Ανάπτυξη αναλυτικής μεθόδου για ταυτοποίηση ιχθύων μέσω DNA
Τα ψάρια και ειδικότερα οι σαρδέλες χαρακτηρίζονται από υψηλή διατροφική αξία γεγονός που οδηγεί σε αυξημένη κατανάλωση, με αποτέλεσμα να είναι συχνά στόχος νοθείας. Μέχρι στιγμής έχουν αναπτυχθεί αρκετές μοριακές μέθοδοι, οι οποίες στοχεύουν στην ταυτοποίηση διαφορετικών ειδών με βάση το DNA. Ωστό...
| Κύριος συγγραφέας: | |
|---|---|
| Άλλοι συγγραφείς: | |
| Γλώσσα: | Greek |
| Έκδοση: |
2023
|
| Θέματα: | |
| Διαθέσιμο Online: | https://hdl.handle.net/10889/24451 |
| id |
nemertes-10889-24451 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| institution |
UPatras |
| collection |
Nemertes |
| language |
Greek |
| topic |
Νοθεία ιχθύων" Αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR)" Βιοαισθητήρας τύπου ταινίας ξηρών αντιδραστηρίων Νανοσωματίδια χρυσού Fish adulteration Polymerase chain reaction (PCR) Dry reagent strip type biosensor DNA Gold nanoparticles Sardina Pilchardus Sardinella Aurita |
| spellingShingle |
Νοθεία ιχθύων" Αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR)" Βιοαισθητήρας τύπου ταινίας ξηρών αντιδραστηρίων Νανοσωματίδια χρυσού Fish adulteration Polymerase chain reaction (PCR) Dry reagent strip type biosensor DNA Gold nanoparticles Sardina Pilchardus Sardinella Aurita Κακαρελίδου, Μυρτώ Ανάπτυξη αναλυτικής μεθόδου για ταυτοποίηση ιχθύων μέσω DNA |
| description |
Τα ψάρια και ειδικότερα οι σαρδέλες χαρακτηρίζονται από υψηλή διατροφική αξία γεγονός που οδηγεί σε αυξημένη κατανάλωση, με αποτέλεσμα να είναι συχνά στόχος νοθείας. Μέχρι στιγμής έχουν αναπτυχθεί αρκετές μοριακές μέθοδοι, οι οποίες στοχεύουν στην ταυτοποίηση διαφορετικών ειδών με βάση το DNA. Ωστόσο, έχουν μειονεκτήματα, καθώς απαιτούν ειδικό εξοπλισμό και είναι αρκετά χρονοβόρες.
Στην παρούσα μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία αναπτύσσονται βιοαισθητήρες τύπου ταινίας ξηρών αντιδραστηρίων, οι οποίοι ανιχνεύουν νουκλεϊκά οξέα και έχουν διάφορα πλεονεκτήματα, όπως ευκολία στην κατασκευή και στην χρήση, χαμηλό κόστος, ενώ τα αποτελέσματα εμφανίζονται εντός 15 λεπτών και είναι ορατά με γυμνό μάτι. Συγκεκριμένα, στόχος ήταν η ταυτοποίηση και διάκριση δύο ειδών, της Sardina Pilchardus και της Sardinella Aurita. Η τελευταία χρησιμοποιείται ως νοθεία λόγω της χαμηλότερης τιμής της.
Σε πρώτο στάδιο, πραγματοποιήθηκε ενίσχυση με PCR στο DNA που απομονώθηκε τόσο από νωπά όσο και από επεξεργασμένα δείγματα των δύο ειδών. Έπειτα, κατασκευάστηκε ο πρώτος βιοαισθητήρας, στον οποίον εφαρμόζονται τα προϊόντα PCR και τα αποτελέσματα εμφανίζονται με τη μορφή ερυθρής ζώνης, καθώς ως ιχνηθέτης χρησιμοποιούνται νανοσωματίδια χρυσού. Με αυτή την μέθοδο, κατέστη δυνατή η ανίχνευση 3.125 fmol από το προϊόν PCR της S. aurita και 6.25 fmol από της S. pilchardus. Έπειτα, ο βιοαισθητήρας εφαρμόστηκε και σε μίγματα των δύο ειδών, όπου σε αυτή την περίπτωση ανιχνεύθηκε νοθεία σε ποσοστό 1% στα νωπά δείγματα και 5% στα επεξεργασμένα.
