Μελέτες επί της δομής και της λειτουργίας του ριβονουκλεοπρωτεϊνικού συμπλόκου της RNase P από το Dictyostelium discoideum

• Κύριος συγγραφέας: Βουρεκάς, Αναστάσιος
• Άλλοι συγγραφείς: Δραΐνας, Διονύσιος
• Γλώσσα: Greek
• Έκδοση: 2007
• Θέματα: Ριβονουκλεάση Ρ; Ριβονουκλεοπρωτεΐνη; Ριβοένζυμα; Περιοχή χαμηλής πολυπλοκότητας; Μοντέλο ομολογίας; tRNA; RNase P; Ribonucleoprotein; Ribozymes; Low complexity region; Homology modelling; 572.7

Η ριβονουκλεάση P είναι το ένζυμο το οποίο αναλαμβάνει την δημιουργία του 5´ ώριμου άκρου όλων των πρόδρομων μορίων tRNA. Πρόκειται για ένα ριβονουκλεο-πρωτεϊνικό σύμπλοκο το οποίο εντοπίζεται στα κύτταρα των οργανισμών και από τις τρεις κύριες φυλογενετικές περιοχές, τα Βακτήρια, τα Αρχαία και τους Ευκαρυώτες. Αποτελείται από μια υπομονάδα RNA απαραίτητη για την κατάλυση, ενώ το μέγεθος και ο αριθμός των πρωτεϊνικών υπομονάδων ποικίλλει από μια μικρή στα βακτήρια έως δέκα πρωτεΐνες στο ολοένζυμο που απομονώνεται από τα ανθρώπινα κύτταρα. Η υπομονάδες RNA των βακτηρίων καθώς επίσης και μερικών αρχαίων μπορούν να καταλύσουν την αντίδραση ωρίμανσης του tRNA απουσία της πρωτεΐνης in vitro, είναι δηλαδή ριβοένζυμα. Η ανακάλυψη αυτή διεύρυνε τις αντιλήψεις μας για τις ιδιότητες των βιομορίων και επανέφερε στο προσκήνιο την θεωρία του κόσμου του RNA. Στο ευκαρυωτικό ριβοένζυμο, ο ρόλος των πρωτεϊνών είναι πιο ουσιαστικός, καθώς η υπομονάδα RNA φαίνεται ότι χάνει μεγάλο μέρος της λειτουργικής της ανεξαρτησίας. Η διαλεύκανση των λειτουργών της κάθε υπομονάδας θα δώσει σημαντικές πληροφορίες για την εξέλιξη της RNase P από ένα αρχέγονο ένζυμο σε ένα πολύπλοκο ριβονουκλεοπρωτεϊνικό σύμπλοκο. Η RNase P από το Dictyostelium discoideum διαθέτει μια απαραίτητη για την δραστικότητα υπομονάδα RNA όπως και όλα τα ένζυμα αυτού του είδους. Παράλληλα διαθέτει έντονο πρωτεϊνικό χαρακτήρα καθώς διαθέτει την χαμηλότερη πυκνότητα επιπολής σε σχέση με ένζυμα RNase P από άλλους οργανισμούς. Οι πληροφορίες αυτές προέρχονται από τον αρχικό χαρακτηρισμό του ενζυμικού συμπλόκου, και δεν παρέχουν στοιχεία για την ακριβή σύστασή του. Στην παρούσα μελέτη, πραγματοποιήθηκε κλωνοποίηση και χαρακτηρισμός ενός από τα γονίδια που εντοπίστηκαν στο γονιδίωμα του Dictyostelium, ομόλογα προς χαρακτηρισμένα γονίδια από τον άνθρωπο και άλλους ευκαρυώτες. Το γονίδιο drpp30 κωδικεύει μια πρωτεΐνη 40.7 kDa, σημαντικά μεγαλύτερη από τις ομόλογες της. Η πρωτεΐνη DRpp30 υπερεκφράστηκε σε βακτηριακά κύτταρα, και μετά τον χρωματογραφικό καθαρισμό της χρησιμοποιήθηκε για την παρασκευή πολυκλωνικών αντισωμάτων. Η συμμετοχή της DRpp30 στο μακρομοριακό σύμπλοκο της RNase P πιστοποιήθηκε με ανοσοβιοχημική προσέγγιση, ενώ η ανασυνδυασμένη πρωτεΐνη προσδένει τo pre-tRNA υπόστρωμα του ενζύμου, καθώς και την υπομονάδα RNA in vitrο. Το μοντέλο ομολογίας της DRpp30 βάσει της κρυσταλλικής δομής της ορθόλογης Ph1877 από τα αρχαία, φανερώνει ότι η πρωτεΐνη αποκτά τη δομή αβ βαρελιού (ΤΙΜ barrel fold). Κατά τη διάρκεια της διατριβής, οι προσπάθειες για τον εντοπισμό του γονιδίου της RNA υπομονάδας ήταν σε εξέλιξη, όταν το εν λόγω γονίδιο αναγνωρίστηκε μέσω φυλογενετικών συγκρίσεων από την ομάδα του Norman Pace. Το μετάγραφο του γονιδίου εντοπίστηκε σε ενεργά κλάσματα RNase P, και παράλληλα εντοπίστηκε και ένα μικρότερο μετάγραφο του ίδιου γονιδίου. Προσδιορίστηκαν τα ακριβή 5´και 3´ άκρα των δύο αυτών μορίων και ακολούθησε κλωνοποίηση τους. Τα in vitro μετάγραφα των δύο κλωνοποιημένων αλληλουχιών μπορούν να υποκαθιστούν την ενδογενή RNA υπομονάδα του ολοενζύμου in vitro, ενώ δεν εντοπίστηκε έως τώρα ενζυμική δραστικότητα που να σχετίζεται με τα δύο αυτά μόρια.