Διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell RNA-sequencing τεχνολογίες

Σε αυτήν την ολοκληρωμένη διερεύνηση της προ-επεξεργασίας στον προσδιορισμό του single cell RNA sequencing αναλύουμε και διερευνούμε τις περιπλοκές του χειρισμού και της βελτιστοποίησης δεδομένων. Ξεκινώντας με μια επισκόπηση των βιολογικών θεμελίων και των τεχνικών δυσκολιών του scRNA-seq, αποκαλύπ...

Πλήρης περιγραφή

Λεπτομέρειες βιβλιογραφικής εγγραφής
Κύριος συγγραφέας: Τσοκανάς, Μάριος
Άλλοι συγγραφείς: Tsokanas, Marios
Γλώσσα:Greek
Έκδοση: 2023
Θέματα:
Διαθέσιμο Online:https://hdl.handle.net/10889/26109
id nemertes-10889-26109
record_format dspace
spelling nemertes-10889-261092023-11-01T05:02:54Z Διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell RNA-sequencing τεχνολογίες Exploratory analysis of multidimensional data from single-cell RNA-sequencing technologies Τσοκανάς, Μάριος Tsokanas, Marios Αλληλούχιση RNA μεμονωμένων κυττάρων Προ-επεξεργασία δεδομένων Ποιοτικός έλεγχος Single cell RNA-sequencing Data preprocessing Quality control Σε αυτήν την ολοκληρωμένη διερεύνηση της προ-επεξεργασίας στον προσδιορισμό του single cell RNA sequencing αναλύουμε και διερευνούμε τις περιπλοκές του χειρισμού και της βελτιστοποίησης δεδομένων. Ξεκινώντας με μια επισκόπηση των βιολογικών θεμελίων και των τεχνικών δυσκολιών του scRNA-seq, αποκαλύπτουμε τα σχολαστικά βήματα που εμπλέκονται στην προ-επεξεργασία δεδομένων. Από τον ποιοτικό έλεγχο έως την επιμέλεια των συνόλων χαρακτηριστικών και τη μείωση της διάστασης, διασχίζουμε το τοπίο των αλγορίθμων και των μεθοδολογιών που ενισχύουν την ανάλυση scRNA-seq. Εστιάζοντας σε κάθε στάδιο προ-επεξεργασίας, εμβαθύνουμε στον κόσμο της κανονικοποίησης, της διόρθωσης δεδομένων, της επιλογής χαρακτηριστικών και της μείωσης διαστάσεων, ρίχνοντας φως στη σημασία τους και στη σειρά των διαθέσιμων εργαλείων. Καθώς προχωράμε, γίνεται προφανές ότι το πεδίο της προ-επεξεργασίας scRNA-seq είναι δυναμικό και εξελίσσεται γρήγορα, με νέους αλγόριθμους να αναδιαμορφώνουν συνεχώς τις δυνατότητές μας. Η συζήτησή μας κορυφώνεται σε μια προοπτική για το μέλλον της προ-επεξεργασίας scRNA-seq, υπογραμμίζοντας την προσαρμοστικότητα αυτών των βημάτων ώστε να ταιριάζουν στις μοναδικές ανάγκες κάθε μελέτης. Μέσω αυτής της ολοκληρωμένης εξερεύνησης, εξοπλίζουμε τους ερευνητές με τις γνώσεις που απαιτούνται για να αξιοποιήσουν πλήρως τις δυνατότητες των δεδομένων scRNA-seq και να καταφέρουν να ξεκαθαρίσουν το θολό τοπίο της κυτταρικής βιολογίας. In this comprehensive exploration of preprocessing in single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), we analyze and explore the intricacies of data handling and optimization. Beginning with an overview of the biological foundations and the technical intricacies of scRNA-seq, we unveil the meticulous steps involved in data preprocessing. From quality control to the curation of feature sets and the reduction of dimensionality, we traverse the landscape of algorithms and methodologies that empower scRNA-seq analysis. With a focus on each preprocessing stage, we delve into the world of normalization, data correction, feature selection, and dimensionality reduction, shedding light on their significance and the array of available tools. As we move ahead, it becomes evident that the field of scRNA-seq preprocessing is dynamic and rapidly evolving, with novel algorithms constantly reshaping our capabilities. Our discussion culminates in a perspective on the future of scRNA-seq preprocessing, highlighting the adaptability of these steps to suit the unique needs of each study. Through this comprehensive exploration, we equip researchers with the knowledge and insights needed to harness the full potential of scRNA-seq data and manage to clarify the murky landscape of cell biology. 2023-10-31T06:28:25Z 2023-10-31T06:28:25Z 2023-09-29 https://hdl.handle.net/10889/26109 el application/pdf
