Μέθοδοι βιοπληροφορικής για τον επαναπροσδιορισμό φαρμάκων στη νόσο Αλτσχάιμερ
Η νόσος Αλτσχάιμερ καταλαμβάνει την πρωτοκαθεδρία στις μη αναστρέψιμες άνοιες με τους επιδημιολογικούς της δείκτες να αυξάνονται όσο μεγαλώνει το προσδόκιμο ζωής του ανθρώπου. Η χρήση φαρμάκων, με αρχική στόχευση άλλη πάθηση, στη νόσο Αλτσχάιμερ αποκαλείται φαρμακευτικός επαναπροσδιορισμός και προσ...
| Κύριος συγγραφέας: | |
|---|---|
| Άλλοι συγγραφείς: | |
| Μορφή: | Thesis |
| Γλώσσα: | Greek |
| Έκδοση: |
2015
|
| Θέματα: | |
| Διαθέσιμο Online: | http://hdl.handle.net/10889/8782 |
| id |
nemertes-10889-8782 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
nemertes-10889-87822022-09-06T07:04:12Z Μέθοδοι βιοπληροφορικής για τον επαναπροσδιορισμό φαρμάκων στη νόσο Αλτσχάιμερ Σιαβέλης, Ιωάννης Νικήτα, Κωνσταντίνα Siavelis, Ioannis Κουτσούρης, Διονύσιος-Δημήτριος Ματσόπουλος, Γεώργιος Νικήτα, Κωνσταντίνα Νόσος Αλτσχάιμερ Επαναστόχευση φαρμάκων Βιοπληροφορική Μικροσυστοιχίες Διαφορική έκφραση γονιδίων 616.831 061 Alzheimer’s disease Drug repurposing Bioinformatics Microarrays Connectivity map Differential gene expression Η νόσος Αλτσχάιμερ καταλαμβάνει την πρωτοκαθεδρία στις μη αναστρέψιμες άνοιες με τους επιδημιολογικούς της δείκτες να αυξάνονται όσο μεγαλώνει το προσδόκιμο ζωής του ανθρώπου. Η χρήση φαρμάκων, με αρχική στόχευση άλλη πάθηση, στη νόσο Αλτσχάιμερ αποκαλείται φαρμακευτικός επαναπροσδιορισμός και προσφέρει σαφή πλεονεκτήματα στην ασφάλεια, την ταχύτητα και το κόστος ανάπτυξης μίας εν δυνάμει θεραπείας, ιδιαίτερα όταν η μέχρι σήμερα αντιμετώπιση της πάθησης περιορίζεται στην καθυστέρηση εξέλιξης της βλάβης και τις δευτερογενείς εκδηλώσεις. Στην παρούσα εργασία, εκμεταλλευτήκαμε εργαλεία φαρμακευτικής επαναστόχευσης που βασίζονται στις γονιδιακές υπογραφές πέντε μελετών μικροσυστοιχιών της νόσου Αλτσχάιμερ. Καίριο στάδιο στη συγκρότηση γονιδιακών υπογραφών είναι ο προσδιορισμός της διαφορικής έκφρασης των γονιδίων. Εφαρμόζοντας τρεις διαφορετικές τεχνικές (Limma, ChDir, mAP-KL) για το σκοπό αυτό και τοποθετώντας τα αποτέλεσματα σε τέσσερα ξεχωριστά εργαλεία φαρμακευτικής επαναστόχευσης (cMap, SPIEDw, sscMap, LINCS-L1000), αναδείξαμε φάρμακα που συστηματικά αντιστρατεύονται τη νόσο. Η περαιτέρω ανάλυση σε επίπεδο χημικής δομής, λειτουργικών μονοπατιών και δικτυακής θεώρησης προσδιόρισε το μηχανισμό δράσης των φαρμάκων και πρότεινε νέα βιοδραστικά μόρια ως δυνατικές θεραπευτικές επιλογές. Alzheimer’s disease dominates dementias of irreversible cause with alarming epidemiologic characteristics due to rise of human life expectancy. The use of initially otherwise purposed drugs in Alzheimer is described as drug repositioning and offers clear advantages in terms of safety, speed and cost issues in the development of a potential therapy, particularly when current treatments are limitited to symptoms’ delay and secondary comorbidities. In this study, we exploited drug repurposing tools based on gene signatures from five microarray experiments of Alzheimer’s disease. A fundamental step in constructing gene signatures is to define differential gene expression. For this purpose, we used three different methods (Limma, ChDir, mAP-KL) which we analyzed with four distinct drug repurposing tools (cMap, SPIEDw, sscMap, LINCS-L1000) and found drugs that systematically reverse the disease signature. Further processing of the results with regard to chemical structure, pathway and network analysis revealed the mode of the drugs’ actions and highlighted them as potential therapeutic choices for Alzheimer’s disease. 2015-09-18T09:04:47Z 2015-09-18T09:04:47Z 2015-05-04 Thesis http://hdl.handle.net/10889/8782 gr 0 application/pdf |
