Υπολογιστικές μέθοδοι για επεξεργασία και ανάλυση βιολογικών σηματοδοτικών μονοπατιών

• Κύριος συγγραφέας: Μπαλωμένος, Παναγιώτης
• Άλλοι συγγραφείς: Τσακαλίδης, Αθανάσιος
• Μορφή: Thesis
• Γλώσσα: Greek
• Έκδοση: 2016
• Θέματα: Βιολογία συστημάτων; Βιοπληροφορική; Ιατρική συστημάτων; Ανάλυση μονοπατιών; Ανάλυση υπομονοπατιών; Systems biology; Bioinformatics; microRNA; 570.113

Η ανάλυση μονοπατιών είναι μια ακμάζουσα ερευνητική περιοχή μεθόδων και εργαλείων της Βιολογίας Συστημάτων η οποία επιχειρεί να ξεδιπλώσει την εγγενή πολυπλοκότητα των βιολογικών δεδομένων τα οποία παράγονται από τις ομικές τεχνολογίες. Μέσα από την παρούσα εργασία θα δούμε τα προβλήματα τα οποία καλείται να λύσει η περιοχή και τα στοιχεία εκείνα που θα την κάνουν ένα από τα πιο συναρπαστικά ερευνητικά πεδία της επόμενης δεκαετίας. Θα δούμε την εξέλιξη της στο χρόνο, τη σαγηνευτική διεπιστημονικότητα της, καθώς και μεθοδολογίες που μπορούν να κατευθύνουν τον αναγνώστη στην ουσιαστική κατανόηση του θέματος. Ακόμη, θα δούμε τρεις νέες μεθόδους ανάλυσης μονοπατιών. (i) Η πρώτη μέθοδος (CHRONOS) εντοπίζει εμπλουτισμένα miRNA-ρυθμιζόμενα υπομονοπάτια μέσα σε σηματοδοτικά μονοπάτια τα βρίσκονται διαταραγμένα σε μια μελέτη γονιδιακής έκφρασης μικροσυστοιχιών. (ii) Η δεύτερη μέθοδος εντοπίζει υπομονοπάτια σχετιζόμενα με τη γήρανση σε σηματοδοτικά μονοπάτια μέσω μετα-ανάλυσης πολλαπλών πειραμάτων γονιδιακής έκφρασης μικροσυστοιχιών. (iii) Η τρίτη μέθοδος (DESA) εντοπίζει διαφορικά εκφρασμένα υπομονοπάτια σε ένα διαταραγμένο σηματοδοτικό δίκτυο για μελέτες γονιδιακής έκφρασης RNA-seq.