institution UPatras
collection Nemertes
language Greek
topic Αλληλούχιση RNA μεμονωμένων κυττάρων
Προ-επεξεργασία δεδομένων
Ποιοτικός έλεγχος
Single cell RNA-sequencing
Data preprocessing
Quality control
spellingShingle Αλληλούχιση RNA μεμονωμένων κυττάρων
Προ-επεξεργασία δεδομένων
Ποιοτικός έλεγχος
Single cell RNA-sequencing
Data preprocessing
Quality control
Τσοκανάς, Μάριος
Διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell RNA-sequencing τεχνολογίες
description Σε αυτήν την ολοκληρωμένη διερεύνηση της προ-επεξεργασίας στον προσδιορισμό του single cell RNA sequencing αναλύουμε και διερευνούμε τις περιπλοκές του χειρισμού και της βελτιστοποίησης δεδομένων. Ξεκινώντας με μια επισκόπηση των βιολογικών θεμελίων και των τεχνικών δυσκολιών του scRNA-seq, αποκαλύπτουμε τα σχολαστικά βήματα που εμπλέκονται στην προ-επεξεργασία δεδομένων. Από τον ποιοτικό έλεγχο έως την επιμέλεια των συνόλων χαρακτηριστικών και τη μείωση της διάστασης, διασχίζουμε το τοπίο των αλγορίθμων και των μεθοδολογιών που ενισχύουν την ανάλυση scRNA-seq. Εστιάζοντας σε κάθε στάδιο προ-επεξεργασίας, εμβαθύνουμε στον κόσμο της κανονικοποίησης, της διόρθωσης δεδομένων, της επιλογής χαρακτηριστικών και της μείωσης διαστάσεων, ρίχνοντας φως στη σημασία τους και στη σειρά των διαθέσιμων εργαλείων. Καθώς προχωράμε, γίνεται προφανές ότι το πεδίο της προ-επεξεργασίας scRNA-seq είναι δυναμικό και εξελίσσεται γρήγορα, με νέους αλγόριθμους να αναδιαμορφώνουν συνεχώς τις δυνατότητές μας. Η συζήτησή μας κορυφώνεται σε μια προοπτική για το μέλλον της προ-επεξεργασίας scRNA-seq, υπογραμμίζοντας την προσαρμοστικότητα αυτών των βημάτων ώστε να ταιριάζουν στις μοναδικές ανάγκες κάθε μελέτης. Μέσω αυτής της ολοκληρωμένης εξερεύνησης, εξοπλίζουμε τους ερευνητές με τις γνώσεις που απαιτούνται για να αξιοποιήσουν πλήρως τις δυνατότητες των δεδομένων scRNA-seq και να καταφέρουν να ξεκαθαρίσουν το θολό τοπίο της κυτταρικής βιολογίας.
author2 Tsokanas, Marios
author_facet Tsokanas, Marios
Τσοκανάς, Μάριος
author Τσοκανάς, Μάριος
author_sort Τσοκανάς, Μάριος
title Διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell RNA-sequencing τεχνολογίες
title_short Διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell RNA-sequencing τεχνολογίες
title_full Διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell RNA-sequencing τεχνολογίες
title_fullStr Διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell RNA-sequencing τεχνολογίες
title_full_unstemmed Διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell RNA-sequencing τεχνολογίες
title_sort διερευνητική ανάλυση πολυδιάστατων δεδομένων από single-cell rna-sequencing τεχνολογίες
publishDate 2023
url https://hdl.handle.net/10889/26109
work_keys_str_mv AT tsokanasmarios diereunētikēanalysēpolydiastatōndedomenōnaposinglecellrnasequencingtechnologies
AT tsokanasmarios exploratoryanalysisofmultidimensionaldatafromsinglecellrnasequencingtechnologies
_version_ 1799945005992771584