Μελέτη του ρόλου των μιτοχονδριακών tRFs στις νευρολογικές παθήσεις
Από τα πιο σημαντικά οργανίδια του κυττάρου είναι τα μιτοχόνδρια, τα οποία χαρακτηρίζονται ως το εργοστάσιο παραγωγής ενέργειάς του, λόγω της σύνθεσης του ATP μέσω της οξειδωτικής φωσφορυλίωσης. Αξιοσημείωτο είναι το γεγονός ότι τα μιτοχόνδρια διαθέτουν το δικό τους γενετικό υλικό 16.569 ζευγών βάσε...
| Κύριος συγγραφέας: | |
|---|---|
| Άλλοι συγγραφείς: | |
| Γλώσσα: | Greek |
| Έκδοση: |
2023
|
| Θέματα: | |
| Διαθέσιμο Online: | https://hdl.handle.net/10889/25323 |
| id |
nemertes-10889-25323 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| institution |
UPatras |
| collection |
Nemertes |
| language |
Greek |
| topic |
Μιτοχόνδριο Μιτοχονδριακά tRFs Νευρολογικές παθήσεις Αλτσχάιμερ Mitochondria Altzheimer's disease |
| spellingShingle |
Μιτοχόνδριο Μιτοχονδριακά tRFs Νευρολογικές παθήσεις Αλτσχάιμερ Mitochondria Altzheimer's disease Καμζόλα, Αναστασία Μελέτη του ρόλου των μιτοχονδριακών tRFs στις νευρολογικές παθήσεις |
| description |
Από τα πιο σημαντικά οργανίδια του κυττάρου είναι τα μιτοχόνδρια, τα οποία χαρακτηρίζονται ως το εργοστάσιο παραγωγής ενέργειάς του, λόγω της σύνθεσης του ATP μέσω της οξειδωτικής φωσφορυλίωσης. Αξιοσημείωτο είναι το γεγονός ότι τα μιτοχόνδρια διαθέτουν το δικό τους γενετικό υλικό 16.569 ζευγών βάσεων, που αποτελείται από γονίδια που κωδικοποιούν τις υπομονάδες των αλυσίδων μεταφοράς ηλεκτρονίων και της αναπνευστικής αλυσίδας.
Για τη σωστή λειτουργία της ροής της γενετικής πληροφορίας στα μιτοχόνδρια, είναι απαραίτητη η σωστή ωρίμανση και σταθερότητα των μορίων tRNA. Τα τελευταία χρόνια έχει δειχθεί ότι τα μιτοχονδριακά tRNAs όταν επεξεργαστούν από ενδονουκλεάσες μπορούν να παράξουν θραύσματα που είναι γνωστά ως tRFs (tRNA-derived fragments). Τα tRFs για πολλά χρόνια θεωρούνταν τυχαία υποπροϊόντα του tRNA, αλλά πλέον έχει αναγνωριστεί η κομβικής σημασίας συμμετοχή τους σε διάφορες βιολογικές διεργασίες, όπως η απόπτωση και ο κυτταρικός κύκλος. Ιδιαίτερος λόγος γίνεται για τα μιτοχονδριακά tRFs, τα οποία όχι μόνο εμπλέκονται σε νευρομυοπάθειες εξαιτίας της εξάρτησης των νευρικών κυττάρων από την ενέργεια που παράγεται στα μιτοχόνδρια, αλλά και λόγω του ότι είναι δυνατός ο εντοπισμός τους και εκτός του μιτοχονδρίου επηρεάζοντας πληθώρα κυτταρικών λειτουργιών. Τα δεδομένα αλληλούχισης που υπάρχουν σήμερα, έχουν καταστήσει δυνατή τη μελέτη τους και νευρολογικές ασθένειες, όπως το Αλτσχάιμερ, έχουν ξεκινήσει να ερευνώνται σε βάθος και να απαντώνται πολλά από τα μέχρι τώρα αναπάντητα ερωτήματα των επιστημόνων.
