Διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell RNA-sequencing τεχνολογίες
Σε αυτήν την ολοκληρωμένη διερεύνηση της προ-επεξεργασίας στον προσδιορισμό του single cell RNA sequencing αναλύουμε και διερευνούμε τις περιπλοκές του χειρισμού και της βελτιστοποίησης δεδομένων. Ξεκινώντας με μια επισκόπηση των βιολογικών θεμελίων και των τεχνικών δυσκολιών του scRNA-seq, αποκαλύπ...
| Κύριος συγγραφέας: | |
|---|---|
| Άλλοι συγγραφείς: | |
| Γλώσσα: | Greek |
| Έκδοση: |
2023
|
| Θέματα: | |
| Διαθέσιμο Online: | https://hdl.handle.net/10889/26109 |
| id |
nemertes-10889-26109 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
nemertes-10889-261092023-11-01T05:02:54Z Διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell RNA-sequencing τεχνολογίες Exploratory analysis of multidimensional data from single-cell RNA-sequencing technologies Τσοκανάς, Μάριος Tsokanas, Marios Αλληλούχιση RNA μεμονωμένων κυττάρων Προ-επεξεργασία δεδομένων Ποιοτικός έλεγχος Single cell RNA-sequencing Data preprocessing Quality control Σε αυτήν την ολοκληρωμένη διερεύνηση της προ-επεξεργασίας στον προσδιορισμό του single cell RNA sequencing αναλύουμε και διερευνούμε τις περιπλοκές του χειρισμού και της βελτιστοποίησης δεδομένων. Ξεκινώντας με μια επισκόπηση των βιολογικών θεμελίων και των τεχνικών δυσκολιών του scRNA-seq, αποκαλύπτουμε τα σχολαστικά βήματα που εμπλέκονται στην προ-επεξεργασία δεδομένων. Από τον ποιοτικό έλεγχο έως την επιμέλεια των συνόλων χαρακτηριστικών και τη μείωση της διάστασης, διασχίζουμε το τοπίο των αλγορίθμων και των μεθοδολογιών που ενισχύουν την ανάλυση scRNA-seq. Εστιάζοντας σε κάθε στάδιο προ-επεξεργασίας, εμβαθύνουμε στον κόσμο της κανονικοποίησης, της διόρθωσης δεδομένων, της επιλογής χαρακτηριστικών και της μείωσης διαστάσεων, ρίχνοντας φως στη σημασία τους και στη σειρά των διαθέσιμων εργαλείων. Καθώς προχωράμε, γίνεται προφανές ότι το πεδίο της προ-επεξεργασίας scRNA-seq είναι δυναμικό και εξελίσσεται γρήγορα, με νέους αλγόριθμους να αναδιαμορφώνουν συνεχώς τις δυνατότητές μας. Η συζήτησή μας κορυφώνεται σε μια προοπτική για το μέλλον της προ-επεξεργασίας scRNA-seq, υπογραμμίζοντας την προσαρμοστικότητα αυτών των βημάτων ώστε να ταιριάζουν στις μοναδικές ανάγκες κάθε μελέτης. Μέσω αυτής της ολοκληρωμένης εξερεύνησης, εξοπλίζουμε τους ερευνητές με τις γνώσεις που απαιτούνται για να αξιοποιήσουν πλήρως τις δυνατότητες των δεδομένων scRNA-seq και να καταφέρουν να ξεκαθαρίσουν το θολό τοπίο της κυτταρικής βιολογίας. In this comprehensive exploration of preprocessing in single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), we analyze and explore the intricacies of data handling and optimization. Beginning with an overview of the biological foundations and the technical intricacies of scRNA-seq, we unveil the meticulous steps involved in data preprocessing. From quality control to the curation of feature sets and the reduction of dimensionality, we traverse the landscape of algorithms and methodologies that empower scRNA-seq analysis. With a focus on each preprocessing stage, we delve into the world of normalization, data correction, feature selection, and dimensionality reduction, shedding light on their significance and the array of available tools. As we move ahead, it becomes evident that the field of scRNA-seq preprocessing is dynamic and rapidly evolving, with novel algorithms constantly reshaping our capabilities. Our discussion culminates in a perspective on the future of scRNA-seq preprocessing, highlighting the adaptability of these steps to suit the unique needs of each study. Through this comprehensive exploration, we equip researchers with the knowledge and insights needed to harness the full potential of scRNA-seq data and manage to clarify the murky landscape of cell biology. 2023-10-31T06:28:25Z 2023-10-31T06:28:25Z 2023-09-29 https://hdl.handle.net/10889/26109 el application/pdf |
