Μελέτη πολυμορφισμών στα γονίδια του συστήματος του συμπληρώματος C2, C3 και Bf που ενέχονται στην ανάπτυξη της ηλικιακής εκφύλισης της ώχρας κηλίδας στον ελληνικό πληθυσμό
Σκοπός της μελέτης είναι να διευκρινιστεί, εάν οι πολυμορφισμοί των γονιδίων C2, C3 και CFB του συμπληρώματος είναι σημαντικοί γενετικοί καθοριστές της ηλικιακής εκφύλισης της ωχράς (AMD ) στον Ελληνικό πληθυσμό. Μέθοδοι Διεξήχθη μια μελέτη συσχέτισης ασθενών μαρτύρων που περιλάμβανε 120 Έλλην...
| Κύριος συγγραφέας: | |
|---|---|
| Άλλοι συγγραφείς: | |
| Μορφή: | Thesis |
| Γλώσσα: | Greek |
| Έκδοση: |
2016
|
| Θέματα: | |
| Διαθέσιμο Online: | http://hdl.handle.net/10889/9114 |
| id |
nemertes-10889-9114 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| institution |
UPatras |
| collection |
Nemertes |
| language |
Greek |
| topic |
Πολυμορφισμοί Συμπληρώματα Ηλικιακή εκφύλιση της ωχράς κηλίδας Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Complement Age related macular degeneration C2 C3 Bf 618.977 735 |
| spellingShingle |
Πολυμορφισμοί Συμπληρώματα Ηλικιακή εκφύλιση της ωχράς κηλίδας Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Complement Age related macular degeneration C2 C3 Bf 618.977 735 Χαββάς, Ιωάννης Μελέτη πολυμορφισμών στα γονίδια του συστήματος του συμπληρώματος C2, C3 και Bf που ενέχονται στην ανάπτυξη της ηλικιακής εκφύλισης της ώχρας κηλίδας στον ελληνικό πληθυσμό |
| description |
Σκοπός της μελέτης είναι να διευκρινιστεί, εάν οι πολυμορφισμοί των γονιδίων C2, C3 και CFB του συμπληρώματος είναι σημαντικοί γενετικοί καθοριστές της ηλικιακής εκφύλισης της ωχράς (AMD ) στον Ελληνικό πληθυσμό.
Μέθοδοι
Διεξήχθη μια μελέτη συσχέτισης ασθενών μαρτύρων που περιλάμβανε 120 Έλληνες ασθενείς με πρώιμο και προχωρημένο στάδιο της AMD και 140 ανεξάρτητους μάρτυρες Καυκάσιας προέλευσης. Όλοι οι συμμετέχοντες γονοτυπήθηκαν για τους πολυμορφισμούς rs2230199 (C3 R102G), rs547154 (C2 IVS10), rs641153 (CFB R32Q) και rs12614 (CFB R32W) με έναν συνδυασμό αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης [Polymerase Chain Reaction (PCR)], κατάτμησης με ένζυμα περιορισμού [RFLP] και άμεσης αλληλούχισης DNA.
Αποτελέσματα
Η συχνότητα του ‘G’ αλληλίου του SNP του γονιδίου C3 rs2230199 (C3 R102G C>G) [ελάσσονος αλληλίου:minor allele frequency (MAF)], ήταν σημαντικά υψηλότερη στους ασθενείς με AMD σε σύγκριση με τους μάρτυρες (0.34 έναντι 0.22, P=0.0031) και παρόμοια με τη συχνότητα άλλων πληθυσμών που έχουν ήδη δημοσιευτεί. Υπήρχε σημαντική διαφορά στις συχνότητες των rs2230199 γονοτύπων ανάμεσα σε ασθενείς και μάρτυρες (p=0.0055). Ο SNP rs2230199 βρέθηκε να είναι ένας σημαντικός προβλεπτικός παράγοντας για την προχωρημένη AMD (OR=6.41, CI 2.72-15.09, P>0,00001) Area under the Curve (AUC= 0.706, CI 0.61-0.78, P<0.0001). Για τους SNPs rs547154 (C2 IVS10), rs641153 (CFB R32Q) και rs12614 (CFB R32W) των γονιδίων C2/CFB, οι αλληλικές και γονοτυπικές συχνότητες δεν ανέδειξαν στατιστική σημαντικότητα. Η MAF στους μάρτυρες και στους ασθενείς ήταν παρόμοια και πολύ χαμηλότερη από τις συχνότητες που έχουν αναφερθεί σε άλλες μελέτες για άλλους πληθυσμούς.
