Παρουσίαση και συγκριτική αξιολόγηση αλγορίθμων και εργαλείων αναζήτησης μοριακών προσδεμάτων με εφαρμογή στο σχεδιασμό φαρμάκων με τη βοήθεια Η/Υ

• Κύριος συγγραφέας: Σπηλίου, Αθηνά
• Άλλοι συγγραφείς: Τσακαλίδης, Αθανάσιος
• Γλώσσα: Greek
• Έκδοση: 2007
• Θέματα: Σχεδίαση φαρμάκων; Μοριακή αναγνώριση; Αλγόριθμοι; Drug design; Docking; Algorithms; Virtual screening; 615.19

Στα πλαίσια της συγκεκριμένης μεταπτυχιακής εργασίας μελετήθηκαν αλγόριθμοι και εργαλεία σχεδίασης φαρμάκων με τη βοήθεια Η/Υ που υπάρχουν στη διεθνή βιβλιογραφία. Η μελέτη εστιάστηκε σε αλγορίθμους ανάκτησης πιθανών φαρμακοφόρων μορίων από Βάσεις Βιολογικών Δεδομένων (search algorithms for virtual ligand screening), με χρήση της μεθόδου μοριακής αναγνώρισης (docking method). Η μέθοδος αυτή προσπαθεί να εντοπίσει μικρά μόρια-προσδέτες τα οποία ταιριάζουν, όσο το δυνατόν καλύτερα, στην κοιλότητα πρόσδεσης των μακρομορίων-στόχων που μας ενδιαφέρουν. Το ταίριασμα στηρίζεται στην ικανοποίηση: - γεωμετρικών κριτηρίων, τα οποία ελέγχουν την συμπληρωματικότητα στις δομές (σχήματα) των μορίων που επιδιώκουμε να ταιριάσουμε, και - ενεργειακών κριτηρίων τα οποία εξασφαλίζουν ότι αναπτύσσονται οι βέλτιστες αλληλεπιδράσεις μεταξύ των εμπλεκόμενων μορίων. Στόχος της διπλωματικής εργασίας ήταν η σχεδίαση ενιαίου πλαισίου αξιολόγησης των σχετικών εργαλείων και αλγορίθμων σχεδιασμού Φαρμάκων, ώστε να αποτελέσει βάση για περαιτέρω έρευνα, εντοπίζοντας ανοικτά προβλήματα ή/και προτείνοντας πιθανές βελτιώσεις.