| institution |
UPatras |
| collection |
Nemertes |
| language |
Greek |
| topic |
Νόσος Αλτσχάιμερ Επαναστόχευση φαρμάκων Βιοπληροφορική Μικροσυστοιχίες Διαφορική έκφραση γονιδίων 616.831 061 Alzheimer’s disease Drug repurposing Bioinformatics Microarrays Connectivity map Differential gene expression |
| spellingShingle |
Νόσος Αλτσχάιμερ Επαναστόχευση φαρμάκων Βιοπληροφορική Μικροσυστοιχίες Διαφορική έκφραση γονιδίων 616.831 061 Alzheimer’s disease Drug repurposing Bioinformatics Microarrays Connectivity map Differential gene expression Σιαβέλης, Ιωάννης Μέθοδοι βιοπληροφορικής για τον επαναπροσδιορισμό φαρμάκων στη νόσο Αλτσχάιμερ |
| description |
Η νόσος Αλτσχάιμερ καταλαμβάνει την πρωτοκαθεδρία στις μη αναστρέψιμες άνοιες με τους επιδημιολογικούς της δείκτες να αυξάνονται όσο μεγαλώνει το προσδόκιμο ζωής του ανθρώπου. Η χρήση φαρμάκων, με αρχική στόχευση άλλη πάθηση, στη νόσο Αλτσχάιμερ αποκαλείται φαρμακευτικός επαναπροσδιορισμός και προσφέρει σαφή πλεονεκτήματα στην ασφάλεια, την ταχύτητα και το κόστος ανάπτυξης μίας εν δυνάμει θεραπείας, ιδιαίτερα όταν η μέχρι σήμερα αντιμετώπιση της πάθησης περιορίζεται στην καθυστέρηση εξέλιξης της βλάβης και τις δευτερογενείς εκδηλώσεις.
Στην παρούσα εργασία, εκμεταλλευτήκαμε εργαλεία φαρμακευτικής επαναστόχευσης που βασίζονται στις γονιδιακές υπογραφές πέντε μελετών μικροσυστοιχιών της νόσου Αλτσχάιμερ. Καίριο στάδιο στη συγκρότηση γονιδιακών υπογραφών είναι ο προσδιορισμός της διαφορικής έκφρασης των γονιδίων. Εφαρμόζοντας τρεις διαφορετικές τεχνικές (Limma, ChDir, mAP-KL) για το σκοπό αυτό και τοποθετώντας τα αποτέλεσματα σε τέσσερα ξεχωριστά εργαλεία φαρμακευτικής επαναστόχευσης (cMap, SPIEDw, sscMap, LINCS-L1000), αναδείξαμε φάρμακα που συστηματικά αντιστρατεύονται τη νόσο. Η περαιτέρω ανάλυση σε επίπεδο χημικής δομής, λειτουργικών μονοπατιών και δικτυακής θεώρησης προσδιόρισε το μηχανισμό δράσης των φαρμάκων και πρότεινε νέα βιοδραστικά μόρια ως δυνατικές θεραπευτικές επιλογές. |
| author2 |
Νικήτα, Κωνσταντίνα |
| author_facet |
Νικήτα, Κωνσταντίνα Σιαβέλης, Ιωάννης |
| format |
Thesis |
| author |
Σιαβέλης, Ιωάννης |
| author_sort |
Σιαβέλης, Ιωάννης |
| title |
Μέθοδοι βιοπληροφορικής για τον επαναπροσδιορισμό φαρμάκων στη νόσο Αλτσχάιμερ |
| title_short |
Μέθοδοι βιοπληροφορικής για τον επαναπροσδιορισμό φαρμάκων στη νόσο Αλτσχάιμερ |
| title_full |
Μέθοδοι βιοπληροφορικής για τον επαναπροσδιορισμό φαρμάκων στη νόσο Αλτσχάιμερ |
| title_fullStr |
Μέθοδοι βιοπληροφορικής για τον επαναπροσδιορισμό φαρμάκων στη νόσο Αλτσχάιμερ |
| title_full_unstemmed |
Μέθοδοι βιοπληροφορικής για τον επαναπροσδιορισμό φαρμάκων στη νόσο Αλτσχάιμερ |
| title_sort |
μέθοδοι βιοπληροφορικής για τον επαναπροσδιορισμό φαρμάκων στη νόσο αλτσχάιμερ |
| publishDate |
2015 |
| url |
http://hdl.handle.net/10889/8782 |
| work_keys_str_mv |
AT siabelēsiōannēs methodoibioplērophorikēsgiatonepanaprosdiorismopharmakōnstēnosoaltschaimer |
| _version_ |
1799945014374039552 |