Στη συνέχεια, αναπτύχθηκε δεύτερος βιοαισθητήρας με ίδια αρχή λειτουργίας, με μόνη διαφορά ότι τα αποτελέσματα λήφθηκαν σε μορφή κηλίδας αντί για ζώνης χρησιμοποιώντας μικροσφαιρίδια πολυστυρενίου. Σε αυτή την περίπτωση ανιχνεύθηκε μόλις 1 fmol και από τα δύο είδη, ενώ στα μίγματα το ανιχνεύσιμο ποσοστό νοθείας ήταν 5%. |
| author2 |
Kakarelidou, Myrto |
| author_facet |
Kakarelidou, Myrto Κακαρελίδου, Μυρτώ |
| author |
Κακαρελίδου, Μυρτώ |
| author_sort |
Κακαρελίδου, Μυρτώ |
| title |
Ανάπτυξη αναλυτικής μεθόδου για ταυτοποίηση ιχθύων μέσω DNA |
| title_short |
Ανάπτυξη αναλυτικής μεθόδου για ταυτοποίηση ιχθύων μέσω DNA |
| title_full |
Ανάπτυξη αναλυτικής μεθόδου για ταυτοποίηση ιχθύων μέσω DNA |
| title_fullStr |
Ανάπτυξη αναλυτικής μεθόδου για ταυτοποίηση ιχθύων μέσω DNA |
| title_full_unstemmed |
Ανάπτυξη αναλυτικής μεθόδου για ταυτοποίηση ιχθύων μέσω DNA |
| title_sort |
ανάπτυξη αναλυτικής μεθόδου για ταυτοποίηση ιχθύων μέσω dna |
| publishDate |
2023 |
| url |
https://hdl.handle.net/10889/24451 |
| work_keys_str_mv |
AT kakarelidoumyrtō anaptyxēanalytikēsmethodougiatautopoiēsēichthyōnmesōdna AT kakarelidoumyrtō developmentofadnabasedanalyticalmethodforfishidentification |
| _version_ |
1771297319143079936 |
| spelling |
nemertes-10889-244512023-02-16T04:37:40Z Ανάπτυξη αναλυτικής μεθόδου για ταυτοποίηση ιχθύων μέσω DNA Development of a DNA based analytical method for fish identification Κακαρελίδου, Μυρτώ Kakarelidou, Myrto Νοθεία ιχθύων" Αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR)" Βιοαισθητήρας τύπου ταινίας ξηρών αντιδραστηρίων Νανοσωματίδια χρυσού Fish adulteration Polymerase chain reaction (PCR) Dry reagent strip type biosensor DNA Gold nanoparticles Sardina Pilchardus Sardinella Aurita Τα ψάρια και ειδικότερα οι σαρδέλες χαρακτηρίζονται από υψηλή διατροφική αξία γεγονός που οδηγεί σε αυξημένη κατανάλωση, με αποτέλεσμα να είναι συχνά στόχος νοθείας. Μέχρι στιγμής έχουν αναπτυχθεί αρκετές μοριακές μέθοδοι, οι οποίες στοχεύουν στην ταυτοποίηση διαφορετικών ειδών με βάση το DNA. Ωστόσο, έχουν μειονεκτήματα, καθώς απαιτούν ειδικό εξοπλισμό και είναι αρκετά χρονοβόρες. Στην παρούσα μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία αναπτύσσονται βιοαισθητήρες τύπου ταινίας ξηρών αντιδραστηρίων, οι οποίοι ανιχνεύουν νουκλεϊκά οξέα και έχουν διάφορα πλεονεκτήματα, όπως ευκολία στην κατασκευή και στην χρήση, χαμηλό κόστος, ενώ τα αποτελέσματα εμφανίζονται εντός 15 λεπτών και είναι ορατά με γυμνό μάτι. Συγκεκριμένα, στόχος ήταν η ταυτοποίηση και διάκριση δύο ειδών, της Sardina Pilchardus και της Sardinella Aurita. Η τελευταία χρησιμοποιείται ως νοθεία λόγω της χαμηλότερης τιμής της. Σε πρώτο στάδιο, πραγματοποιήθηκε ενίσχυση με PCR στο DNA που απομονώθηκε τόσο από νωπά όσο και από επεξεργασμένα δείγματα των δύο ειδών. Έπειτα, κατασκευάστηκε ο πρώτος βιοαισθητήρας, στον οποίον εφαρμόζονται τα προϊόντα PCR και τα