Μελέτη της ρύθμισης του γονιδίου Coup-TF κατά την εμβρυογένεση στον αχινό Parecentrotus lividus
O Coup¬TF, αποτελεί ορφανό μέλος της υπεροικογένειας των υποδοχέων των στεροειδών/θυρεοειδών ορμονών και κατέχει κυρίαρχο ρόλο στην ανάπτυξη των εμβρύων όλων των μεταζώων. Στην παρούσα Διατριβή μελετήθηκε η cis¬ ρυθμιστική περιοχή του γονιδίου του, με σκοπό την ένταξή του...
| Κύριος συγγραφέας: | |
|---|---|
| Άλλοι συγγραφείς: | |
| Μορφή: | Thesis |
| Γλώσσα: | Greek |
| Έκδοση: |
2015
|
| Θέματα: | |
| Διαθέσιμο Online: | http://hdl.handle.net/10889/8790 |
| id |
nemertes-10889-8790 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| institution |
UPatras |
| collection |
Nemertes |
| language |
Greek |
| topic |
Αχινός Cis-ρυθμιστικά στοιχεία 572.69 Sea urchin Cis regulatory elements Coup-TF NR2F1 Paracentrotus lividus |
| spellingShingle |
Αχινός Cis-ρυθμιστικά στοιχεία 572.69 Sea urchin Cis regulatory elements Coup-TF NR2F1 Paracentrotus lividus Καλαμπόκη, Λαμπρινή Μελέτη της ρύθμισης του γονιδίου Coup-TF κατά την εμβρυογένεση στον αχινό Parecentrotus lividus |
| description |
O Coup¬TF, αποτελεί ορφανό μέλος της υπεροικογένειας των υποδοχέων των στεροειδών/θυρεοειδών ορμονών και κατέχει κυρίαρχο ρόλο στην ανάπτυξη των εμβρύων όλων των μεταζώων. Στην παρούσα Διατριβή μελετήθηκε η cis¬ ρυθμιστική περιοχή του γονιδίου του, με σκοπό την ένταξή του στο γονιδιακό ρυθμιστικό δίκτυο του εμβρύου του αχινού. Με πειράματα in situ υβριδοποίησης βρέθηκε ότι το γονίδιο PlCoup¬TF εκφράζεται στο στοματικό εξώδερμα του γαστριδίου και στη βλεφαριδωτή ζώνη στον πλουτέα, στο είδος Paracentrotus lividus. Από παλαιότερα πειράματα είχε βρεθεί ότι το τμήμα της ανοδικής περιοχής που εκτείνεται από το -232 ως το ¬532 (τμήμα a), είναι απαραίτητο και επαρκές για την έκφραση του γονιδίου αναφοράς (gfp) στη βλεφαριδωτή ζώνη του πλουτέα. Εντός της περιοχής a ανευρέθησαν τρία πιθανά ρυθμιστικά στοιχεία (¬ 453, ¬432 και ¬377) του γονιδίου PlCoup¬TF, τα οποία αναγνωρίζονται από πρωτεΐνες εμβρυικού πυρηνικού εκχυλίσματος. Στοχευμένες μεταλλάξεις των στοιχείων αυτών, οδήγησαν σε μείωση της έκφρασης του γονιδίου αναφοράς (στοιχείο ¬453) και στην εκτοπική έκφρασή του (στοιχεία ¬432 και ¬377). Περαιτέρω μελέτη των παραγόντων που αναγνωρίζουν τα στοιχεία αυτά, οδήγησε στο συμπέρασμα ότι ο μεταγραφικός παράγοντας PlElk αναγνωρίζει το στοιχείο ¬ 453 και ρυθμίζει θετικά το γονιδίο του PlCoup¬TF και ο μεταγραφικός παράγοντας PlOtx αναγνωρίζει το στοιχείο -377 και καταστέλλει την έκφραση του PlCoup¬TF στο αντιστοματικό εξώδερμα. Τα αποτελέσματα της παρούσης εργασίας οδήγησαν στην ένταξη του γονιδίου PlCoup¬TF και των δύο ρυθμιστών του στο γονιδιακό ρυθμιστικό δίκτυο που καθορίζει τη διαφοροποίηση της βλεφαριδωτής ζώνης εντός του εμβρυικού εξωδέρματος. |
| author2 |
