Αλγόριθμοι ομαδοποίησης σε γενετικές μορφές με OPENMP
Η εργασία αυτή παρουσιάζει αλγόριθμους ομαδοποίησης σε γενετικές δομές με το πρότυπο παράλληλου προγραμματισμού OpenMP. Στο πρώτο κεφάλαιο, γίνεται μία αναφορά για τις μεγάλες σύγχρονες επιστημονικές προκλήσεις που μας ανάγκασαν να εισάγουμε στην ζωή μας τον παράλληλο προγραμματισμό, καθώς και μία μ...
| Κύριος συγγραφέας: | |
|---|---|
| Άλλοι συγγραφείς: | |
| Μορφή: | Thesis |
| Γλώσσα: | Greek |
| Έκδοση: |
2016
|
| Θέματα: | |
| Διαθέσιμο Online: | http://hdl.handle.net/10889/9084 |
| id |
nemertes-10889-9084 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
nemertes-10889-90842022-09-05T14:11:01Z Αλγόριθμοι ομαδοποίησης σε γενετικές μορφές με OPENMP Clustering algorithms in genetic structures using OPENMP Σαβιολάκης, Ιωάννης Δερματάς, Ευάγγελος Φακωτάκης, Νικόλαος Saviolakis, Ioannis Αλγόριθμοι ομαδοποίησης Γενετικό υλικό Παράλληλος προγραμματισμός Clustering algorithms DNA OpenMP Parallel programming 005.275 Η εργασία αυτή παρουσιάζει αλγόριθμους ομαδοποίησης σε γενετικές δομές με το πρότυπο παράλληλου προγραμματισμού OpenMP. Στο πρώτο κεφάλαιο, γίνεται μία αναφορά για τις μεγάλες σύγχρονες επιστημονικές προκλήσεις που μας ανάγκασαν να εισάγουμε στην ζωή μας τον παράλληλο προγραμματισμό, καθώς και μία μικρή εισαγωγή στο τι είναι ο παράλληλος προγραμματισμός. Στο δεύτερο κεφάλαιο, εισάγουμε την έννοια του OpenMP. Ακολουθεί μία μικρή ανάλυση πάνω σε αυτό, αναφέροντας το τι είναι, πώς εξελίχθηκε, ποια τα πλεονεκτήματά του και ,τέλος, μία εισαγωγή στις εντολές που έχει. Στο τρίτο κεφάλαιο, αναφέρουμε πρώτη φορά την έννοια της ομαδοποίησης. Αναλύουμε τον ορισμό και αναφέρουμε στάδια, τρόπους και εφαρμογές ομαδοποίησης. Τέλος, αναφέρονται τα κριτήρια για την επιλογή του καταλληλότερου αλγορίθμου και την ορθότητα των αποτελεσμάτων. Στο κεφάλαιο 4, αναλύουμε τον αλγόριθμο BLAST πάνω στον οποίο δουλεύουμε. Τον εκτελούμε και παρατηρούμε τις αλλαγές στα αποτελέσματά του. Προσπαθούμε να τον παραλληλοποιήσουμε μέσω OpenMP και τέλος, συγκρίνουμε την επιτάχυνση του παράλληλου και του σειριακού αλγορίθμου. Στο πέμπτο κεφάλαιο, ακολουθούν τα συμπεράσματα καθώς και ιδέες για περαιτέρω έρευνα. This paper presents clustering algorithms in genetic structures using OpenMP. In the first chapter, there is a report on the major contemporary scientific challenges forced us to bring to our lives parallel programming, and a short introduction to what is parallel programming. In the second chapter, we introduce the concept of OpenMP. Here is a short analysis on this, stating what it is, how it evolved, what are its advantages and, finally, an introduction to the commands it has. In the third chapter, we report the concept of clustering first time. We analyze the definition and mention stages, ways and clustering applications. Finally, listed the criteria for selecting the most suitable algorithm and the correctness of the results. In Chapter 4, we analyze the BLAST algorithm on which we work. We run the program and observe the changes in results. We try to transform serial algorithm to parallel by OpenMP and finally, compare the speed of parallel and serial algorithm. In the fifth chapter, there are conclusions and ideas for further research. 2016-01-20T10:18:30Z 2016-01-20T10:18:30Z 2015-10 Thesis http://hdl.handle.net/10889/9084 gr 0 application/pdf |