Η παρούσα διπλωματική εργασία έχει σαν στόχο να διερευνήσει το ρυθμιστικό ρόλο των μιτοχονδριακών tRFs στη νόσο Αλτσχάιμερ, κάνοντας χρήση εργαλείων και μεθόδων βιοπληροφορικής. Γι’ αυτό το λόγο, θα συλλεχθούν δεδομένα αλληλούχισης μορίων RNA μικρού μήκους από μελέτες που αφορούν το Αλτσχάιμερ, θα χαρτογραφηθούν σε βάσεις δεδομένων tRFs, θα εξεταστούν διαφορές στην έκφραση των tRFs μεταξύ ασθενών και μη, θα βρεθούν τα πιο σημαντικά εμπλουτισμένα μονοπάτια και τέλος όλα τα παραπάνω ευρήματα θα οπτικοποιηθούν για την καλύτερη κατανόηση τους. |
| author2 |
Kamzola, Anastasia |
| author_facet |
Kamzola, Anastasia Καμζόλα, Αναστασία |
| author |
Καμζόλα, Αναστασία |
| author_sort |
Καμζόλα, Αναστασία |
| title |
Μελέτη του ρόλου των μιτοχονδριακών tRFs στις νευρολογικές παθήσεις |
| title_short |
Μελέτη του ρόλου των μιτοχονδριακών tRFs στις νευρολογικές παθήσεις |
| title_full |
Μελέτη του ρόλου των μιτοχονδριακών tRFs στις νευρολογικές παθήσεις |
| title_fullStr |
Μελέτη του ρόλου των μιτοχονδριακών tRFs στις νευρολογικές παθήσεις |
| title_full_unstemmed |
Μελέτη του ρόλου των μιτοχονδριακών tRFs στις νευρολογικές παθήσεις |
| title_sort |
μελέτη του ρόλου των μιτοχονδριακών trfs στις νευρολογικές παθήσεις |
| publishDate |
2023 |
| url |
https://hdl.handle.net/10889/25323 |
| work_keys_str_mv |
AT kamzolaanastasia meletētouroloutōnmitochondriakōntrfsstisneurologikespathēseis AT kamzolaanastasia studyoftheroleofthemitochondrialtrfsintheneurologicaldiseases |
| _version_ |
1771297237362540544 |
| spelling |
nemertes-10889-253232023-07-05T03:56:16Z Μελέτη του ρόλου των μιτοχονδριακών tRFs στις νευρολογικές παθήσεις Study of the role of the mitochondrial tRFs in the neurological diseases Καμζόλα, Αναστασία Kamzola, Anastasia Μιτοχόνδριο Μιτοχονδριακά tRFs Νευρολογικές παθήσεις Αλτσχάιμερ Mitochondria Altzheimer's disease Από τα πιο σημαντικά οργανίδια του κυττάρου είναι τα μιτοχόνδρια, τα οποία χαρακτηρίζονται ως το εργοστάσιο παραγωγής ενέργειάς του, λόγω της σύνθεσης του ATP μέσω της οξειδωτικής φωσφορυλίωσης. Αξιοσημείωτο είναι το γεγονός ότι τα μιτοχόνδρια διαθέτουν το δικό τους γενετικό υλικό 16.569 ζευγών βάσεων, που αποτελείται από γονίδια που κωδικοποιούν τις υπομονάδες των αλυσίδων μεταφοράς ηλεκτρονίων και της αναπνευστικής αλυσίδας. Για τη σωστή λειτουργία της ροής της γενετικής πληροφορίας στα μιτοχόνδρια, είναι απαραίτητη η σωστή ωρίμανση και σταθερότητα των μορίων tRNA. Τα τελευταία χρόνια έχει δειχθεί ότι τα μιτοχονδριακά tRNAs όταν επεξεργαστούν από ενδονουκλεάσες μπορούν να παράξουν θραύσματα που είναι γνωστά ως tRFs (tRNA-derived fragments). Τα tRFs για πολλά χρόνια θεωρούνταν τυχαία υποπροϊόντα του tRNA, αλλά πλέον έχει αναγνωριστεί η κομβικής σημασίας συμμετοχή τους σε διάφορες βιολογικές διεργασίες, όπως η απόπτωση και ο κυτταρικός κύκλος. Ιδιαίτερος λόγος γίνεται για τα μιτοχονδριακά tRFs, τα οποία όχι μόνο εμπλέκονται σε νευρομυοπάθειες εξαιτίας της εξάρτησης των νευρικών κυττάρων από την