| institution |
UPatras |
| collection |
Nemertes |
| language |
Greek |
| topic |
Αλληλούχιση RNA μεμονωμένων κυττάρων Προ-επεξεργασία δεδομένων Ποιοτικός έλεγχος Single cell RNA-sequencing Data preprocessing Quality control |
| spellingShingle |
Αλληλούχιση RNA μεμονωμένων κυττάρων Προ-επεξεργασία δεδομένων Ποιοτικός έλεγχος Single cell RNA-sequencing Data preprocessing Quality control Τσοκανάς, Μάριος Διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell RNA-sequencing τεχνολογίες |
| description |
Σε αυτήν την ολοκληρωμένη διερεύνηση της προ-επεξεργασίας στον προσδιορισμό του single cell RNA sequencing αναλύουμε και διερευνούμε τις περιπλοκές του χειρισμού και της βελτιστοποίησης δεδομένων. Ξεκινώντας με μια επισκόπηση των βιολογικών θεμελίων και των τεχνικών δυσκολιών του scRNA-seq, αποκαλύπτουμε τα σχολαστικά βήματα που εμπλέκονται στην προ-επεξεργασία δεδομένων. Από τον ποιοτικό έλεγχο έως την επιμέλεια των συνόλων χαρακτηριστικών και τη μείωση της διάστασης, διασχίζουμε το τοπίο των αλγορίθμων και των μεθοδολογιών που ενισχύουν την ανάλυση scRNA-seq. Εστιάζοντας σε κάθε στάδιο προ-επεξεργασίας, εμβαθύνουμε στον κόσμο της κανονικοποίησης, της διόρθωσης δεδομένων, της επιλογής χαρακτηριστικών και της μείωσης διαστάσεων, ρίχνοντας φως στη σημασία τους και στη σειρά των διαθέσιμων εργαλείων. Καθώς προχωράμε, γίνεται προφανές ότι το πεδίο της προ-επεξεργασίας scRNA-seq είναι δυναμικό και εξελίσσεται γρήγορα, με νέους αλγόριθμους να αναδιαμορφώνουν συνεχώς τις δυνατότητές μας. Η συζήτησή μας κορυφώνεται σε μια προοπτική για το μέλλον της προ-επεξεργασίας scRNA-seq, υπογραμμίζοντας την προσαρμοστικότητα αυτών των βημάτων ώστε να ταιριάζουν στις μοναδικές ανάγκες κάθε μελέτης. Μέσω αυτής της ολοκληρωμένης εξερεύνησης, εξοπλίζουμε τους ερευνητές με τις γνώσεις που απαιτούνται για να αξιοποιήσουν πλήρως τις δυνατότητες των δεδομένων scRNA-seq και να καταφέρουν να ξεκαθαρίσουν το θολό τοπίο της κυτταρικής βιολογίας. |
| author2 |
Tsokanas, Marios |
| author_facet |
Tsokanas, Marios Τσοκανάς, Μάριος |
| author |
Τσοκανάς, Μάριος |
| author_sort |
Τσοκανάς, Μάριος |
| title |
Διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell RNA-sequencing τεχνολογίες |
| title_short |
Διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell RNA-sequencing τεχνολογίες |
| title_full |
Διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell RNA-sequencing τεχνολογίες |
| title_fullStr |
Διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell RNA-sequencing τεχνολογίες |
| title_full_unstemmed |
Διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell RNA-sequencing τεχνολογίες |
| title_sort |
διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell rna-sequencing τεχνολογίες |
| publishDate |
2023 |
| url |
https://hdl.handle.net/10889/26109 |
| work_keys_str_mv |
AT tsokanasmarios diereunētikēanalysēpolydiastatōndedomenōnaposinglecellrnasequencingtechnologies AT tsokanasmarios exploratoryanalysisofmultidimensionaldatafromsinglecellrnasequencingtechnologies |
| _version_ |
1799945005992771584 |
