Μελέτη της επίδρασης της HARP στη μεταβολική ενεργότητα των PC3 κυττάρων με τη χρήση μεταβολομικής και ανάλυσης δικτύων

• Κύριος συγγραφέας: Μπινενμπάουμ, Ιλόνα
• Άλλοι συγγραφείς: Κατσώρης, Παναγιώτης
• Μορφή: Thesis
• Γλώσσα: Greek
• Έκδοση: 2015
• Θέματα: PC3 κύτταρα; Μεταβολομική ανάλυση; Ανάλυση δικτύων; Καρκίνος του προστάτη; PC3 cells; HARP; Metabolomic analysis; Network analysis; Prostate cancer; 616.994 63

Η HARP είναι ένας αυξητικός παράγοντας που παίζει ρόλο στον πολλαπλασιασμό, τη διαφοροποίηση και τη μετανάστευση των καρκινικών κυττάρων. Οι υποδοχείς τις HARP και ορισμένα από τα σηματοδοτικά μονοπάτια που ενεργοποιούν σχετίζονται και με τη ρύθμιση του μεταβολισμού. Ο καρκινικός μεταβολισμός παρουσιάζει διαφορές από το φυσιολογικό μεταβολισμό των κυττάρων και υπάρχει ιδιαίτερο ενδιαφέρον στη μελέτη του για την κατανόηση της καρκινικής μοριακής φυσιολογίας. Η κατανόηση της αλληλεπίδρασης των μονοπατιών μετάδοσης σήματος των αυξητικών παραγόντων με το δίκτυο μεταβολικών μονοπατιών θα μπορούσε να βοηθήσει στην έρευνα για την ανάπτυξη αποτελεσματικών θεραπειών για τον καρκίνο. Η μεταβολομική ανάλυση σε συνδυασμό με την ανακατασκευή και μαθηματική μοντελοποίηση δικτύων, ως βασικά εργαλεία της συστημικής βιολογίας, παρέχουν τη δυνατότητα εκτεταμένης θεώρησης της μεταβολικής ενεργότητας των κυττάρων. Επομένως, θεωρείται ότι η εφαρμογή τους θα μπορούσε να συμβάλει σημαντικά στην κατανόηση της δράσης αυξητικών παραγόντων. Στο πλαίσιο αυτό, στόχος της παρούσας εργασίας είναι η μελέτη της επίδρασης της HARP στη μεταβολική ενεργότητα των PC3 κυττάρων καρκίνου του προστάτη χρησιμοποιώντας μεταβολομική χρωματογραφίας αερίων – φασματομετρίας μάζας και ανάλυση μεταβολικών δικτύων. Για την επίτευξη του στόχου της εργασίας, αναπτύχθηκε πρωτόκολλο μεταβολομικής ανάλυσης των PC3 κυττάρων με κατάλληλη μετατροπή υφιστάμενου πρωτοκόλλου του εργαστηρίου για κύτταρα HeLa. Στη συνέχεια διεξήχθησαν πειράματα με δύο προσεγγίσεις: κατά την πρώτη προσέγγιση έγινε επίδραση με HARP σε κύτταρα που καλλιεργήθηκαν σε πλήρες θρεπτικό μέσο, ενώ στη δεύτερη προσέγγιση έγινε επίδραση με HARP σε κύτταρα που καλλιεργήθηκαν σε θρεπτικό μέσο από το οποίο απουσίαζε η γλουταμίνη και υπέστησαν στέρηση του ορού για τέσσερις ώρες πριν την επίδραση. Από τη δεύτερη προσέγγιση, φάνηκε ότι υπάρχει διαφορά μεταξύ του μεταβολικού προτύπου των κυττάρων μετά την στέρηση του ορού, αλλά και μεταξύ των κυττάρων στα οποία χορηγήθηκε HARP και των μαρτύρων. Με βάση το μεταβολικό πρότυπο των κυττάρων φαίνεται να παίζει σημαντικό ρόλο η αυτοφαγία ως απόκριση στο στρες της στέρησης ορού και η HARP να ενισχύει αυτή την απόκριση. Μελλοντικοί στόχοι αυτής της εργασίας αποτελούν ο σχεδιασμός και η εκτέλεση πειραμάτων με διαφορετικούς χρόνους επίδρασης της HARP και ο συνδυασμός των αποτελεσμάτων με άλλα ομικά δεδομένα ώστε να μελετηθεί η αλληλεπίδραση του δικτύου μετάδοσης σήματος με το μεταβολικό δίκτυο.