ενέργεια που παράγεται στα μιτοχόνδρια, αλλά και λόγω του ότι είναι δυνατός ο εντοπισμός τους και εκτός του μιτοχονδρίου επηρεάζοντας πληθώρα κυτταρικών λειτουργιών. Τα δεδομένα αλληλούχισης που υπάρχουν σήμερα, έχουν καταστήσει δυνατή τη μελέτη τους και νευρολογικές ασθένειες, όπως το Αλτσχάιμερ, έχουν ξεκινήσει να ερευνώνται σε βάθος και να απαντώνται πολλά από τα μέχρι τώρα αναπάντητα ερωτήματα των επιστημόνων. Η παρούσα διπλωματική εργασία έχει σαν στόχο να διερευνήσει το ρυθμιστικό ρόλο των μιτοχονδριακών tRFs στη νόσο Αλτσχάιμερ, κάνοντας χρήση εργαλείων και μεθόδων βιοπληροφορικής. Γι’ αυτό το λόγο, θα συλλεχθούν δεδομένα αλληλούχισης μορίων RNA μικρού μήκους από μελέτες που αφορούν το Αλτσχάιμερ, θα χαρτογραφηθούν σε βάσεις δεδομένων tRFs, θα εξεταστούν διαφορές στην έκφραση των tRFs μεταξύ ασθενών και μη, θα βρεθούν τα πιο σημαντικά εμπλουτισμένα μονοπάτια και τέλος όλα τα παραπάνω ευρήματα θα οπτικοποιηθούν για την καλύτερη κατανόηση τους. Among the most important organelles of the cell are the mitochondria, which are characterized as its energy factory, due to the synthesis of ATP through oxidative phosphorylation. Remarkably, mitochondria have their own genetic material of 16,569 base pairs, consisting of genes encoding the subunits of the electron transport chains and the respiratory chain. For the proper functioning of the flow of genetic information in the mitochondria, the correct maturation and stability of the tRNA molecules is necessary. In recent years it has been shown that mitochondrial tRNAs when processed by endonucleases can produce fragments known as tRFs (tRNA-derived fragments). tRFs have for many years been considered as accidental by-products of tRNA, but now their central importance in participating in various biological processes, such as apoptosis and the cell cycle, has been recognized. Special mention is made of mitochondrial tRFs, which are not only involved in neuromyopathies due to the dependence of nerve cells on the energy produced in the mitochondria, but also due to the fact that it is possible to locate them outside the mitochondrion affecting a multitude of cellular functions. The sequence data available today has made it possible to study them, and neurological diseases such as Alzheimer's have begun to be investigated in depth and many of the hitherto unanswered questions of scientists have been answered. This thesis aims to investigate the regulatory role of mitochondrial tRFs in Alzheimer's disease, using bioinformatics tools and methods. Therefore, we will collect small RNA sequencing data from studies referring to Alzheimer's, map them to tRFs databases, examine differences in tRFs expression between patients and non-patients, find the most significant enriched pathways and finally, all the above findings will be visualized for better understanding. 2023-07-04T07:42:39Z 2023-07-04T07:42:39Z 2023-05-05 https://hdl.handle.net/10889/25323 el application/pdf |
