NMR δομικός χαρακτηρισμός του macro τομέα του ιού Mayaro και μελέτες αλληλεπίδρασης με ADPr
Οι macro τομείς αποτελούν μία οικογένεια δομών, συντηρημένη εξελικτικά σε πολλά είδη οργανισμών. Ομόλογά τους βρίσκονται σε βακτήρια, αρχαία, ασπόνδυλα, φυτά καθώς και σε θηλαστικά. Η βιολογική τους λειτουργία δεν έχει αποσαφηνιστεί πλήρως αλλά το βασικό βιοχημικό τους χαρακτηριστικό είναι η ύπαρξη...
| Κύριος συγγραφέας: | |
|---|---|
| Άλλοι συγγραφείς: | |
| Μορφή: | Thesis |
| Γλώσσα: | Greek |
| Έκδοση: |
2015
|
| Θέματα: | |
| Διαθέσιμο Online: | http://hdl.handle.net/10889/8192 |
| id |
nemertes-10889-8192 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
nemertes-10889-81922022-09-05T05:00:01Z NMR δομικός χαρακτηρισμός του macro τομέα του ιού Mayaro και μελέτες αλληλεπίδρασης με ADPr Μελέκης, Ευστάθιος Σπυρούλιας, Γεώργιος Σταθόπουλος, Κωνσταντίνος Μαργιωλάκη, Ειρήνη Melekis, Efstathios Τομείς macro Πυρηνικός µαγνητικός συντονισµός Macro domains Nuclear magnetic resonance (NMR) Mayaro ADPr 572.65 Οι macro τομείς αποτελούν μία οικογένεια δομών, συντηρημένη εξελικτικά σε πολλά είδη οργανισμών. Ομόλογά τους βρίσκονται σε βακτήρια, αρχαία, ασπόνδυλα, φυτά καθώς και σε θηλαστικά. Η βιολογική τους λειτουργία δεν έχει αποσαφηνιστεί πλήρως αλλά το βασικό βιοχημικό τους χαρακτηριστικό είναι η ύπαρξη μιας θετικά φορτισμένης κοιλότητας η οποία χρησιμεύει ως σημείο πρόσδεσης της διφωσφορικής αδενικής ριβόζης (ADPr). Ο macro τομέας αποτελεί επίσης μέρος των μη δομικών πρωτεϊνών ιών, οι οποίοι φέρουν ως γενετικό υλικό νοηματικό μονόκλωνο RNA. Τέτοιου είδους ιοί είναι και οι άλφα ιοί στους οποίους ανήκει και ο ιός Mayaro. Στην παρούσα εργασία, πραγματοποιείται δομική μελέτη του macro τομέα του ιού Mayaro. Με χρήση της τεχνολογίας του ανασυνδυασμένου DNA, ο πρωτεϊνικός τομέας εκφράστηκε σε μεγάλες ποσότητες και κατέστη δυνατή η μελέτη του με τη χρήση πολυπυρηνικής/πολυδιάστατης φασματοσκοπίας πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού. Η NMR δομή του macro τομέα του ιού Mayaro επιλύθηκε σε υψηλή διακριτικότητα (tf=1.03+/-9.7*10e-2, RMSD=0.90+/-0.15 και RMSD=1.44+/-0.14 για τα άτομα της πολυπεπτιδικής αλυσίδας και τα βαρέα άτομα αντίστοιχα) και αποκάλυψε μια αβα σάντουιτς δομή στο κέντρο της οποίας σχηματίζεται μια εκτεταμένη β-πτυχωτή επιφάνεια. Στη συνέχεια πραγματοποιήθηκαν πειράματα αλληλεπίδρασης, τα οποία αποκάλυψαν ότι το ADPr αποτελεί προσδέτη στο macro τομέα του ιού Mayaro. Macro domains are a family of structures, evolutionarily conserved in many kinds of organisms such as bacteria, archaea, invertebrates, plants and mammals. Their biological function is not fully elucidated but their key biochemical feature seems to be the binding of the Adenosine Diphosphate ribose(ADPr). Macro domain is also found in non-structural proteins of several positive strand RNA viruses like Mayaro virus, a member of the genus of Alphavirus. In the present study, a structural analysis of the macro domain of virus Mayaro is being performed. Using the technology of recombinant DNA, the macro domain was expressed in high yield, making the analysis by multinuclear/multidimensional Nuclear Magnetic Resonance possible. The NMR solution structure of the macro domain od virus Mayaro was determined in high resolution(tf=1.03+/-9.7*10e-2, RMSD=0.90+/-0.15 and RMSD=1.44+/-0.14 for backbone and heavy atoms respectively) and revealed a well folded 3-Layer(aba)Sandwich structure in the center of which, an extended beta sheet is formed. Furthermore, interaction experiments were performed which revealed that the ADPr is a ligand for the macro domain of virus Mayaro. 2015-01-13T09:34:04Z 2015-01-13T09:34:04Z 2014-09-30 2015-01-13 Thesis http://hdl.handle.net/10889/8192 gr 0 application/pdf |
