| Περίληψη: | Η εκπόνηση της διπλωματικής μου εργασίας αφορά το πρόβλημα της ενοποίησης για δεδομένα που προέρχονται από πειράματα μεμονωμένου κυττάρου(single-cell experiments). Τα τελευταία χρόνια, οι πειραματικές τεχνικές για τη μέτρηση διαφόρων ειδών βιολογικής πληροφορίας ταυτόχρονα στο ίδιο κύτταρο γίνονται όλο και πιο διαδεδομένες. Αυτές οι τεχνικές παράγουν πολυτροπικά δεδομένα (multi-modal data), παρέχοντας έτσι μια ολοκληρωμένη εικόνα της συμπεριφοράς του κυττάρου σε όλα τα επίπεδα οργάνωσης. Ο στόχος της παρούσας εργασίας είναι η μετάφραση της πληροφορίας μεταξύ των πολλαπλών επιπέδων βιολογικής ρύθμισης, ακολουθώντας την λογική του κεντρικού δόγματος της Βιολογίας και της ροής πληροφορίας από το δεοξυριβονουκλεϊκό οξύ DNA στο ριβονουκλεϊκό οξύ RNA και από το RNA στην πρωτεΐνη. Θα χρησιμοποιήσουμε δεδομένα από διαφορετικές πειραματικές τεχνικές που ποσοτικοποιούν ταυτόχρονα τρία επίπεδα πληροφορίας στα ίδια κύτταρα: προσβασιμότητα DNA, έκφραση RNA και επίπεδα πρωτεϊνών. Ξεκινώντας από το DNA, θα εξετάσουμε κατά πόσο οι μετρήσεις σε ένα επίπεδο μας βοηθούν να προβλέψουμε το επόμενο επίπεδο, και κατά πόσον η πληροφορία από όλα τα επίπεδα ταυτόχρονα μπορεί να βελτιώσει την ανακάλυψη κυτταρικών πληθυσμών ή καταστάσεων. Η δομή της εργασίας αποτελείται από τέσσερις βασικές ενότητες. Η πρώτη ενότητα είναι μια βιβλιογραφική ανασκόπηση των τεχνικών ενοποίησης δεδομένων μεμονωμένου κυττάρου. Η δεύτερη ενότητα αφορά την υλοποίηση και την εκτέλεση των τεχνικών αυτών καθώς και των μετρικών αξιολόγησης τους, που θα μας παρέχουν τα αποτελέσματα του καλύτερου μοντέλου πρόβλεψης. Επιπλέον, η τρίτη ενότητα αφορά την τροποποίηση ή τον συνδυασμό των παραπάνω τεχνικών, με απώτερο σκοπό την πρόταση ενός βέλτιστου μοντέλου ενοποίησης. Τέλος η τέταρτη ενότητα αφορά την εξαγωγή συμπερασμάτων των παραπάνω μοντέλων πρόβλεψης τροπικότητας καθώς και τις μελλοντικές επεκτάσεις της παρούσας εργασίας.
|
|---|
