Χρήση νέων υπολογιστικών προσεγγίσεων στην διαμορφωτική μελέτη βιομορίων με δεδομένα φασματοσκοπίας NMR

• Κύριος συγγραφέας: Κοκολάκης, Γεώργιος
• Άλλοι συγγραφείς: Σπυρούλιας, Γεώργιος
• Μορφή: Thesis
• Γλώσσα: Greek
• Έκδοση: 2016
• Θέματα: Βιομόρια; Δομή; Biomolecules; Structure; CYANA; 572.330 285

Η φασματοσκοπία NMR (Nuclear Magnetic Resonance) αποτελεί ένα σημαντικό εργαλείο στην μελέτη της τρισδιάστατης δομής βιομακρομορίων, στην αλληλεπίδραση μεταξύ τους, καθώς και στην αναγνώριση και τον σχεδιασμό, μέσω της δομής βιομορίων φαρμακευτικών στόχων, νέων βιοδραστικών ενώσεων. Στη φασματοσκοπία NMR η επίλυση των δομών βιομορίων σε διάλυμα γίνεται μέσω της χρήσης των δομικών πληροφοριών (αποστάσεις, δίεδρες γωνίες, σταθερές σύζευξης, κ.λπ.) οι οποίες παρέχονται από το NMR και αξιοποιούνται από τα κατάλ-ληλα υπολογιστικά προγράμματα, όπως το DYANA & το CYANA. Πρόσφατα, στο υπολογιστικό πρόγραμμα CYANA καθώς και σε άλλα λογισμικά έχουν εισαχθεί ρου-τίνες αυτοματοποιημένης ανάλυσης/αποτίμησης των δεδομένων NMR και υπολογι-σμού των δομικών μοντέλων. Το γεγονός αυτό αναμένεται να συνεισφέρει καθοριστι-κά στην επιτάχυνση της συγκεκριμένης διαδικασίας. Στην παρούσα διπλωματική εργασία εξετάστηκε το πρόγραμμα CYANA για την για τη δομική μελέτη των πολυπεπτιδίων του Ring τομέα της Ε3 λιγάσης ουμπικιτίνης Arkadia (mouse) 69 αμινοξέων , Πολυπεπτιδίων μήκους 99 και 105 αμινοξέων των RNA Recognition Motif (RRM) τομέων της Πρωτεΐνης Lupus Antigen (Dictyostelium discoideum) και του Macro Domain του Mayaro Alphavirus 160 αμινοξέων. Το Πρό-γραμμα CYANA μεταγλωττίστηκε από το πηγαίο κώδικα του και εγκαταστάθηκε σε τρεις διαφορετικές υπολογιστικές πλατφόρμες όπου εξετάστηκε η ακρίβεια των αποτελεσμάτων του καθώς και η ταχύτητα εκτέλεσης της εφαρμογής. Παράλληλα εξετάστηκε η απόδοση της εφαρμογής χρησιμοποιώντας διαφορετικά προγράμματα μεταγλώττισης καθώς και διαφορετικό αριθμό πυρήνων εκτέλεσης σε πολυπύρηνους υπολογιστές.