| institution |
UPatras |
| collection |
Nemertes |
| language |
Greek |
| topic |
Τομείς macro Πυρηνικός µαγνητικός συντονισµός Macro domains Nuclear magnetic resonance (NMR) Mayaro ADPr 572.65 |
| spellingShingle |
Τομείς macro Πυρηνικός µαγνητικός συντονισµός Macro domains Nuclear magnetic resonance (NMR) Mayaro ADPr 572.65 Μελέκης, Ευστάθιος NMR δομικός χαρακτηρισμός του macro τομέα του ιού Mayaro και μελέτες αλληλεπίδρασης με ADPr |
| description |
Οι macro τομείς αποτελούν μία οικογένεια δομών, συντηρημένη εξελικτικά σε πολλά είδη οργανισμών. Ομόλογά τους βρίσκονται σε βακτήρια, αρχαία, ασπόνδυλα, φυτά καθώς και σε θηλαστικά. Η βιολογική τους λειτουργία δεν έχει αποσαφηνιστεί πλήρως αλλά το βασικό βιοχημικό τους χαρακτηριστικό είναι η ύπαρξη μιας θετικά φορτισμένης κοιλότητας η οποία χρησιμεύει ως σημείο πρόσδεσης της διφωσφορικής αδενικής ριβόζης (ADPr). Ο macro τομέας αποτελεί επίσης μέρος των μη δομικών πρωτεϊνών ιών, οι οποίοι φέρουν ως γενετικό υλικό νοηματικό μονόκλωνο RNA. Τέτοιου είδους ιοί είναι και οι άλφα ιοί στους οποίους ανήκει και ο ιός Mayaro. Στην παρούσα εργασία, πραγματοποιείται δομική μελέτη του macro τομέα του ιού Mayaro. Με χρήση της τεχνολογίας του ανασυνδυασμένου DNA, ο πρωτεϊνικός τομέας εκφράστηκε σε μεγάλες ποσότητες και κατέστη δυνατή η μελέτη του με τη χρήση πολυπυρηνικής/πολυδιάστατης φασματοσκοπίας πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού. Η NMR δομή του macro τομέα του ιού Mayaro επιλύθηκε σε υψηλή διακριτικότητα (tf=1.03+/-9.7*10e-2, RMSD=0.90+/-0.15 και RMSD=1.44+/-0.14 για τα άτομα της πολυπεπτιδικής αλυσίδας και τα βαρέα άτομα αντίστοιχα) και αποκάλυψε μια αβα σάντουιτς δομή στο κέντρο της οποίας σχηματίζεται μια εκτεταμένη β-πτυχωτή επιφάνεια. Στη συνέχεια πραγματοποιήθηκαν πειράματα αλληλεπίδρασης, τα οποία αποκάλυψαν ότι το ADPr αποτελεί προσδέτη στο macro τομέα του ιού Mayaro. |
| author2 |
Σπυρούλιας, Γεώργιος |
| author_facet |
Σπυρούλιας, Γεώργιος Μελέκης, Ευστάθιος |
| format |
Thesis |
| author |
Μελέκης, Ευστάθιος |
| author_sort |
Μελέκης, Ευστάθιος |
| title |
NMR δομικός χαρακτηρισμός του macro τομέα του ιού Mayaro και μελέτες αλληλεπίδρασης με ADPr |
| title_short |
NMR δομικός χαρακτηρισμός του macro τομέα του ιού Mayaro και μελέτες αλληλεπίδρασης με ADPr |
| title_full |
NMR δομικός χαρακτηρισμός του macro τομέα του ιού Mayaro και μελέτες αλληλεπίδρασης με ADPr |
| title_fullStr |
NMR δομικός χαρακτηρισμός του macro τομέα του ιού Mayaro και μελέτες αλληλεπίδρασης με ADPr |
| title_full_unstemmed |
NMR δομικός χαρακτηρισμός του macro τομέα του ιού Mayaro και μελέτες αλληλεπίδρασης με ADPr |
| title_sort |
nmr δομικός χαρακτηρισμός του macro τομέα του ιού mayaro και μελέτες αλληλεπίδρασης με adpr |
| publishDate |
2015 |
| url |
http://hdl.handle.net/10889/8192 |
| work_keys_str_mv |
AT melekēseustathios nmrdomikoscharaktērismostoumacrotomeatouioumayarokaimeletesallēlepidrasēsmeadpr |
| _version_ |
1771297142911008768 |
