| Περίληψη: | Το πρόβλημα της ευθυγράμμισης βιολογικών ακολουθιών, δηλαδή πρωτεϊνών και γονιδιακών ακολουθιών, είναι από τα πιο απαιτητικά στην επίλυση και ταυτόχρονα πιο εφαρμόσιμα προβλήματα που σχετίζονται με την επιστήμη της βιοπληροφορικής. Από την ευθυγράμμιση βιολογικών ακολουθιών προκύπτει ένας σημαντικός όγκος πληροφορίας που δίνει απαντήσεις σε εξελικτικά ερωτήματα αλλά, κυρίως, βρίσκει εφαρμογή σε πληθώρα τομέων, όπως η διάγνωση και η θεραπεία ασθενειών.
Πρόκειται για ένα θέμα που τράβηξε την προσοχή της παγκόσμιας κοινότητας της πληροφορικής μόλις στο δεύτερο μισό του περασμένου αιώνα, επομένως είναι ένα πεδίο με αρκετό χώρο για έρευνα. Στην παρούσα εργασία, αφού δοθεί το απαραίτητο βιολογικό υπόβαθρο, παρουσιάζονται αρχικά οι βασικότεροι αλγόριθμοι που έχουν παρουσιαστεί μέχρι τώρα ως προτάσεις για την εκτέλεση ευθυγραμμίσεων, εξηγούνται οι βασικές δομικές και λειτουργικές διαφορές τους και δίνεται μια πρώτη εκτίμηση της αποτελεσματικότητάς τους, όπως αυτή αντλείται από τη βιβλιογραφία.
Στη συνέχεια, το ενδιαφέρον επικεντρώνεται στον αλγόριθμο τοπικής ευθυγράμμισης BLAST. Αναλύεται η λειτουργία του βήμα προς βήμα, παρουσιάζονται οι κυριότερες εκδόσεις του, οι είσοδοι και οι έξοδοί του καθώς και το μαθηματικό υπόβαθρο στο οποίο βασίζεται η υλοποίησή του.
Στόχος του πειραματικού τμήματος της εργασίας είναι να εξετάσει κατά πόσο ο BLAST επιτυγχάνει να ταυτοποιήσει, και με τι σφάλμα, μια μεταλλαγμένη ακολουθία, τόσο ως προς το γονίδιο από το οποίο προέρχεται όσο και ως προς το είδος της και τις πιθανές της συνέπειες στον οργανισμό στον οποίο εκφράζεται. Με βάση το γονίδιο BRCA1 του Homo Sapiens, παράγεται μια σειρά μεταλλάξεων, οι οποίες μεταφράζονται. Το σύνολο των παραγομένων βιολογικών ακολουθιών, νουκλεοτιδιακών και αμινοξεϊκών, τίθεται προς αναζήτηση με χρήση του BLAST σε κατάλληλες βάσεις δεδομένων, προκειμένου να ελεγχθεί η ευαισθησία του σε μεταλλάξεις διαφορετικού τύπου και έκτασης.
Αποδεικνύεται ότι παρότι ο BLAST επιτυγχάνει με πολύ μικρό σφάλμα την ταυτοποίηση του γονιδίου, ακόμα και σε περιπτώσεις έντονης μετάλλαξης της αρχικής ακολουθίας, ωστόσο η κατανομή των αποτελεσμάτων είναι πολύ πιο ασαφής ως προς την ταυτοποίηση του είδους της μετάλλαξης.
|
|---|