αποτελέσματα εμφανίζονται με τη μορφή ερυθρής ζώνης, καθώς ως ιχνηθέτης χρησιμοποιούνται νανοσωματίδια χρυσού. Με αυτή την μέθοδο, κατέστη δυνατή η ανίχνευση 3.125 fmol από το προϊόν PCR της S. aurita και 6.25 fmol από της S. pilchardus. Έπειτα, ο βιοαισθητήρας εφαρμόστηκε και σε μίγματα των δύο ειδών, όπου σε αυτή την περίπτωση ανιχνεύθηκε νοθεία σε ποσοστό 1% στα νωπά δείγματα και 5% στα επεξεργασμένα. Στη συνέχεια, αναπτύχθηκε δεύτερος βιοαισθητήρας με ίδια αρχή λειτουργίας, με μόνη διαφορά ότι τα αποτελέσματα λήφθηκαν σε μορφή κηλίδας αντί για ζώνης χρησιμοποιώντας μικροσφαιρίδια πολυστυρενίου. Σε αυτή την περίπτωση ανιχνεύθηκε μόλις 1 fmol και από τα δύο είδη, ενώ στα μίγματα το ανιχνεύσιμο ποσοστό νοθείας ήταν 5%. Ερευνητικό πρόγραμμα «DNAseeker ‐ ΠΡΩΤΟΤΥΠΗ ΚΑΙΝΟΤΟΜΑ ΓΕΝΕΤΙΚΗ ΜΕΘΟΔΟΣ ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΟΥ ΕΙΔΟΥΣ ΨΑΡΙΩΝ ΓΙΑ ΤΙΣ ΑΝΑΓΚΕΣ ΤΗΣ ΕΛΛΗΝΙΚΗΣ ΒΙΟΜΗΧΑΝΙΑΣ ΜΕΤΑΠΟΙΗΣΗΣ ΑΛΙΕΥΜΑΤΩΝ» που συγχρηματοδοτείται από Ευρωπαϊκούς (Ευρωπαϊκό Ταμείο Θάλασσας και Αλιείας) και Εθνικούς πόρους στο πλαίσιο του Επιχειρησιακού Προγράμματος «ΑΛΙΕΙΑΣ ΚΑΙ ΘΑΛΑΣΣΑΣ 2014‐2020» Fish, and especially sardines, are characterized by high nutritional value which leads to increased consumption, making them a frequent target for fraud. So far, several molecular methods have been developed, which aim to identify different species based on DNA. However, they have disadvantages, as they require special equipment and are time-consuming. In this master’s thesis, dry reagent strip type biosensors are developed, which detect nucleic acids and have several advantages, such as simple construction and use procedure, low cost, while the results appear within 15 minutes and are visible to the naked eye. Specifically, the aim was to identify and distinguish two species of sardine, Sardina Pilchardus and Sardinella Aurita. The latter is used as an adulterant because of its lower price. Firstly, PCR amplification was performed on DNA, which was isolated from both fresh and treated samples of the two species. Then, the first biosensor was constructed, on which the PCR products were applied, and the results were displayed in the form of a red zone, with gold nanoparticles being used as a label. With this method it was possible to detect 3.125 fmol of S. aurita and 6.25 fmol of S. pilchardus. The biosensor was then applied to mixtures of the two species, in which case adulteration was detected at 1% in fresh samples and 5% in treated samples. Subsequently, a second biosensor was developed with the same principle, except that the results were obtained as a spot instead of a zone using polystyrene microspheres. In this case 1.56 fmol of both species were detected, while in the mixtures the percentage of adulteration that could be detected was 5%. 2023-02-15T07:57:11Z 2023-02-15T07:57:11Z 2023-02 https://hdl.handle.net/10889/24451 el application/pdf |