Συμπεράσματα
Οι SNPs rs547154 (C2 IVS10), rs641153 (CFB R32Q) και rs12614 (CFB R32W) των γονιδίων C2/CFB του συμπληρώματος δεν συσχετίστηκαν με την ανάπτυξη AMD σε Έλληνες ασθενείς. Παρόλα αυτά, αυτό το εύρημα πρέπει να αντιμετωπίζεται με προσοχή καθώς οι συγκεκριμένοι πολυμορφισμοί, παρουσιάζονται με πολύ χαμηλές συχνότητες στον ελληνικό πληθυσμό. Τέλος, η αναπαραγωγή των αναφερόμενων συσχετισμών του SNP του C3 rs2230199 (C3 R102G C>G) με την ηλικιακή εκφύλιση της ωχράς κηλίδας, υποδηλώνει ότι η παρουσία του ‘G’ αλληλίου θα μπορούσε ίσως να αποτελεί γενετικό δείκτη υψηλού κινδύνου για την ανάπτυξη της AMD και την εξέλιξη της ασθένειας στο προχωρημένο κλινικό στάδιο και στον Ελληνικό πληθυσμό. |
| author2 |
Φαρμακάκης, Νικόλαος |
| author_facet |
Φαρμακάκης, Νικόλαος Χαββάς, Ιωάννης |
| format |
Thesis |
| author |
Χαββάς, Ιωάννης |
| author_sort |
Χαββάς, Ιωάννης |
| title |
Μελέτη πολυμορφισμών στα γονίδια του συστήματος του συμπληρώματος C2, C3 και Bf που ενέχονται στην ανάπτυξη της ηλικιακής εκφύλισης της ώχρας κηλίδας στον ελληνικό πληθυσμό |
| title_short |
Μελέτη πολυμορφισμών στα γονίδια του συστήματος του συμπληρώματος C2, C3 και Bf που ενέχονται στην ανάπτυξη της ηλικιακής εκφύλισης της ώχρας κηλίδας στον ελληνικό πληθυσμό |
| title_full |
Μελέτη πολυμορφισμών στα γονίδια του συστήματος του συμπληρώματος C2, C3 και Bf που ενέχονται στην ανάπτυξη της ηλικιακής εκφύλισης της ώχρας κηλίδας στον ελληνικό πληθυσμό |
| title_fullStr |
Μελέτη πολυμορφισμών στα γονίδια του συστήματος του συμπληρώματος C2, C3 και Bf που ενέχονται στην ανάπτυξη της ηλικιακής εκφύλισης της ώχρας κηλίδας στον ελληνικό πληθυσμό |
| title_full_unstemmed |
Μελέτη πολυμορφισμών στα γονίδια του συστήματος του συμπληρώματος C2, C3 και Bf που ενέχονται στην ανάπτυξη της ηλικιακής εκφύλισης της ώχρας κηλίδας στον ελληνικό πληθυσμό |
| title_sort |
μελέτη πολυμορφισμών στα γονίδια του συστήματος του συμπληρώματος c2, c3 και bf που ενέχονται στην ανάπτυξη της ηλικιακής εκφύλισης της ώχρας κηλίδας στον ελληνικό πληθυσμό |
| publishDate |
2016 |
| url |
http://hdl.handle.net/10889/9114 |
| work_keys_str_mv |
AT chabbasiōannēs meletēpolymorphismōnstagonidiatousystēmatostousymplērōmatosc2c3kaibfpouenechontaistēnanaptyxētēsēlikiakēsekphylisēstēsōchraskēlidasstonellēnikoplēthysmo AT chabbasiōannēs studyofcomplementc2c3andbfgenepolymorphismsinvolvedinthedevelopmentofagerelatedmaculardegenerationinthegreekpopulation |
| _version_ |
1771297129501818880 |
| spelling |
nemertes-10889-91142022-09-05T05:00:11Z Μελέτη πολυμορφισμών στα γονίδια του συστήματος του συμπληρώματος C2, C3 και Bf που ενέχονται στην ανάπτυξη της ηλικιακής εκφύλισης της ώχρας κηλίδας στον ελληνικό πληθυσμό Study of complement C2, C3, and Bf gene polymorphisms involved in the development of age related macular degeneration in the Greek population Χαββάς, Ιωάννης Φαρμακάκης, Νικόλαος Φαρμακάκης, Νικόλαος Ζαρκάδης, Ιωάννης Γαρταγάνης, Σωτήριος Καραμάνος, Νικόλαος Γεωργακόπουλος, Κωνσταντίνος Ταραβήρας, Σταύρος Παπαχαντζοπούλου, Αδαμαντία Havvas, Ioannis Πολυμορφισμοί Συμπληρώματα Ηλικιακή εκφύλιση της ωχράς κηλίδας Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Complement Age related macular degeneration C2 C3 Bf 618.977 735 Σκοπός της μελέτης είναι να διευκρινιστεί, εάν οι πολυμορφισμοί των γονιδίων C2, C3 και CFB του συμπληρώματος είναι σημαντικοί γενετικοί καθοριστές της ηλικιακής εκφύλισης της ωχράς (AMD ) στον Ελληνικό πληθυσμό. Μέθοδοι Διεξήχθη μια μελέτη συσχέτισης ασθενών μαρτύρων που περιλάμβανε 120 Έλληνες ασθενείς με πρώιμο και προχωρημένο στάδιο της AMD και 140 ανεξάρτητους μάρτυρες Καυκάσιας προέλευσης. Όλοι οι συμμετέχοντες γονοτυπήθηκαν για τους πολυμορφισμούς rs2230199 (C3 R102G), rs547154 (C2 IVS10), rs641153 (CFB R32Q) και rs12614 (CFB R32W) με έναν συνδυασμό αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης [Polymerase Chain Reaction (PCR)], κατάτμησης με ένζυμα περιορισμού [RFLP] και άμεσης αλληλούχισης DNA. Αποτελέσματα Η συχνότητα του ‘G’ αλληλίου του SNP του γονιδίου C3 rs2230199 (C3 R102G C>G) [ελάσσονος αλληλίου:minor allele frequency (MAF)], ήταν σημαντικά υψηλότερη στους ασθενείς με AMD σε σύγκριση με τους μάρτυρες (0.34 έναντι 0.22, P=0.0031) και παρόμοια με τη συχνότητα άλλων πληθυσμών που έχουν ήδη δημοσιευτεί. Υπήρχε σημαντική διαφορά στις συχνότητες των rs2230199 γονοτύπων ανάμεσα σε ασθενείς και μάρτυρες (p=0.0055). Ο SNP rs2230199 βρέθηκε να είναι ένας σημαντικός προβλεπτικός παράγοντας για την προχωρημένη AMD (OR=6.41, CI 2.72-15.09, P>0,00001) Area under the Curve (AUC= 0.706, CI 0.61-0.78, P<0.0001). Για τους SNPs rs547154 (C2 IVS10), rs641153 (CFB R32Q) και rs12614 (CFB R32W) των γονιδίων C2/CFB, οι αλληλικές και γονοτυπικές συχνότητες δεν ανέδειξαν στατιστική σημαντικότητα. Η MAF στους μάρτυρες και στους ασθενείς ήταν παρόμοια και πολύ χαμηλότερη από τις συχνότητες που έχουν αναφερθεί σε άλλες μελέτες για άλλους πληθυσμούς. Συμπεράσματα Οι SNPs rs547154 (C2 IVS10), rs641153 (CFB R32Q) και rs12614 (CFB R32W) των γονιδίων C2/CFB του συμπληρώματος δεν συσχετίστηκαν με την ανάπτυξη AMD σε Έλληνες ασθενείς. Παρόλα αυτά, αυτό το εύρημα πρέπει να αντιμετωπίζεται με προσοχή καθώς οι συγκεκριμένοι πολυμορφισμοί, παρουσιάζονται με πολύ χαμηλές συχνότητες στον ελληνικό πληθυσμό. Τέλος, η αναπαραγωγή των αναφερόμενων συσχετισμών του SNP του C3 rs2230199 (C3 R102G C>G) με την ηλικιακή εκφύλιση της ωχράς κηλίδας, υποδηλώνει ότι η παρουσία του ‘G’ αλληλίου θα μπορούσε ίσως να αποτελεί γενετικό δείκτη υψηλού κινδύνου για την ανάπτυξη της AMD και την εξέλιξη της ασθένειας στο προχωρημένο κλινικό στάδιο και στον Ελληνικό πληθυσμό. Τo elucidate whether polymorphisms of C2, C3 and CFB genes are major genetic determinants of age-related macular degeneration (AMD) in a Greek population. Methods This was a case-control association study, comprising of 120 Greek patients with early and late-stage AMD and 140 independent controls of Caucasian origin. All participants were genotyped for rs2230199 (C3 R102G), rs547154 (C2 IVS10), rs641153 (CFB R32Q) and rs12614 (CFB R32W) polymorphisms by a combination of PCR, Restriction Fragment Length Polymorphism [RFLP] and direct DNA sequencing assays. Results The frequency of the rs2230199 (C3 R102G, C>G) “G” allele (minor allele) was significantly higher in AMD patients in comparison with controls (0.34 vs. 0.22, P=0.0031) and similar to the frequency of other reported populations. There was a significant difference in the frequencies of the rs2230199 genotypes among cases and controls (p=0.0055). SNP rs2230199 (C3 R102G, C>G) was found to be a significant predictor of advanced AMD status [(OR=6.41, CI 2.72-15.09, P<0.0001), Area under the Curve (AUC= 0.706, CI 0.61-0.78, P<0.0001)]. For the other single nucleotide polymorphism (SNP) loci, namely rs547154 (C2 IVS10), rs641153 (CFB R32Q) and rs12614 (CFB R32W), the allele and genotype frequencies did not reach statistical significance. The MAF in controls and cases were similar and still much lower than the frequencies reported in other populations. Conclusions The rs547154, rs641153 and rs12614 SNPs were not associated with AMD development in Greek patients. However, this finding should be viewed with caution as the particular polymorphisms presented with very low frequencies in the Greek population. Finally, the replication of the reported associations of rs2230199 (C3 R102G, C>G) SNP with AMD suggests that the presence of the C3 R102G “G” allele could serve as a high-risk genetic marker for the development of AMD and the progression of the disease to the advanced clinical stage. 2016-02-01T06:46:15Z 2016-02-01T06:46:15Z 2014-11-05 Thesis http://hdl.handle.net/10889/9114 gr Η ΒΚΠ διαθέτει αντίτυπο της διατριβής σε έντυπη μορφή στο βιβλιοστάσιο διδακτορικών διατριβών που βρίσκεται στο ισόγειο του κτιρίου της. 12 application/pdf |
