
UPatras |
| collection |
Nemertes |
| language |
Greek |
| topic |
Μονοπάτι ουβικιτινίωσης Πρωτεΐνη Arcadia Arkadia E2 Enzymes Ubiquitination NMR spectroscopy |
| spellingShingle |
Μονοπάτι ουβικιτινίωσης Πρωτεΐνη Arcadia Arkadia E2 Enzymes Ubiquitination NMR spectroscopy Toro Munoz, Tamara Ignacia Μελέτη του μηχανισμού δράσης του E2 ένζυμου UbcH13, σε ελεύθερη μορφή και σε σύμπλοκο με το Μms2, στο μονοπάτι της ουβικιτινίωσης της Arkadia |
| description |
Το Ε2 ένζυμο UbcH13 δρα σε σημαντικά σηματοδοτικά μονοπάτια, όπως είναι το μονοπάτι της ουβικιτινίωσης. Το UbcH13 συνεργάζεται με τον Mms2 δημιουργώντας αλυσίδες Ub μέσω της Lys63, η σύνδεση των μορίων ουβικιτίνης μέσω της Κ63 πραγματοποιείται σε υποστρώματα τα οποία εμπλέκονται στην επιδιόρθωση του DNA .
Η Arkadia είναι μια πρωτεΐνη η οποία δρα μέσω του RING-Η2 τομέα, τον οποίο φέρει στο C-τελικό της άκρο και της επιτρέπει να λειτουργεί ως Ε3 λιγάση ουβικιτίνης. Η Arkadia συμμετέχει στο TGF-β μονοπάτι, σε συνεργασία με το Ε2 UbcH5b με σκοπό την αποικοδόμηση των αρνητικών ρυθμιστών του μέσω του συστήματος ουβικιτίνης-πρωτεασώματος.
Ένας διαφορετικός ρόλος της πρωτεΐνης Arkadia είναι η συμμετοχή της στο μηχανισμό της επιδιόρθωσης με εκτομή νουκλεοτιδίου (Nucleotide excision repair, NER), o οποίος είναι ένας από τους μηχανισμούς της επιδιόρθωση του DNA. Για αυτή τη λειτουργία η Arkadia αλληλεπιδρά με το σύμπλοκο των UbcH13-Mms2 και δρα ως STUBL (SUMO Targeted Ubiquitin Ligase). Η πρωτεΐνη Arkadia διαθέτει τρία μοτίβα αλληλεπίδρασης με τις SUMO πρωτεΐνες, μέσω των οποίων αναγνωρίζει τις σουμοϋλιωμένες πρωτεΐνες τις οποίες ουβικιτινιώνει.
Στην παρούσα μεταπτυχιακή εργασία πραγματοποιήθηκαν η έκφραση και η απομόνωση των UbcH13 και Mms2 Ε2 ενζύμων. Ειδικότερα, μελετήθηκε η αλληλεπίδραση του UbcH13 με τα “RING” και “LONG” πολυπεπτίδια της πρωτεΐνης Arkadia, με τη χρήση της φασματοσκοπίας NMR. Η λειτουργικότητα των “RING” και “LONG” πολυπεπτιδίων της Arkadia με το UbcH13 και με το σύμπλοκο των UbcH13-Mms2 μελετήθηκε μέσω πειραμάτων ουβικιτινίωσης. |
| author2 |
Toro Munoz, Tamara Ignacia |
| author_facet |
Toro Munoz, Tamara Ignacia Toro Munoz, Tamara Ignacia |
| author |
Toro Munoz, Tamara Ignacia |
| author_sort |
Toro Munoz, Tamara Ignacia |
| title |
Μελέτη του μηχανισμού δράσης του E2 ένζυμου UbcH13, σε ελεύθερη μορφή και σε σύμπλοκο με το Μms2, στο μονοπάτι της ουβικιτινίωσης της Arkadia |
| title_short |
Μελέτη του μηχανισμού δράσης του E2 ένζυμου UbcH13, σε ελεύθερη μορφή και σε σύμπλοκο με το Μms2, στο μονοπάτι της ουβικιτινίωσης της Arkadia |
| title_full |
Μελέτη του μηχανισμού δράσης του E2 ένζυμου UbcH13, σε ελεύθερη μορφή και σε σύμπλοκο με το Μms2, στο μονοπάτι της ουβικιτινίωσης της Arkadia |
| title_fullStr |
Μελέτη του μηχανισμού δράσης του E2 ένζυμου UbcH13, σε ελεύθερη μορφή και σε σύμπλοκο με το Μms2, στο μονοπάτι της ουβικιτινίωσης της Arkadia |
| title_full_unstemmed |
Μελέτη του μηχανισμού δράσης του E2 ένζυμου UbcH13, σε ελεύθερη μορφή και σε σύμπλοκο με το Μms2, στο μονοπάτι της ουβικιτινίωσης της Arkadia |
| title_sort |
μελέτη του μηχανισμού δράσης του e2 ένζυμου ubch13, σε ελεύθερη μορφή και σε σύμπλοκο με το μms2, στο μονοπάτι της ουβικιτινίωσης της arkadia |
| publishDate |
2023 |
| url |
https://hdl.handle.net/10889/24345 |
| work_keys_str_mv |
AT toromunoztamaraignacia meletētoumēchanismoudrasēstoue2enzymouubch13seeleutherēmorphēkaisesymplokometomms2stomonopatitēsoubikitiniōsēstēsarkadia AT toromunoztamaraignacia studyingthemechanismofactionofthee2enzymeubch13infreeformandincomplexwithmms2intheubiquitinationpathwayofarkadia |
| _version_ |
1771297297376739328 |