| institution |
UPatras |
| collection |
Nemertes |
| language |
Greek |
| topic |
Αλγόριθμοι ομαδοποίησης Γενετικό υλικό Παράλληλος προγραμματισμός Clustering algorithms DNA OpenMP Parallel programming 005.275 |
| spellingShingle |
Αλγόριθμοι ομαδοποίησης Γενετικό υλικό Παράλληλος προγραμματισμός Clustering algorithms DNA OpenMP Parallel programming 005.275 Σαβιολάκης, Ιωάννης Αλγόριθμοι ομαδοποίησης σε γενετικές μορφές με OPENMP |
| description |
Η εργασία αυτή παρουσιάζει αλγόριθμους ομαδοποίησης σε γενετικές δομές με το πρότυπο παράλληλου προγραμματισμού OpenMP. Στο πρώτο κεφάλαιο, γίνεται μία αναφορά για τις μεγάλες σύγχρονες επιστημονικές προκλήσεις που μας ανάγκασαν να εισάγουμε στην ζωή μας τον παράλληλο προγραμματισμό, καθώς και μία μικρή εισαγωγή στο τι είναι ο παράλληλος προγραμματισμός. Στο δεύτερο κεφάλαιο, εισάγουμε την έννοια του OpenMP. Ακολουθεί μία μικρή ανάλυση πάνω σε αυτό, αναφέροντας το τι είναι, πώς εξελίχθηκε, ποια τα πλεονεκτήματά του και ,τέλος, μία εισαγωγή στις εντολές που έχει. Στο τρίτο κεφάλαιο, αναφέρουμε πρώτη φορά την έννοια της ομαδοποίησης. Αναλύουμε τον ορισμό και αναφέρουμε στάδια, τρόπους και εφαρμογές ομαδοποίησης. Τέλος, αναφέρονται τα κριτήρια για την επιλογή του καταλληλότερου αλγορίθμου και την ορθότητα των αποτελεσμάτων. Στο κεφάλαιο 4, αναλύουμε τον αλγόριθμο BLAST πάνω στον οποίο δουλεύουμε. Τον εκτελούμε και παρατηρούμε τις αλλαγές στα αποτελέσματά του. Προσπαθούμε να τον παραλληλοποιήσουμε μέσω OpenMP και τέλος, συγκρίνουμε την επιτάχυνση του παράλληλου και του σειριακού αλγορίθμου. Στο πέμπτο κεφάλαιο, ακολουθούν τα συμπεράσματα καθώς και ιδέες για περαιτέρω έρευνα. |
| author2 |
Δερματάς, Ευάγγελος |
| author_facet |
Δερματάς, Ευάγγελος Σαβιολάκης, Ιωάννης |
| format |
Thesis |
| author |
Σαβιολάκης, Ιωάννης |
| author_sort |
Σαβιολάκης, Ιωάννης |
| title |
Αλγόριθμοι ομαδοποίησης σε γενετικές μορφές με OPENMP |
| title_short |
Αλγόριθμοι ομαδοποίησης σε γενετικές μορφές με OPENMP |
| title_full |
Αλγόριθμοι ομαδοποίησης σε γενετικές μορφές με OPENMP |
| title_fullStr |
Αλγόριθμοι ομαδοποίησης σε γενετικές μορφές με OPENMP |
| title_full_unstemmed |
Αλγόριθμοι ομαδοποίησης σε γενετικές μορφές με OPENMP |
| title_sort |
αλγόριθμοι ομαδοποίησης σε γενετικές μορφές με openmp |
| publishDate |
2016 |
| url |
http://hdl.handle.net/10889/9084 |
| work_keys_str_mv |
AT sabiolakēsiōannēs algorithmoiomadopoiēsēssegenetikesmorphesmeopenmp AT sabiolakēsiōannēs clusteringalgorithmsingeneticstructuresusingopenmp |
| _version_ |
1771297249342521344 |