Φλυτζάνης, Κωνσταντίνος |
| author_facet |
Φλυτζάνης, Κωνσταντίνος Καλαμπόκη, Λαμπρινή |
| format |
Thesis |
| author |
Καλαμπόκη, Λαμπρινή |
| author_sort |
Καλαμπόκη, Λαμπρινή |
| title |
Μελέτη της ρύθμισης του γονιδίου Coup-TF κατά την εμβρυογένεση στον αχινό Parecentrotus lividus |
| title_short |
Μελέτη της ρύθμισης του γονιδίου Coup-TF κατά την εμβρυογένεση στον αχινό Parecentrotus lividus |
| title_full |
Μελέτη της ρύθμισης του γονιδίου Coup-TF κατά την εμβρυογένεση στον αχινό Parecentrotus lividus |
| title_fullStr |
Μελέτη της ρύθμισης του γονιδίου Coup-TF κατά την εμβρυογένεση στον αχινό Parecentrotus lividus |
| title_full_unstemmed |
Μελέτη της ρύθμισης του γονιδίου Coup-TF κατά την εμβρυογένεση στον αχινό Parecentrotus lividus |
| title_sort |
μελέτη της ρύθμισης του γονιδίου coup-tf κατά την εμβρυογένεση στον αχινό parecentrotus lividus |
| publishDate |
2015 |
| url |
http://hdl.handle.net/10889/8790 |
| work_keys_str_mv |
AT kalampokēlamprinē meletētēsrythmisēstougonidioucouptfkatatēnembryogenesēstonachinoparecentrotuslividus |
| _version_ |
1799945002162323456 |
| spelling |
nemertes-10889-87902022-09-06T05:13:59Z Μελέτη της ρύθμισης του γονιδίου Coup-TF κατά την εμβρυογένεση στον αχινό Parecentrotus lividus Καλαμπόκη, Λαμπρινή Φλυτζάνης, Κωνσταντίνος Kalampoki, Lamprini Ζαχαροπούλου, Αντιγόνη Μοσχονάς, Νικόλαος Καπετανάκη, Γιασσεμή Κατσώρης, Παναγιώτης Μίντζας, Αναστάσιος Παπαχατζοπούλου, Αδαμαντία Αχινός Cis-ρυθμιστικά στοιχεία 572.69 Sea urchin Cis regulatory elements Coup-TF NR2F1 Paracentrotus lividus O Coup¬TF, αποτελεί ορφανό μέλος της υπεροικογένειας των υποδοχέων των στεροειδών/θυρεοειδών ορμονών και κατέχει κυρίαρχο ρόλο στην ανάπτυξη των εμβρύων όλων των μεταζώων. Στην παρούσα Διατριβή μελετήθηκε η cis¬ ρυθμιστική περιοχή του γονιδίου του, με σκοπό την ένταξή του στο γονιδιακό ρυθμιστικό δίκτυο του εμβρύου του αχινού. Με πειράματα in situ υβριδοποίησης βρέθηκε ότι το γονίδιο PlCoup¬TF εκφράζεται στο στοματικό εξώδερμα του γαστριδίου και στη βλεφαριδωτή ζώνη στον πλουτέα, στο είδος Paracentrotus lividus. Από παλαιότερα πειράματα είχε βρεθεί ότι το τμήμα της ανοδικής περιοχής που εκτείνεται από το -232 ως το ¬532 (τμήμα a), είναι απαραίτητο και επαρκές για την έκφραση του γονιδίου αναφοράς (gfp) στη βλεφαριδωτή ζώνη του πλουτέα. Εντός της περιοχής a ανευρέθησαν τρία πιθανά ρυθμιστικά στοιχεία (¬ 453, ¬432 και ¬377) του γονιδίου PlCoup¬TF, τα οποία αναγνωρίζονται από πρωτεΐνες εμβρυικού πυρηνικού εκχυλίσματος. Στοχευμένες μεταλλάξεις των στοιχείων αυτών, οδήγησαν σε μείωση της έκφρασης του γονιδίου αναφοράς (στοιχείο ¬453) και στην εκτοπική έκφρασή του (στοιχεία ¬432 και ¬377). Περαιτέρω μελέτη των παραγόντων που αναγνωρίζουν τα στοιχεία αυτά, οδήγησε στο συμπέρασμα ότι ο μεταγραφικός παράγοντας