Βιοπληροφορική ανάλυση του γονιδιώματος του μήκυτα Schizosaccharomyces pombe προς εξαγωγή χαρακτηριστικών και πρόβλεψη των αφετηριών αντιγραφής του

• Κύριος συγγραφέας: Δημόπουλος, Σωτήριος
• Άλλοι συγγραφείς: Κωστόπουλος, Γεώργιος
• Μορφή: Thesis
• Γλώσσα: Greek
• Έκδοση: 2008
• Θέματα: Αφετηρίες αντιγραφής; Βιοπληροφορική; Replication origins; Bioinformatics; 570.285

Η αντιγραφή του DNA αποτελεί μια θεμελιώδη διαδικασία για κάθε μορφή ζωής. Στους ευκαρυωτικούς οργανισμούς, εξαιτίας του μεγάλου μεγέθους του γονιδιώματός τους, η αντιγραφή του DNA εκκινά από πολλαπλά σημεία προκειμένου να ολοκληρωθεί σε εύλογο χρονικό διάστημα. Οι περιοχές αυτές ονομάζονται αφετηρίες αντιγραφής και η μελέτη τους είναι σημαντική αφού είναι άρρηκτα συνδεδεμένες με την ακριβή ολοκλήρωση της αντιγραφής του DNA, διαδικασία ζωτικής σημασίας για το κύτταρο. Ενώ η λειτουργία των αφετηριών αντιγραφής είναι λίγο πολύ γνωστή, οι ακριβείς γονιδιωματικές δομές που συντελούν στο μηχανισμό επιλογής τους παραμένουν άγνωστες. Σκοπός αυτής της διπλωματικής εργασίας είναι η μελέτη, σε επίπεδο ολόκληρου του γονιδιώματος, των γονιδιωματικών περιοχών που αποτελούν αφετηρίες αντιγραφής του DNA και η εξαγωγή των χαρακτηριστικών που καθορίζουν την ιδιότητά τους να λειτουργούν ως αφετηρίες αντιγραφής του DNA. Ο ζυμομύκητας Schizosachharomyces pombe αποτελεί ιδανικό οργανισμό για τη μελέτη της διαδικασίας αντιγραφής του DNA, κυρίως εξαιτίας της ομοιότητας που διαθέτει με τους ανώτερους ευκαρυωτικούς οργανισμούς. Η παρούσα βιοπληροφορική ανάλυση εκτελεί επεξεργασία ολόκληρου του γονιδιώματος του S. pombe. Βασίζεται σε δύο πολύ πρόσφατα, αλλά διαφορετικών ερευνητικών ομάδων, πειράματα μικροσυστοιχειών στα οποία αναγνωρίστηκαν οι αφετηρίες αντιγραφής σε όλο το γονιδίωμα του ζυμομύκητα (Heichinger et al, 2006 και Hayashi et al, 2007). Συνδυάζοντας τα πειράματα αυτά, καταφέραμε να διαχωρίσουμε το σύνολο των διαγονιδιακών περιοχών του S. pombe σε κατηγορίες ανάλογα με την ικανότητα τους να εκκινούν την αντιγραφή του DNA. Έπειτα, ορίσαμε 3 νέα γονιδιωματικά παραμετρικά χαρακτηριστικά και μαζί με τη δημιουργία ενός συστήματος βελτιστοποίησης παραμέτρων, εξετάσαμε πώς πρέπει να διαμορφωθούν οι διάφορες παράμετροί τους ώστε να δημιουργούνται δομές που παρατηρούνται μονάχα στις αφετηρίες αντιγραφής. Για συγκεκριμένους συνδυασμούς παραμέτρων, η ταξινόμηση των διαγονιδιακών περιοχών με βάση τα καινούρια χαρακτηριστικά αγγίζει το 90% σε ευαισθησία, και το 77% σε θετικό προγνωστικό δείκτη. Επομένως, τα νέα γονιδιωματικά χαρακτηριστικά αφορούν δομές που παρατηρούνται σχεδόν εξολοκλήρου στις αφετηρίες αντιγραφής και σπάνια στις υπόλοιπες διαγονιδιακές περιοχές, παρέχοντας έτσι τον κύριο μηχανισμό επιλογής των αφετηριών αντιγραφής του DNA στο γονιδίωμα του S. pombe.