PlElk αναγνωρίζει το στοιχείο ¬ 453 και ρυθμίζει θετικά το γονιδίο του PlCoup¬TF και ο μεταγραφικός παράγοντας PlOtx αναγνωρίζει το στοιχείο -377 και καταστέλλει την έκφραση του PlCoup¬TF στο αντιστοματικό εξώδερμα. Τα αποτελέσματα της παρούσης εργασίας οδήγησαν στην ένταξη του γονιδίου PlCoup¬TF και των δύο ρυθμιστών του στο γονιδιακό ρυθμιστικό δίκτυο που καθορίζει τη διαφοροποίηση της βλεφαριδωτής ζώνης εντός του εμβρυικού εξωδέρματος. CoupTF, an orphan member of the nuclear receptor super family, has a fundamental role in the development of metazoan embryos. The study of the gene's regulatory circuit in the sea urchin embryo will facilitate the placement of this transcription factor in the wellstudied embryonic Gene Regulatory Network (GRN). The Paracentrotus lividus CoupTF gene (PlCoupTF) is expressed throughout embryonic development preferentially in the oral ectoderm of the gastrula and the ciliary band of the pluteus stage. Two overlapping λ genomic clones, containing three exons and upstream sequences of PlCoupTF, were isolated from a genomic library. The transcription initiation site was determined and 5′ deletions and individual segments of a 1930 bp upstream region were placed ahead of a GFP reporter cassette and injected into fertilized P.lividus eggs. Module a (−532 to −232), was necessary and sufficient to confer ciliary band expression to the reporter. Comparison of P.lividus and Strongylocentrotus purpuratusupstream CoupTF sequences, revealed considerable conservation, but none within module a. 5′ and internal deletions into module a, defined a smaller region that confers ciliary band specific expression. Putative regulatory cisacting elements (RE1, RE2 and RE3) within module a, were specifically bound by proteins in sea urchin embryonic nuclear extracts. Sitespecific mutagenesis of these elements resulted in loss of reporter activity (RE1) or ectopic expression (RE2, RE3). It is proposed that sea urchin transcription factors, which bind these three regulatory sites, are necessary for spatial and quantitative regulation of the PlCoupTF gene at pluteus stage sea urchin embryos. Additional experiments led us to the conclusion that transcription factor PlElk binds to the 453 regulatory element and positively regulates PlCoupTF gene in the ciliary band. Furthermore, PlOtx binds to the 377 regulatory element and negatively regulates PlCoupTF gene in the aboral ectoderm. These findings lead to the hierarchical positioning of PlCoupTF within the embryonic GRN 2015-09-18T10:11:38Z 2015-09-18T10:11:38Z 2015-06-10 Thesis http://hdl.handle.net/10889/8790 gr Η ΒΚΠ διαθέτει αντίτυπο της διατριβής σε έντυπη μορφή στο βιβλιοστάσιο διδακτορικών διατριβών που βρίσκεται στο ισόγειο του κτιρίου της. 0 application/pdf |
